More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4280 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  76.08 
 
 
522 aa  788    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  100 
 
 
531 aa  1060    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  44.74 
 
 
525 aa  370  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  42.99 
 
 
518 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  37.92 
 
 
510 aa  284  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5729  transcriptional regulator domain-containing protein  35.92 
 
 
508 aa  280  5e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.816557  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  35.42 
 
 
522 aa  262  1e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  36.25 
 
 
521 aa  261  3e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0043  transcriptional regulator domain-containing protein  35.9 
 
 
543 aa  259  9e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.930122 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3418  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  39.22 
 
 
595 aa  259  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565429  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  34.9 
 
 
521 aa  259  1e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  34.89 
 
 
502 aa  251  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3146  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  38.67 
 
 
598 aa  250  5e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  35.25 
 
 
499 aa  248  2e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  34.94 
 
 
502 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1184  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  36.75 
 
 
631 aa  245  1.9999999999999999e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3721  transcriptional regulatory protein-like  35.02 
 
 
515 aa  240  5e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1942  TPR repeat-containing protein  36.47 
 
 
626 aa  237  5.0000000000000005e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.420919 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3340  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  40.94 
 
 
622 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.309134 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3642  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  40.94 
 
 
622 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4488  transcriptional regulator domain protein  36.45 
 
 
404 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.309141  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2656  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  37.02 
 
 
634 aa  213  9e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0527  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  35.18 
 
 
647 aa  204  4e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0681662  normal  0.0228705 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0089  adenylate/guanylate cyclase  35.43 
 
 
647 aa  203  5e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1135  TPR repeat-containing protein  32.66 
 
 
597 aa  203  6e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.449493  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3831  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  34.74 
 
 
643 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2490  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  35.24 
 
 
738 aa  201  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4563  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  35.06 
 
 
624 aa  200  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.724776 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2885  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  35.62 
 
 
588 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448647  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0096  adenylate/guanylate cyclase  34.67 
 
 
647 aa  193  7e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.019026  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4701  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  31.94 
 
 
658 aa  190  5.999999999999999e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.946311  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3419  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  34.31 
 
 
723 aa  190  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.141279  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3222  transcriptional regulator domain-containing protein  31.72 
 
 
531 aa  189  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0589938  normal  0.749766 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6629  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  35.37 
 
 
568 aa  188  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0534  adenylate/guanylate cyclase  34.34 
 
 
642 aa  187  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.397996  normal  0.0249995 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2321  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  35.85 
 
 
568 aa  187  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154208  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2813  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  34.38 
 
 
648 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3473  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  32.91 
 
 
596 aa  184  4.0000000000000006e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3450  adenylate/guanylate cyclase  34.85 
 
 
652 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2395  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  35.53 
 
 
736 aa  180  5.999999999999999e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1549  protein kinase  37.85 
 
 
784 aa  180  7e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0320573 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1383  putative adenylate cyclase  30.73 
 
 
603 aa  177  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  27.44 
 
 
527 aa  175  1.9999999999999998e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5779  tetratricopeptide TPR_4  32.35 
 
 
594 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.179451  normal  0.65033 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  28.53 
 
 
425 aa  174  3.9999999999999995e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1384  putative adenylate cyclase  30.87 
 
 
581 aa  168  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.316041  normal  0.0440449 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3936  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  39.74 
 
 
746 aa  169  2e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  31.17 
 
 
479 aa  168  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0861  TPR repeat-containing protein  31.77 
 
 
580 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5193  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.46 
 
 
582 aa  163  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117733  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4117  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  34.55 
 
 
769 aa  162  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.555121  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0968  TPR repeat-containing protein  30.71 
 
 
584 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0770  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  37.55 
 
 
757 aa  159  1e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.424396 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0334  integral membrane protein-like protein  33.74 
 
 
605 aa  159  1e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.901439  hitchhiker  0.00276659 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5448  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  35.61 
 
 
629 aa  157  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.296082 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4216  integral membrane protein-like  28.5 
 
 
607 aa  153  7e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2315  adenylate/guanylate cyclase  31.14 
 
 
667 aa  152  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3337  putative adenylate cyclase  37.37 
 
 
686 aa  150  4e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0645  TPR repeat-containing protein  39 
 
 
470 aa  149  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.165063 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0331  TPR repeat-containing protein  38.22 
 
 
644 aa  140  7.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00856051 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6439  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  30.21 
 
 
664 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.663004  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1735  SARP family transcriptional regulator  35.67 
 
 
636 aa  137  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.271583 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1052  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.04 
 
 
798 aa  135  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.687735 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1457  integral membrane protein-like protein  29.32 
 
 
646 aa  133  6e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.60002  normal  0.0210149 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1736  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  28.01 
 
 
737 aa  132  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0330  integral membrane protein-like protein  36.32 
 
 
608 aa  127  4.0000000000000003e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0218745 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1455  serine/threonine protein kinase  26.39 
 
 
821 aa  122  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1952  tetratricopeptide TPR_2  29.51 
 
 
375 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106367  normal  0.0284663 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  46.67 
 
 
413 aa  110  9.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  46.67 
 
 
413 aa  110  9.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  46.67 
 
 
413 aa  110  9.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4396  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  30.03 
 
 
822 aa  107  5e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1169  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  23.43 
 
 
619 aa  107  7e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  55 
 
 
409 aa  105  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0100  hypothetical protein  27.47 
 
 
643 aa  105  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5906  putative adenylate cyclase 3  31.85 
 
 
408 aa  104  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2399  hypothetical protein  32.43 
 
 
606 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.797611  hitchhiker  0.00673398 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4881  hypothetical protein  30.8 
 
 
605 aa  103  8e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59857  normal  0.792267 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6958  hypothetical protein  27.78 
 
 
600 aa  94  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3797  SARP family transcriptional regulator  25.63 
 
 
584 aa  93.2  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.231924  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  51.09 
 
 
436 aa  91.3  4e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1418  hypothetical protein  26.8 
 
 
643 aa  90.5  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.070904 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2213  SARP family transcriptional regulator  27.27 
 
 
612 aa  89.7  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.226859  normal  0.3766 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3284  transcriptional regulator, CadC  45 
 
 
584 aa  87  7e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1710  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  38.05 
 
 
413 aa  81.3  0.00000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00769573  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3207  transcriptional regulator, SARP family  24.63 
 
 
615 aa  80.5  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3029  invasion protein regulator  23.31 
 
 
553 aa  80.1  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0229765 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3065  invasion protein regulator  23.31 
 
 
553 aa  80.1  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.359189 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2998  invasion protein regulator  23.31 
 
 
553 aa  80.1  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000362876  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3081  invasion protein regulator  23.31 
 
 
553 aa  80.1  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000362191 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3186  invasion protein regulator  23.31 
 
 
555 aa  80.1  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.735415 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5105  hypothetical protein  25.96 
 
 
603 aa  78.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.454019  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4023  invasion protein regulator  20.04 
 
 
565 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3075  transcriptional regulator, CadC  40 
 
 
396 aa  77  0.0000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  32.08 
 
 
712 aa  76.3  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  39 
 
 
396 aa  76.6  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  33.94 
 
 
950 aa  74.3  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0231  two component LuxR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
330 aa  74.3  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  32.71 
 
 
762 aa  73.9  0.000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3980  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  25 
 
 
1023 aa  73.6  0.000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>