More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1276 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  81.53 
 
 		 502 aa  810    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  81.33 
 
 		 502 aa  783    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  100 
 
 		 499 aa  1003    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6629  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  62.69 
 
 		 568 aa  502  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2321  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  62.47 
 
 		 568 aa  488  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154208  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  35.63 
 
 		 522 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  35.06 
 
 		 531 aa  255  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2490  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  37.47 
 
 		 738 aa  240  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5729  transcriptional regulator domain-containing protein  35.66 
 
 		 508 aa  240  5e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.816557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  33.91 
 
 		 518 aa  239  9e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  36.33 
 
 		 510 aa  237  4e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  34.89 
 
 		 525 aa  237  4e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2885  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  37.79 
 
 		 588 aa  236  8e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448647  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3418  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  36.71 
 
 		 595 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3146  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  37.1 
 
 		 598 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1184  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  36.88 
 
 		 631 aa  226  1e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0043  transcriptional regulator domain-containing protein  32.47 
 
 		 543 aa  221  1.9999999999999999e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.930122 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3831  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  36.68 
 
 		 643 aa  218  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3473  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  36.73 
 
 		 596 aa  207  4e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2656  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  36.13 
 
 		 634 aa  199  9e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3419  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  35.71 
 
 		 723 aa  197  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.141279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1942  TPR repeat-containing protein  35.06 
 
 		 626 aa  195  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.420919 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4563  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  40.6 
 
 		 624 aa  196  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.724776 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3721  transcriptional regulatory protein-like  34.88 
 
 		 515 aa  194  2e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3222  transcriptional regulator domain-containing protein  34.44 
 
 		 531 aa  192  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0589938  normal  0.749766 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0527  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  33.9 
 
 		 647 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0681662  normal  0.0228705 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3340  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  40 
 
 		 622 aa  183  8.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.309134 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0089  adenylate/guanylate cyclase  32.22 
 
 		 647 aa  176  9e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4701  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  32.24 
 
 		 658 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.946311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3642  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  43.75 
 
 		 622 aa  172  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0534  adenylate/guanylate cyclase  33.92 
 
 		 642 aa  172  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.397996  normal  0.0249995 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2813  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  33.57 
 
 		 648 aa  172  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1135  TPR repeat-containing protein  32.91 
 
 		 597 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.449493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0096  adenylate/guanylate cyclase  31.98 
 
 		 647 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.019026  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1549  protein kinase  36.45 
 
 		 784 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0320573 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1383  putative adenylate cyclase  33.84 
 
 		 603 aa  160  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5448  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  35.91 
 
 		 629 aa  157  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.296082 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3450  adenylate/guanylate cyclase  32 
 
 		 652 aa  156  8e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2395  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  35.07 
 
 		 736 aa  154  4e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1952  tetratricopeptide TPR_2  29.17 
 
 		 375 aa  150  5e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106367  normal  0.0284663 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1735  SARP family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 636 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.271583 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1384  putative adenylate cyclase  30.95 
 
 		 581 aa  142  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.316041  normal  0.0440449 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1052  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  30.19 
 
 		 798 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.687735 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0334  integral membrane protein-like protein  31.82 
 
 		 605 aa  140  3.9999999999999997e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.901439  hitchhiker  0.00276659 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0645  TPR repeat-containing protein  34.35 
 
 		 470 aa  139  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.165063 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2315  adenylate/guanylate cyclase  30.49 
 
 		 667 aa  138  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3936  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  31.17 
 
 		 746 aa  138  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0331  TPR repeat-containing protein  30 
 
 		 644 aa  134  5e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00856051 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  28.6 
 
 		 479 aa  133  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4881  hypothetical protein  28.88 
 
 		 605 aa  131  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59857  normal  0.792267 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2399  hypothetical protein  28.84 
 
 		 606 aa  131  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.797611  hitchhiker  0.00673398 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  25.2 
 
 		 527 aa  130  7.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4117  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  31.17 
 
 		 769 aa  129  9.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.555121  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1455  serine/threonine protein kinase  28.24 
 
 		 821 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6958  hypothetical protein  27.73 
 
 		 600 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  27.09 
 
 		 521 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0770  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  29.48 
 
 		 757 aa  122  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.424396 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3337  putative adenylate cyclase  33.52 
 
 		 686 aa  122  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4216  integral membrane protein-like  26.87 
 
 		 607 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4488  transcriptional regulator domain protein  30.85 
 
 		 404 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.309141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  27.51 
 
 		 522 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6439  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  28.94 
 
 		 664 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.663004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1457  integral membrane protein-like protein  28.65 
 
 		 646 aa  117  3.9999999999999997e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.60002  normal  0.0210149 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5779  tetratricopeptide TPR_4  28.19 
 
 		 594 aa  117  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.179451  normal  0.65033 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1169  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  27.86 
 
 		 619 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0330  integral membrane protein-like protein  34.72 
 
 		 608 aa  112  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0218745 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  27.33 
 
 		 521 aa  111  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5105  hypothetical protein  27.54 
 
 		 603 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.454019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0861  TPR repeat-containing protein  28.79 
 
 		 580 aa  106  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4396  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  27.98 
 
 		 822 aa  105  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7193  transcriptional regulator, SARP family  26.2 
 
 		 641 aa  103  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0854307  normal  0.06484 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5193  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.21 
 
 		 582 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117733  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6036  transcriptional regulator, SARP family  25.72 
 
 		 650 aa  99.4  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0951775  normal  0.443759 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0968  TPR repeat-containing protein  27.92 
 
 		 584 aa  99  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5906  putative adenylate cyclase 3  33.33 
 
 		 408 aa  97.4  5e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1736  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  25.07 
 
 		 737 aa  95.9  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5186  hypothetical protein  25.18 
 
 		 584 aa  89  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.510338  normal  0.40998 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1207  transcriptional regulator  44.83 
 
 		 922 aa  85.9  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598339  normal  0.808052 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2248  transcriptional regulator  34.84 
 
 		 959 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0100  hypothetical protein  26.02 
 
 		 643 aa  80.1  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6503  transcriptional regulator, SARP family  26.01 
 
 		 649 aa  78.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5402  transcriptional regulator, winged helix family  42.11 
 
 		 901 aa  77.8  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2213  SARP family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 612 aa  77  0.0000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.226859  normal  0.3766 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  37.82 
 
 		 928 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3116  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  27.19 
 
 		 878 aa  75.9  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  40.52 
 
 		 954 aa  75.5  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  44.68 
 
 		 493 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  44.68 
 
 		 493 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  44.68 
 
 		 493 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4023  invasion protein regulator  22.33 
 
 		 565 aa  73.6  0.000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5714  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 950 aa  73.6  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140329 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1418  hypothetical protein  24.94 
 
 		 643 aa  73.6  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.070904 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  39.18 
 
 		 490 aa  73.6  0.000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  36.36 
 
 		 956 aa  71.6  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4526  transcriptional regulator  43.01 
 
 		 468 aa  71.2  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  28.16 
 
 		 878 aa  70.1  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  30.2 
 
 		 810 aa  69.7  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  38.71 
 
 		 504 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1499  TPR repeat-containing protein  27.75 
 
 		 486 aa  68.9  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.329638 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4035  transcriptional regulator, winged helix family  37.25 
 
 		 946 aa  68.6  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>