224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A2656 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_00207  DNA-binding transcriptional activator CadC  61.89 
 
 		 523 aa  665    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2656  DNA-binding transcriptional activator CadC  100 
 
 		 541 aa  1114    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002187  transcriptional activator of cad operon  60.92 
 
 		 522 aa  656    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000411708  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  47.42 
 
 		 542 aa  493  9.999999999999999e-139  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.25 
 
 		 514 aa  161  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.25 
 
 		 514 aa  161  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.04 
 
 		 514 aa  161  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.04 
 
 		 514 aa  160  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  25.98 
 
 		 512 aa  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  25.98 
 
 		 512 aa  157  6e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  25.98 
 
 		 512 aa  157  6e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  25.98 
 
 		 512 aa  157  7e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  25.98 
 
 		 512 aa  157  7e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  25.92 
 
 		 518 aa  156  7e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  25.98 
 
 		 512 aa  157  7e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  25.79 
 
 		 512 aa  155  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  25.79 
 
 		 512 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  27.2 
 
 		 395 aa  126  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  24.14 
 
 		 712 aa  72.8  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  32.04 
 
 		 691 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  34.71 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  37.62 
 
 		 717 aa  70.5  0.00000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  32.67 
 
 		 1102 aa  67.8  0.0000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2898  cholera toxin transcriptional activator-like protein  34.82 
 
 		 282 aa  67  0.0000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.398883 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  35.07 
 
 		 290 aa  66.6  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  31.63 
 
 		 693 aa  64.7  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  31.43 
 
 		 1075 aa  62  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  31.43 
 
 		 1075 aa  62.4  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  30.17 
 
 		 1080 aa  62  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  32.04 
 
 		 1092 aa  62  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  31.43 
 
 		 1063 aa  62  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  36.59 
 
 		 412 aa  61.2  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  37.65 
 
 		 1020 aa  60.5  0.00000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  30.48 
 
 		 1089 aa  60.5  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  30.48 
 
 		 1089 aa  60.5  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  30.69 
 
 		 1075 aa  60.1  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  32.69 
 
 		 711 aa  59.7  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  30.48 
 
 		 1067 aa  60.1  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  30.48 
 
 		 1092 aa  59.7  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  39.02 
 
 		 490 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  27.57 
 
 		 774 aa  59.3  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  32.69 
 
 		 499 aa  59.3  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  33.64 
 
 		 502 aa  58.5  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.54 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  32.26 
 
 		 294 aa  57.4  0.0000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  26.47 
 
 		 518 aa  57  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  31.07 
 
 		 522 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  34.65 
 
 		 678 aa  56.2  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1016  transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 250 aa  56.2  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.483037  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  31.31 
 
 		 382 aa  56.2  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0964  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 219 aa  56.2  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  33.64 
 
 		 502 aa  55.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3284  transcriptional regulator, CadC  34.31 
 
 		 584 aa  55.8  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4023  invasion protein regulator  29.41 
 
 		 565 aa  55.5  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  36.26 
 
 		 729 aa  55.5  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  32.69 
 
 		 531 aa  55.1  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  28.71 
 
 		 425 aa  54.7  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  27.88 
 
 		 762 aa  55.1  0.000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3629  putative transcriptional regulator, CadC  28.43 
 
 		 501 aa  54.7  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.375084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3029  invasion protein regulator  30.53 
 
 		 553 aa  54.3  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0229765 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1710  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  28.3 
 
 		 413 aa  54.3  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00769573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3081  invasion protein regulator  30.53 
 
 		 553 aa  54.7  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000362191 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2998  invasion protein regulator  30.53 
 
 		 553 aa  54.7  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000362876  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3186  invasion protein regulator  30.53 
 
 		 555 aa  54.7  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.735415 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3065  invasion protein regulator  30.53 
 
 		 553 aa  54.7  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.359189 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  29 
 
 		 1131 aa  54.3  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  33.33 
 
 		 772 aa  53.9  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  36.78 
 
 		 715 aa  53.9  0.000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  27.88 
 
 		 756 aa  53.9  0.000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4918  two component transcriptional regulator  35.58 
 
 		 234 aa  53.5  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1875  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.62 
 
 		 183 aa  53.9  0.000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  27.97 
 
 		 961 aa  53.5  0.000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0893  winged helix family two component transcriptional regulator  36 
 
 		 233 aa  53.5  0.000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  28.85 
 
 		 1074 aa  53.5  0.000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1712  transcriptional regulator, putative  24.72 
 
 		 507 aa  53.1  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  34.74 
 
 		 956 aa  53.1  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  41.1 
 
 		 928 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0781  two component transcriptional regulator  36 
 
 		 233 aa  53.5  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.174075 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  28.28 
 
 		 227 aa  53.5  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  31.73 
 
 		 504 aa  52.8  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3116  two component transcriptional regulator  28.33 
 
 		 229 aa  52.8  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.202822  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  25.13 
 
 		 711 aa  52.8  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  31.31 
 
 		 436 aa  52.8  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0652  transcriptional regulator  30.88 
 
 		 348 aa  52.4  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  24.83 
 
 		 525 aa  52  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  35.42 
 
 		 945 aa  52  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  30.1 
 
 		 409 aa  52  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1991  two component transcriptional regulator  34.62 
 
 		 235 aa  51.6  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0544  winged helix family two component response transcriptional regulator  30.43 
 
 		 167 aa  51.2  0.00004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5401  transcriptional regulator, winged helix family  32.61 
 
 		 906 aa  51.2  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  32.98 
 
 		 510 aa  50.8  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0745  two-component regulator  27.84 
 
 		 223 aa  50.4  0.00007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.802142  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0214  transcriptional regulator  29.45 
 
 		 348 aa  50.4  0.00008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.634876 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0195  transcriptional regulator, CadC  40 
 
 		 277 aa  50.4  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0871  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.66 
 
 		 214 aa  50.4  0.00009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143126  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0640  two component transcriptional regulator  33.65 
 
 		 233 aa  49.7  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772339  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  38.96 
 
 		 714 aa  50.1  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1311  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 262 aa  49.3  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5402  transcriptional regulator, winged helix family  32.97 
 
 		 901 aa  49.3  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5151  response regulator receiver protein  27.27 
 
 		 330 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.347676 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>