More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0437 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  49.08 
 
 		 711 aa  738    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  100 
 
 		 762 aa  1577    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  43.68 
 
 		 756 aa  664    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  26.42 
 
 		 729 aa  93.2  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.33 
 
 		 512 aa  78.2  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  31.62 
 
 		 1092 aa  77.4  0.0000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  32.56 
 
 		 512 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  32.56 
 
 		 512 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.56 
 
 		 512 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  32.56 
 
 		 512 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.56 
 
 		 512 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.56 
 
 		 512 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.56 
 
 		 512 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  24.54 
 
 		 712 aa  76.6  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  24.46 
 
 		 717 aa  76.3  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  39.39 
 
 		 521 aa  74.7  0.000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  32.71 
 
 		 531 aa  73.9  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.55 
 
 		 1063 aa  71.6  0.00000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  34.55 
 
 		 1075 aa  71.2  0.00000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.55 
 
 		 1075 aa  71.2  0.00000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  34.55 
 
 		 1080 aa  71.2  0.00000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  20.9 
 
 		 772 aa  70.1  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  35.45 
 
 		 1075 aa  70.5  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  35.45 
 
 		 1089 aa  70.5  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  35.45 
 
 		 1089 aa  70.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  32.14 
 
 		 518 aa  70.5  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  34.55 
 
 		 1092 aa  70.5  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  28.24 
 
 		 522 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  29.1 
 
 		 425 aa  69.7  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  40 
 
 		 678 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  45.83 
 
 		 479 aa  69.3  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  33.61 
 
 		 525 aa  68.9  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  33.64 
 
 		 395 aa  67.8  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  21.45 
 
 		 725 aa  67.4  0.0000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.29 
 
 		 514 aa  67  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  32.98 
 
 		 522 aa  67  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.61 
 
 		 514 aa  67  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.61 
 
 		 514 aa  67  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.61 
 
 		 514 aa  67  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  33.64 
 
 		 1067 aa  67.4  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4972  transcriptional regulator  38.4 
 
 		 877 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.311827 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.04 
 
 		 413 aa  66.2  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  40 
 
 		 1074 aa  66.6  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  34.04 
 
 		 413 aa  66.2  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  34.04 
 
 		 413 aa  66.2  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  31.9 
 
 		 409 aa  66.6  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.84 
 
 		 518 aa  65.5  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  34.34 
 
 		 527 aa  64.3  0.000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0847  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  22.86 
 
 		 700 aa  64.3  0.000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.704427  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  33.71 
 
 		 436 aa  64.3  0.000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1710  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  29.17 
 
 		 413 aa  63.9  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00769573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  30.85 
 
 		 412 aa  63.9  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  29.46 
 
 		 954 aa  63.5  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5241  LuxR family DNA-binding response regulator  34.29 
 
 		 330 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0231  two component LuxR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 330 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  35.71 
 
 		 693 aa  63.2  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  36.17 
 
 		 972 aa  62.8  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  27.18 
 
 		 691 aa  63.5  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3075  transcriptional regulator, CadC  31 
 
 		 396 aa  62.4  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  29.73 
 
 		 521 aa  61.6  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  37.93 
 
 		 1020 aa  61.6  0.00000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  21.55 
 
 		 774 aa  61.6  0.00000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  33.7 
 
 		 1102 aa  61.6  0.00000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4743  transcriptional regulator, CadC  30.53 
 
 		 294 aa  61.6  0.00000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.274982 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5151  response regulator receiver protein  34.38 
 
 		 330 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  29 
 
 		 396 aa  59.3  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  29.84 
 
 		 950 aa  60.1  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  35.05 
 
 		 973 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  34.58 
 
 		 948 aa  59.3  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5826  transcriptional regulator  34.58 
 
 		 948 aa  59.3  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7016  transcriptional regulator  38.04 
 
 		 973 aa  58.5  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252317  normal  0.0265916 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3629  putative transcriptional regulator, CadC  32 
 
 		 501 aa  58.5  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.375084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  38.04 
 
 		 973 aa  58.5  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2898  cholera toxin transcriptional activator-like protein  30.88 
 
 		 282 aa  58.2  0.0000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.398883 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1734  ATPase-like protein  27.91 
 
 		 977 aa  58.5  0.0000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1479  transcriptional regulator  38.04 
 
 		 502 aa  58.2  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  36.62 
 
 		 711 aa  57.8  0.0000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0652  transcriptional regulator  28.4 
 
 		 348 aa  57.8  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  38.04 
 
 		 591 aa  57.8  0.0000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  32.61 
 
 		 1131 aa  57.4  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0214  transcriptional regulator  32.38 
 
 		 348 aa  57  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.634876 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  36.19 
 
 		 601 aa  56.6  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  36.19 
 
 		 601 aa  56.6  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  36.19 
 
 		 601 aa  56.6  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  25.53 
 
 		 715 aa  56.6  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  38.04 
 
 		 658 aa  55.8  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  31.52 
 
 		 396 aa  55.8  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2625  two component transcriptional regulator  40.22 
 
 		 231 aa  55.8  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.983258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.61 
 
 		 231 aa  55.8  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102691  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0942  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.61 
 
 		 231 aa  55.8  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0532517  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0821  two component transcriptional regulator  36.96 
 
 		 220 aa  55.1  0.000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.321247  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  31.96 
 
 		 956 aa  55.1  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3284  transcriptional regulator, CadC  27.27 
 
 		 584 aa  55.1  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.71 
 
 		 542 aa  55.1  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0798  two component transcriptional regulator  36.96 
 
 		 220 aa  55.1  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00207  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.27 
 
 		 523 aa  55.1  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2656  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.88 
 
 		 541 aa  55.1  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  36.96 
 
 		 591 aa  54.7  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3778  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.63 
 
 		 232 aa  55.1  0.000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0820994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  33.64 
 
 		 928 aa  54.7  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>