135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4881 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_2399  hypothetical protein  62.63 
 
 		 606 aa  740    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.797611  hitchhiker  0.00673398 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4881  hypothetical protein  100 
 
 		 605 aa  1217    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59857  normal  0.792267 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6958  hypothetical protein  65.25 
 
 		 600 aa  766    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5105  hypothetical protein  63.34 
 
 		 603 aa  720    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.454019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5186  hypothetical protein  41.41 
 
 		 584 aa  416  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.510338  normal  0.40998 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4033  hypothetical protein  35.43 
 
 		 596 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4047  hypothetical protein  37.28 
 
 		 602 aa  209  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.136047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4048  hypothetical protein  33.66 
 
 		 318 aa  168  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2298  TPR repeat-containing protein  28.55 
 
 		 616 aa  159  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.130314 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1184  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  29.24 
 
 		 631 aa  149  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3473  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  29.41 
 
 		 596 aa  149  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3146  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  28.26 
 
 		 598 aa  144  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3418  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  26.65 
 
 		 595 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  29.58 
 
 		 502 aa  134  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2321  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  29 
 
 		 568 aa  134  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154208  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2490  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  27.32 
 
 		 738 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1735  SARP family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 636 aa  131  3e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.271583 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  28.88 
 
 		 499 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  27.55 
 
 		 502 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1549  protein kinase  33.11 
 
 		 784 aa  121  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0320573 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3831  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  27.61 
 
 		 643 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6629  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  28 
 
 		 568 aa  120  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2885  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  30 
 
 		 588 aa  119  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3936  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  31.33 
 
 		 746 aa  113  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  29.5 
 
 		 518 aa  109  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5145  hypothetical protein  27.24 
 
 		 569 aa  110  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  30.37 
 
 		 531 aa  104  5e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2656  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  27.12 
 
 		 634 aa  104  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2395  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  29.35 
 
 		 736 aa  102  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0334  integral membrane protein-like protein  26.29 
 
 		 605 aa  102  3e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.901439  hitchhiker  0.00276659 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5448  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  26.92 
 
 		 629 aa  102  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.296082 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1952  tetratricopeptide TPR_2  25.64 
 
 		 375 aa  100  5e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106367  normal  0.0284663 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3340  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  27.55 
 
 		 622 aa  100  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.309134 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  28.53 
 
 		 522 aa  99.8  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4563  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  26.14 
 
 		 624 aa  99  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.724776 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  28.95 
 
 		 525 aa  98.2  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1942  TPR repeat-containing protein  25.72 
 
 		 626 aa  96.7  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.420919 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1984  hypothetical protein  44.95 
 
 		 368 aa  96.3  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.590455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0331  TPR repeat-containing protein  29.57 
 
 		 644 aa  95.1  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00856051 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3721  transcriptional regulatory protein-like  28.43 
 
 		 515 aa  95.1  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3419  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  25.74 
 
 		 723 aa  94.7  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.141279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5936  TPR repeat-containing protein  49.06 
 
 		 239 aa  93.2  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0246268  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3642  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  27.86 
 
 		 622 aa  92.8  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1383  putative adenylate cyclase  26.16 
 
 		 603 aa  91.7  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0645  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 470 aa  90.1  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.165063 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5239  TPR repeat-containing protein  45.79 
 
 		 219 aa  89.7  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.993691  normal  0.01877 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  24.32 
 
 		 479 aa  90.1  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0279  tetratricopeptide TPR_4  25.18 
 
 		 581 aa  89.4  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3240  hypothetical protein  46.3 
 
 		 188 aa  88.6  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.787646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4455  hypothetical protein  47.06 
 
 		 191 aa  86.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0770  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.32 
 
 		 757 aa  85.9  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.424396 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  26.88 
 
 		 510 aa  86.3  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  26.8 
 
 		 527 aa  84.3  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1098  hypothetical protein  25.76 
 
 		 595 aa  81.6  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.834663 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0043  transcriptional regulator domain-containing protein  34.09 
 
 		 543 aa  80.5  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.930122 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1384  putative adenylate cyclase  25.3 
 
 		 581 aa  79.3  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.316041  normal  0.0440449 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5779  tetratricopeptide TPR_4  26.53 
 
 		 594 aa  77.8  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.179451  normal  0.65033 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1052  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  23.23 
 
 		 798 aa  77.4  0.0000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.687735 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3337  putative adenylate cyclase  21.89 
 
 		 686 aa  77.4  0.0000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5729  transcriptional regulator domain-containing protein  25.81 
 
 		 508 aa  75.9  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.816557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1135  TPR repeat-containing protein  27.51 
 
 		 597 aa  75.9  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.449493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4117  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  23.74 
 
 		 769 aa  74.7  0.000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.555121  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7193  transcriptional regulator, SARP family  24.15 
 
 		 641 aa  74.3  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0854307  normal  0.06484 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1109  putative PAS/PAC sensor protein  39.42 
 
 		 375 aa  73.6  0.000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.151252  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1457  integral membrane protein-like protein  29.09 
 
 		 646 aa  73.2  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.60002  normal  0.0210149 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1212  hypothetical protein  47.5 
 
 		 274 aa  73.6  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6036  transcriptional regulator, SARP family  23.9 
 
 		 650 aa  71.2  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0951775  normal  0.443759 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2315  adenylate/guanylate cyclase  25.43 
 
 		 667 aa  70.5  0.00000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0534  adenylate/guanylate cyclase  23.54 
 
 		 642 aa  69.7  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.397996  normal  0.0249995 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0330  integral membrane protein-like protein  31.11 
 
 		 608 aa  68.2  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0218745 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0527  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  27.67 
 
 		 647 aa  67  0.0000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0681662  normal  0.0228705 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  26.01 
 
 		 521 aa  67  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1169  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  23.99 
 
 		 619 aa  66.2  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3222  transcriptional regulator domain-containing protein  25.95 
 
 		 531 aa  65.9  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0589938  normal  0.749766 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0096  adenylate/guanylate cyclase  34.31 
 
 		 647 aa  65.1  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.019026  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5072  hypothetical protein  34.91 
 
 		 594 aa  64.7  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4216  integral membrane protein-like  23.17 
 
 		 607 aa  64.7  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  25.71 
 
 		 522 aa  64.3  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3450  adenylate/guanylate cyclase  24.07 
 
 		 652 aa  64.7  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4396  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  23.65 
 
 		 822 aa  63.9  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4701  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  29.75 
 
 		 658 aa  64.3  0.000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.946311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0089  adenylate/guanylate cyclase  31.37 
 
 		 647 aa  63.9  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0968  TPR repeat-containing protein  25.63 
 
 		 584 aa  63.5  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2813  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  23.82 
 
 		 648 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1711  hypothetical protein  31.73 
 
 		 414 aa  62  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99847  normal  0.186192 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6439  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  25.18 
 
 		 664 aa  61.6  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.663004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1455  serine/threonine protein kinase  22.6 
 
 		 821 aa  61.2  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4488  transcriptional regulator domain protein  25.74 
 
 		 404 aa  61.2  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.309141  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  29.86 
 
 		 810 aa  61.2  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2138  putative PAS/PAC sensor protein  39.42 
 
 		 386 aa  60.8  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0223192  normal  0.334318 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0861  TPR repeat-containing protein  24.07 
 
 		 580 aa  59.7  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5193  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.45 
 
 		 582 aa  57  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117733  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  29.17 
 
 		 878 aa  56.6  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  25.48 
 
 		 543 aa  56.6  0.000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.47 
 
 		 632 aa  54.7  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  23.01 
 
 		 425 aa  52.4  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2680  peptidase S41  27.81 
 
 		 745 aa  52  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.20871  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0087  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 366 aa  51.6  0.00004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0100  hypothetical protein  21.47 
 
 		 643 aa  50.8  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2958  SARP family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 644 aa  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.30707  normal  0.853466 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>