133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0861 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0861  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
580 aa  1167    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0968  TPR repeat-containing protein  86.55 
 
 
584 aa  1010    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5193  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  74.27 
 
 
582 aa  863    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117733  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3797  SARP family transcriptional regulator  34.94 
 
 
584 aa  295  1e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.231924  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  31.64 
 
 
531 aa  164  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3418  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  31.91 
 
 
595 aa  158  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565429  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3146  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  30.65 
 
 
598 aa  154  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1184  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  27.69 
 
 
631 aa  153  7e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  29.67 
 
 
522 aa  151  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0534  adenylate/guanylate cyclase  31.08 
 
 
642 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.397996  normal  0.0249995 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1942  TPR repeat-containing protein  29.37 
 
 
626 aa  145  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.420919 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0089  adenylate/guanylate cyclase  28.71 
 
 
647 aa  141  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4701  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  29.38 
 
 
658 aa  140  6e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.946311  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2813  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  30.28 
 
 
648 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3450  adenylate/guanylate cyclase  29.05 
 
 
652 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0096  adenylate/guanylate cyclase  30.25 
 
 
647 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.019026  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3473  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  28.72 
 
 
596 aa  129  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  30.08 
 
 
518 aa  127  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0527  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  26.85 
 
 
647 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0681662  normal  0.0228705 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  30.33 
 
 
510 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6439  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  29.16 
 
 
664 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.663004  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  30.63 
 
 
502 aa  116  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0043  transcriptional regulator domain-containing protein  30.73 
 
 
543 aa  115  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.930122 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  28.72 
 
 
502 aa  111  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2321  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  28.79 
 
 
568 aa  110  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154208  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3340  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  26.71 
 
 
622 aa  108  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.309134 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2656  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  25.46 
 
 
634 aa  107  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3936  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  24.66 
 
 
746 aa  106  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6629  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  28.79 
 
 
568 aa  106  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2731  SARP family transcriptional regulator  24.7 
 
 
644 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.92 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1052  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.89 
 
 
798 aa  105  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.687735 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  29.72 
 
 
522 aa  104  5e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  28.79 
 
 
499 aa  103  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4563  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  24.46 
 
 
624 aa  103  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.724776 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3642  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  26 
 
 
622 aa  102  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  26.68 
 
 
525 aa  102  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1135  TPR repeat-containing protein  23.72 
 
 
597 aa  100  7e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.449493  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  27.59 
 
 
521 aa  100  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3831  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  27.63 
 
 
643 aa  99  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1383  putative adenylate cyclase  27.46 
 
 
603 aa  98.6  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2395  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  27.55 
 
 
736 aa  97.8  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2490  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  26.54 
 
 
738 aa  97.8  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3222  transcriptional regulator domain-containing protein  25.56 
 
 
531 aa  97.4  6e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0589938  normal  0.749766 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1384  putative adenylate cyclase  29.26 
 
 
581 aa  97.4  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.316041  normal  0.0440449 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2315  adenylate/guanylate cyclase  28.62 
 
 
667 aa  97.4  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2885  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  26.09 
 
 
588 aa  97.1  8e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448647  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0538  SARP family transcriptional regulator  31.69 
 
 
266 aa  92.8  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.224574  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3419  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  29.14 
 
 
723 aa  92  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.141279  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5729  transcriptional regulator domain-containing protein  24.69 
 
 
508 aa  90.5  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.816557  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5448  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  25.23 
 
 
629 aa  88.6  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.296082 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1299  hypothetical protein  38.06 
 
 
644 aa  88.2  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135233  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0770  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  24.92 
 
 
757 aa  88.2  4e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.424396 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2958  SARP family transcriptional regulator  38.06 
 
 
644 aa  88.2  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.30707  normal  0.853466 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  27.35 
 
 
521 aa  87  8e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1736  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  25.88 
 
 
737 aa  87  9e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5023  transcriptional regulator, SARP family  25.69 
 
 
623 aa  86.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.494336  normal  0.650955 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4117  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  25.39 
 
 
769 aa  82.8  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.555121  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  23.91 
 
 
527 aa  82  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1455  serine/threonine protein kinase  27.45 
 
 
821 aa  82  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0100  hypothetical protein  25.26 
 
 
643 aa  81.3  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0645  TPR repeat-containing protein  25.94 
 
 
470 aa  80.9  0.00000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.165063 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3721  transcriptional regulatory protein-like  26.67 
 
 
515 aa  80.5  0.00000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0334  integral membrane protein-like protein  26.56 
 
 
605 aa  79.7  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.901439  hitchhiker  0.00276659 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6503  transcriptional regulator, SARP family  23.53 
 
 
649 aa  79.7  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3337  putative adenylate cyclase  34.41 
 
 
686 aa  77.8  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1549  protein kinase  23.25 
 
 
784 aa  75.5  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0320573 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5779  tetratricopeptide TPR_4  25.06 
 
 
594 aa  74.7  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.179451  normal  0.65033 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1578  SARP family transcriptional regulator  26.22 
 
 
530 aa  73.9  0.000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.584481  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3528  SARP family transcriptional regulator  35.4 
 
 
539 aa  71.6  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1735  SARP family transcriptional regulator  28.48 
 
 
636 aa  71.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.271583 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5906  putative adenylate cyclase 3  30.5 
 
 
408 aa  71.2  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0870  transcriptional regulator  35.77 
 
 
679 aa  68.9  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.918273 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4216  integral membrane protein-like  27.07 
 
 
607 aa  66.2  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3925  SARP family transcriptional regulator  28.72 
 
 
528 aa  63.2  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1418  hypothetical protein  23.04 
 
 
643 aa  62.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.070904 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1952  tetratricopeptide TPR_2  25.19 
 
 
375 aa  61.2  0.00000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106367  normal  0.0284663 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6036  transcriptional regulator, SARP family  21.81 
 
 
650 aa  60.5  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0951775  normal  0.443759 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6958  hypothetical protein  20.48 
 
 
600 aa  60.5  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4396  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.67 
 
 
822 aa  59.7  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1457  integral membrane protein-like protein  28.47 
 
 
646 aa  59.7  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.60002  normal  0.0210149 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  22.57 
 
 
425 aa  59.7  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7646  TPR repeat-containing protein  27.87 
 
 
529 aa  58.9  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.158995  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2399  hypothetical protein  22.17 
 
 
606 aa  56.6  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.797611  hitchhiker  0.00673398 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7193  transcriptional regulator, SARP family  22.57 
 
 
641 aa  55.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0854307  normal  0.06484 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4881  hypothetical protein  24.07 
 
 
605 aa  53.9  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59857  normal  0.792267 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1863  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.73 
 
 
344 aa  53.9  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1837  TPR repeat-containing protein  25.73 
 
 
344 aa  53.9  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2859  sulfotransferase  30.83 
 
 
832 aa  53.5  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.398491 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0331  TPR repeat-containing protein  26.35 
 
 
644 aa  52.8  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00856051 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2491  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.59 
 
 
689 aa  52.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  26.73 
 
 
810 aa  51.6  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  26.73 
 
 
878 aa  51.2  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  25.46 
 
 
479 aa  50.8  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  28.06 
 
 
816 aa  50.1  0.0001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2213  SARP family transcriptional regulator  24.21 
 
 
612 aa  50.1  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.226859  normal  0.3766 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  24.88 
 
 
3035 aa  48.9  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4488  transcriptional regulator domain protein  31.13 
 
 
404 aa  49.3  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.309141  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0233  transcriptional regulator, SARP family  32.62 
 
 
911 aa  49.3  0.0002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1647  transcriptional regulator, SARP family  33.8 
 
 
549 aa  48.5  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0722  TPR repeat-containing protein  28.78 
 
 
615 aa  48.1  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.434562 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>