More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4743 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4743  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 294 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.274982 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  36.28 
 
 		 425 aa  83.6  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  30.32 
 
 		 527 aa  79.3  0.00000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  30.67 
 
 		 522 aa  74.3  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1710  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.23 
 
 		 413 aa  72.8  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00769573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  34.92 
 
 		 525 aa  72.4  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  38.14 
 
 		 518 aa  72  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  36.08 
 
 		 521 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3795  transcriptional regulator, CadC  38.54 
 
 		 325 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.264433  decreased coverage  0.000000426063 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0418  putative transcriptional regulator, CadC  36 
 
 		 297 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000126623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  29.25 
 
 		 413 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  32.67 
 
 		 521 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  29.25 
 
 		 413 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  29.25 
 
 		 413 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0468  putative transcriptional regulator, CadC  36.63 
 
 		 306 aa  65.1  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  34.17 
 
 		 756 aa  64.3  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  30.33 
 
 		 531 aa  63.2  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  25.75 
 
 		 717 aa  62.8  0.000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  29.19 
 
 		 711 aa  62.4  0.000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  29.13 
 
 		 409 aa  62.4  0.000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1074  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.63 
 
 		 248 aa  62.4  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0701  transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 308 aa  61.6  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  30.53 
 
 		 762 aa  61.2  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3304  transcriptional regulatory protein-like protein  31.48 
 
 		 580 aa  61.6  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4185  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.96 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.469867  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4297  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.96 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0925  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.64 
 
 		 248 aa  60.1  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0932454  normal  0.0109566 
 
 
-
 
NC_003296  RS03140  two component response regulator transcription regulator protein  29.9 
 
 		 245 aa  59.7  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.249511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  30.48 
 
 		 522 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  36.17 
 
 		 242 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1842  two component transcriptional regulator  35.35 
 
 		 240 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1442  two component transcriptional regulator  34 
 
 		 230 aa  58.2  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2666  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 255 aa  58.5  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.128945  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1467  two component transcriptional regulator  34.04 
 
 		 229 aa  58.5  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0237528  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  30.68 
 
 		 436 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  36.17 
 
 		 259 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0638  two component transcriptional regulator  34.65 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.403787  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  31.25 
 
 		 678 aa  57.8  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0723  transcriptional regulator, response regulator  34.78 
 
 		 225 aa  57.8  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  36.17 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1024  two component transcriptional regulator  32.97 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1370  two component response regulator  35.64 
 
 		 252 aa  57  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  37.65 
 
 		 725 aa  57  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 658 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_004310  BR0612  DNA-binding response regulator  36 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688885  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  32.04 
 
 		 711 aa  56.6  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4485  transcriptional regulator, CadC  28.41 
 
 		 520 aa  56.6  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0188012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3430  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.95 
 
 		 231 aa  56.6  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0611  DNA-binding response regulator  36 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0189  two component transcriptional regulator, winged helix family  34 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.364869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3078  two component transcriptional regulator  34.34 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 712 aa  55.8  0.0000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  27 
 
 		 693 aa  55.5  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3284  transcriptional regulator, CadC  34.78 
 
 		 584 aa  55.5  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1898  osmolarity response regulator  35.05 
 
 		 240 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.065084  normal  0.515659 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1648  osmolarity response regulator  35.05 
 
 		 240 aa  54.7  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.446623 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3359  transcriptional regulator, CadC  42.42 
 
 		 280 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.994625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0275  lateral flagellar transmembrane regulator LafZ  42.42 
 
 		 297 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.103038  normal  0.578449 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0821  two component transcriptional regulator  31.63 
 
 		 220 aa  54.7  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.321247  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1196  two-component transcriptional regulator  34 
 
 		 238 aa  54.3  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.25 
 
 		 518 aa  54.7  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  34.38 
 
 		 227 aa  54.3  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0798  two component transcriptional regulator  31.63 
 
 		 220 aa  54.7  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2012  winged helix family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 241 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.566736  normal  0.606644 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  30.11 
 
 		 591 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0495  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.08 
 
 		 232 aa  54.7  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2236  two component transcriptional regulator  36 
 
 		 227 aa  54.3  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.214459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0435  DNA-binding response regulator  33.01 
 
 		 228 aa  54.7  0.000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1569  osmolarity response regulator  35.05 
 
 		 240 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.306137  normal  0.101265 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  34.62 
 
 		 262 aa  54.3  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0937  transcriptional regulator, CadC  31.85 
 
 		 696 aa  53.9  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0901523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1368  osmolarity response regulator  35.05 
 
 		 240 aa  53.9  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  28.87 
 
 		 972 aa  53.9  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3442  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 241 aa  53.9  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.297648  normal  0.0871248 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3484  two component transcriptional regulator  37.37 
 
 		 249 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524014  normal  0.179131 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0406  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.66 
 
 		 232 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.076876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.11 
 
 		 239 aa  53.9  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  23.12 
 
 		 950 aa  53.5  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3274  transcriptional regulator OmpR, putative  37 
 
 		 245 aa  53.5  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0331967  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2872  two component transcriptional regulator, winged helix family  37 
 
 		 245 aa  53.5  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000541059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0902  two component transcriptional regulator  33 
 
 		 224 aa  53.5  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  34 
 
 		 238 aa  53.5  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0275  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 228 aa  53.1  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0264375 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0835  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.95 
 
 		 222 aa  53.1  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000540746 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5481  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 228 aa  53.1  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537932  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0669  two component transcriptional regulator  33.68 
 
 		 239 aa  53.1  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.851863  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1947  osmolarity response regulator  35.05 
 
 		 240 aa  53.1  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3240  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.93 
 
 		 229 aa  52.8  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.713085  normal  0.151148 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1291  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.11 
 
 		 222 aa  52.8  0.000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1824  two component transcriptional regulator  31.18 
 
 		 222 aa  52.8  0.000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  25.25 
 
 		 412 aa  52.8  0.000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  34.67 
 
 		 729 aa  52.8  0.000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2141  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 241 aa  52.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.316028  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1844  response regulator receiver  33.66 
 
 		 224 aa  52.4  0.000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0160507  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1285  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.89 
 
 		 234 aa  52.4  0.000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.477652  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  28.87 
 
 		 234 aa  51.6  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  34.52 
 
 		 928 aa  52  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1873  two component transcriptional regulator  27.17 
 
 		 226 aa  51.6  0.00001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  28.87 
 
 		 234 aa  51.6  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08380  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  32.58 
 
 		 244 aa  52  0.00001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0276649  normal  0.165598 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>