140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0968 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0861  TPR repeat-containing protein  86.01 
 
 		 580 aa  972    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0968  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 584 aa  1175    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5193  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  73.28 
 
 		 582 aa  869    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117733  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3797  SARP family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 584 aa  281  2e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.231924  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  30.71 
 
 		 531 aa  158  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3418  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  31.22 
 
 		 595 aa  157  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1184  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  27.91 
 
 		 631 aa  149  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1942  TPR repeat-containing protein  28.32 
 
 		 626 aa  144  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.420919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  30.51 
 
 		 522 aa  144  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3146  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  30.89 
 
 		 598 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0534  adenylate/guanylate cyclase  30.19 
 
 		 642 aa  141  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.397996  normal  0.0249995 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3450  adenylate/guanylate cyclase  30.81 
 
 		 652 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4701  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  29.75 
 
 		 658 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.946311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2813  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  30.71 
 
 		 648 aa  134  5e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0089  adenylate/guanylate cyclase  29.62 
 
 		 647 aa  133  7.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  29.82 
 
 		 518 aa  126  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0096  adenylate/guanylate cyclase  29.62 
 
 		 647 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.019026  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3473  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  27.7 
 
 		 596 aa  117  5e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  29.26 
 
 		 510 aa  117  8.999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0527  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  27.09 
 
 		 647 aa  115  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0681662  normal  0.0228705 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  29.16 
 
 		 502 aa  112  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0043  transcriptional regulator domain-containing protein  29.5 
 
 		 543 aa  109  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.930122 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  26.99 
 
 		 525 aa  106  9e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2656  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  24.49 
 
 		 634 aa  104  5e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  27.09 
 
 		 522 aa  103  7e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6629  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  26.67 
 
 		 568 aa  103  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3340  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  27.24 
 
 		 622 aa  103  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.309134 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6439  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  28.8 
 
 		 664 aa  102  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.663004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2321  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  27.96 
 
 		 568 aa  102  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154208  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1052  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.84 
 
 		 798 aa  102  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.687735 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3936  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  25.27 
 
 		 746 aa  101  4e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2885  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  26.61 
 
 		 588 aa  100  7e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448647  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  27.62 
 
 		 502 aa  100  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3642  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  27.55 
 
 		 622 aa  100  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2490  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  25.23 
 
 		 738 aa  98.6  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1383  putative adenylate cyclase  27.22 
 
 		 603 aa  97.8  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  27.18 
 
 		 521 aa  97.8  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  27.92 
 
 		 499 aa  96.7  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4563  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  23.5 
 
 		 624 aa  95.9  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.724776 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3831  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  26.67 
 
 		 643 aa  95.1  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1135  TPR repeat-containing protein  23.21 
 
 		 597 aa  95.1  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.449493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4117  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  27.22 
 
 		 769 aa  91.7  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.555121  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3419  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  27.76 
 
 		 723 aa  91.7  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.141279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0538  SARP family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 266 aa  90.9  5e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.224574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2958  SARP family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 644 aa  90.9  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.30707  normal  0.853466 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5448  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  26.36 
 
 		 629 aa  90.5  8e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.296082 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2395  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  24.26 
 
 		 736 aa  90.1  9e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1384  putative adenylate cyclase  28.78 
 
 		 581 aa  90.1  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.316041  normal  0.0440449 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1299  hypothetical protein  35.37 
 
 		 644 aa  90.1  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135233  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2315  adenylate/guanylate cyclase  27.3 
 
 		 667 aa  89.4  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2731  SARP family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 644 aa  89  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.92 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3222  transcriptional regulator domain-containing protein  24.3 
 
 		 531 aa  87  9e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0589938  normal  0.749766 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5023  transcriptional regulator, SARP family  24.91 
 
 		 623 aa  85.5  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.494336  normal  0.650955 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1736  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.22 
 
 		 737 aa  85.1  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  27.7 
 
 		 521 aa  84.7  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5729  transcriptional regulator domain-containing protein  23.1 
 
 		 508 aa  84  0.000000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.816557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1578  SARP family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 530 aa  82.8  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.584481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0645  TPR repeat-containing protein  25.27 
 
 		 470 aa  82  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.165063 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0770  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  27.47 
 
 		 757 aa  81.6  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.424396 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1455  serine/threonine protein kinase  26.8 
 
 		 821 aa  79.7  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1549  protein kinase  24.2 
 
 		 784 aa  78.2  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0320573 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3528  SARP family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 539 aa  77.4  0.0000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  23.86 
 
 		 527 aa  77  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3337  putative adenylate cyclase  39.39 
 
 		 686 aa  74.7  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5779  tetratricopeptide TPR_4  25.83 
 
 		 594 aa  74.3  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.179451  normal  0.65033 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0334  integral membrane protein-like protein  25 
 
 		 605 aa  73.2  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.901439  hitchhiker  0.00276659 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3721  transcriptional regulatory protein-like  25 
 
 		 515 aa  72  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6503  transcriptional regulator, SARP family  23.11 
 
 		 649 aa  72  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0870  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 679 aa  68.9  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.918273 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4216  integral membrane protein-like  24.86 
 
 		 607 aa  68.6  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0100  hypothetical protein  22.59 
 
 		 643 aa  65.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5906  putative adenylate cyclase 3  27.66 
 
 		 408 aa  65.9  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1735  SARP family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 636 aa  65.1  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.271583 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1952  tetratricopeptide TPR_2  24.09 
 
 		 375 aa  62.4  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106367  normal  0.0284663 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6958  hypothetical protein  23.62 
 
 		 600 aa  62.4  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4396  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.8 
 
 		 822 aa  58.9  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7646  TPR repeat-containing protein  29.89 
 
 		 529 aa  58.5  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.158995  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  22.51 
 
 		 425 aa  56.2  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4881  hypothetical protein  25.63 
 
 		 605 aa  56.6  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59857  normal  0.792267 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0331  TPR repeat-containing protein  27.82 
 
 		 644 aa  55.5  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00856051 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2399  hypothetical protein  23.22 
 
 		 606 aa  55.1  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.797611  hitchhiker  0.00673398 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1457  integral membrane protein-like protein  30 
 
 		 646 aa  53.9  0.000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.60002  normal  0.0210149 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3925  SARP family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 528 aa  52.4  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6036  transcriptional regulator, SARP family  22.88 
 
 		 650 aa  52  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0951775  normal  0.443759 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1418  hypothetical protein  20.56 
 
 		 643 aa  52  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.070904 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2491  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.53 
 
 		 689 aa  51.6  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1837  TPR repeat-containing protein  28.4 
 
 		 344 aa  51.2  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1863  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.4 
 
 		 344 aa  51.2  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7193  transcriptional regulator, SARP family  21.79 
 
 		 641 aa  50.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0854307  normal  0.06484 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2809  TPR repeat-containing protein  26.54 
 
 		 717 aa  50.4  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2480  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  23.85 
 
 		 1022 aa  48.5  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3037  TPR repeat-containing protein  27.66 
 
 		 717 aa  48.1  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.657903 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2825  Methyltransferase type 12  38.37 
 
 		 436 aa  48.1  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1463  TPR repeat-containing protein  24.3 
 
 		 329 aa  48.5  0.0004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000951693  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2091  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.92 
 
 		 212 aa  47.8  0.0005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  24.72 
 
 		 3035 aa  48.1  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0781  TPR domain-containing protein  29.66 
 
 		 924 aa  47.4  0.0007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.55707  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0722  TPR repeat-containing protein  31.47 
 
 		 615 aa  47.4  0.0008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.434562 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4488  transcriptional regulator domain protein  28.81 
 
 		 404 aa  47.4  0.0008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.309141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3361  TPR repeat-containing protein  30.06 
 
 		 750 aa  47  0.0009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.311751 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>