More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_3284 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_3284  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 584 aa  1135    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2457  LuxR family transcriptional regulator  33.26 
 
 		 554 aa  157  5.0000000000000005e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2609  transcriptional regulator, LuxR family  32.49 
 
 		 562 aa  147  4.0000000000000006e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000030036  hitchhiker  0.00837555 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0414  LuxR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 544 aa  145  3e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.865726 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0427  LuxR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 544 aa  144  4e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0437  LuxR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 544 aa  144  4e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.139362  normal  0.0303285 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3668  response regulator receiver protein  32.24 
 
 		 541 aa  138  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.563914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2885  LuxR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 545 aa  130  6e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.488052  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1927  transcriptional regulator, LuxR family  33.62 
 
 		 535 aa  127  4.0000000000000003e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2591  transcriptional regulator, LuxR family  31.61 
 
 		 552 aa  119  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000770971 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1794  transcriptional regulator, LuxR family  32.38 
 
 		 537 aa  112  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000182459 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3075  transcriptional regulator, CadC  53.77 
 
 		 396 aa  110  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  53.77 
 
 		 396 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  54 
 
 		 396 aa  101  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2045  LuxR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 547 aa  99  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.55454  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3390  response regulator receiver protein  28.82 
 
 		 542 aa  97.4  6e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3379  LuxR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 542 aa  97.4  6e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3441  response regulator receiver protein  28.82 
 
 		 542 aa  97.4  6e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0174834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3766  response regulator receiver protein  27.98 
 
 		 539 aa  91.3  5e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.484632  normal  0.834357 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  45 
 
 		 531 aa  87.4  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  44 
 
 		 518 aa  85.9  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  45 
 
 		 522 aa  84.7  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  41.84 
 
 		 525 aa  80.1  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  37.01 
 
 		 413 aa  76.6  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  37.01 
 
 		 413 aa  76.6  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  37.01 
 
 		 413 aa  76.6  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  49.35 
 
 		 479 aa  75.1  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1734  ATPase-like protein  39.34 
 
 		 977 aa  73.2  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  37.38 
 
 		 950 aa  72  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  40.38 
 
 		 481 aa  71.6  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  38 
 
 		 522 aa  71.6  0.00000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4526  transcriptional regulator  41.35 
 
 		 468 aa  71.2  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  39.39 
 
 		 409 aa  71.2  0.00000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  38.61 
 
 		 436 aa  67  0.0000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1551  response regulator receiver protein  39.22 
 
 		 277 aa  65.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26584  hitchhiker  0.0028864 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1181  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 234 aa  65.9  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00335068 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6027  transcriptional regulator, CadC  38.14 
 
 		 188 aa  65.1  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0284754  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.69 
 
 		 514 aa  64.7  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.69 
 
 		 514 aa  64.7  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5151  response regulator receiver protein  34.48 
 
 		 330 aa  65.1  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5401  transcriptional regulator, winged helix family  37.04 
 
 		 906 aa  64.7  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.69 
 
 		 514 aa  64.7  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.69 
 
 		 514 aa  64.7  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  30.69 
 
 		 395 aa  64.7  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.17 
 
 		 518 aa  63.5  0.000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  32.48 
 
 		 678 aa  63.2  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5241  LuxR family DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 330 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6123  transcriptional regulator, winged helix family  35.2 
 
 		 1010 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  27.12 
 
 		 712 aa  62.4  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  35.05 
 
 		 972 aa  62.8  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  30 
 
 		 425 aa  62  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3088  transcriptional regulator, CadC  38.61 
 
 		 574 aa  62  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.710875  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0231  two component LuxR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 330 aa  61.6  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5402  transcriptional regulator, winged helix family  39.6 
 
 		 901 aa  61.2  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  33.64 
 
 		 1014 aa  60.8  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  30.61 
 
 		 1080 aa  60.8  0.00000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1435  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.71 
 
 		 233 aa  59.7  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4920  LuxR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 545 aa  60.1  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  30.61 
 
 		 1075 aa  59.7  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  37.86 
 
 		 521 aa  59.3  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  30.61 
 
 		 1067 aa  59.3  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  38.38 
 
 		 382 aa  58.9  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1710  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  31.88 
 
 		 413 aa  59.7  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00769573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  30.61 
 
 		 1089 aa  59.3  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  31.19 
 
 		 618 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  27.64 
 
 		 1092 aa  59.3  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  30.61 
 
 		 1089 aa  59.3  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0043  transcriptional regulator domain-containing protein  35.11 
 
 		 543 aa  59.3  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.930122 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  33 
 
 		 521 aa  58.9  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1098  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.41 
 
 		 228 aa  58.2  0.0000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  33.64 
 
 		 601 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  30.1 
 
 		 527 aa  57.8  0.0000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1207  transcriptional regulator  40.4 
 
 		 922 aa  58.2  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598339  normal  0.808052 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0785  two component transcriptional regulator  33.67 
 
 		 229 aa  57.8  0.0000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0635827  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  33.64 
 
 		 601 aa  57.8  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  33.64 
 
 		 601 aa  57.8  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  29.59 
 
 		 1075 aa  57.8  0.0000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  29.59 
 
 		 1075 aa  57.4  0.0000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4798  two component transcriptional regulator  38.71 
 
 		 230 aa  57.8  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.358461 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 493 aa  57  0.0000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 493 aa  57  0.0000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  28.57 
 
 		 1092 aa  57  0.0000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  29.59 
 
 		 1063 aa  57  0.0000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  32.63 
 
 		 658 aa  57  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 493 aa  57  0.0000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  25.4 
 
 		 693 aa  57  0.0000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  31.91 
 
 		 1074 aa  57  0.0000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3423  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 224 aa  57  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.699539  normal  0.107362 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1599  two component transcriptional regulator  35.79 
 
 		 228 aa  56.6  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118902  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1176  two component transcriptional regulator  34.02 
 
 		 229 aa  57  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.149936 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  27.78 
 
 		 717 aa  56.6  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  30.21 
 
 		 512 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1351  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 225 aa  55.8  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  unclonable  0.0000000206018 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  32.26 
 
 		 966 aa  56.2  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.21 
 
 		 512 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4743  transcriptional regulator, CadC  34.78 
 
 		 294 aa  55.8  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.274982 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  30.61 
 
 		 961 aa  56.2  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6834  transcriptional regulator, winged helix family  39.73 
 
 		 921 aa  55.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.037754 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.21 
 
 		 512 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  30.21 
 
 		 512 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>