More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0799 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  60.91 
 
 		 1075 aa  1354    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  61.61 
 
 		 1075 aa  1398    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  59.73 
 
 		 1089 aa  1342    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  50.81 
 
 		 1131 aa  1053    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0402  transcriptional regulator, CadC  45.9 
 
 		 1124 aa  950    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  57.74 
 
 		 1063 aa  1264    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  60.73 
 
 		 1075 aa  1365    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 1102 aa  2271    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  60 
 
 		 1080 aa  1336    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  48.04 
 
 		 1074 aa  972    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  60 
 
 		 1089 aa  1349    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  58.82 
 
 		 1067 aa  1303    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  39.96 
 
 		 1092 aa  647    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  58.89 
 
 		 1092 aa  1291    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4287  HEAT repeat-domain-containing protein-like protein  29.61 
 
 		 1194 aa  153  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.248989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4807  serine/threonine protein kinase  27.56 
 
 		 1078 aa  143  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.551353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2167  serine/threonine protein kinase  26.34 
 
 		 973 aa  129  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.037734  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5302  serine/threonine protein kinase  25.93 
 
 		 972 aa  125  6e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1272  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  25.54 
 
 		 1190 aa  122  3.9999999999999996e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000159501 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4295  WD-40 repeat-containing protein  27.41 
 
 		 1399 aa  121  9e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5605  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  24.63 
 
 		 1823 aa  119  3e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.899312  normal  0.15288 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3207  WD-40 repeat-containing protein  28.94 
 
 		 1157 aa  119  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.357908 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5405  hypothetical protein  23.3 
 
 		 1073 aa  118  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1417  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  25.58 
 
 		 1598 aa  115  6e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1418  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.79 
 
 		 1607 aa  114  8.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3099  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  24.91 
 
 		 1599 aa  114  8.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.392467 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0372  serine/threonine protein kinase  27.04 
 
 		 1032 aa  114  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.904942 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2424  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  21.02 
 
 		 986 aa  112  3e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.918325  normal  0.204979 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1225  serine/threonine protein kinase  25.21 
 
 		 897 aa  111  9.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.692846  normal  0.0133766 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2159  serine/threonine protein kinase  24.76 
 
 		 1353 aa  110  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3910  WD-40 repeat-containing protein  27.59 
 
 		 1152 aa  110  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1092  serine/threonine protein kinase  24.31 
 
 		 969 aa  108  6e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1191  serine/threonine protein kinase  24.31 
 
 		 969 aa  108  6e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0571  serine/threonine protein kinase  24.1 
 
 		 965 aa  107  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.616948 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1422  serine/threonine protein kinase  27.14 
 
 		 1046 aa  107  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6918  transcriptional regulator, XRE family  27.8 
 
 		 1334 aa  105  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00260237  hitchhiker  0.000100378 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0276  WD-40 repeat-containing protein  27.71 
 
 		 994 aa  105  6e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.741402 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.68 
 
 		 1481 aa  104  8e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0794  tetratricopeptide TPR_4  25.3 
 
 		 539 aa  104  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.674308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7085  WD-40 repeat-containing protein  25.74 
 
 		 1265 aa  103  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3444  WD-40 repeat protein  23.91 
 
 		 1308 aa  100  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.777666  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1024  hypothetical protein  21.82 
 
 		 1026 aa  100  2e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000341432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03461  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 205 aa  97.1  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2751  WD-40 repeat-containing protein  25.19 
 
 		 1355 aa  95.9  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.865283 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0573  transcriptional activator domain-containing protein  28.52 
 
 		 1699 aa  95.9  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.836093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  23.03 
 
 		 1553 aa  95.5  5e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5333  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  23.21 
 
 		 1684 aa  92.4  4e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.90192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2184  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.95 
 
 		 1240 aa  92  6e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.653337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2638  hypothetical protein  21.82 
 
 		 681 aa  90.9  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.55896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1432  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  25.55 
 
 		 1609 aa  90.1  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  36.73 
 
 		 412 aa  88.6  7e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3078  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  22.58 
 
 		 1711 aa  87.4  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.771707  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3798  WD40 repeat, subgroup  24.58 
 
 		 1301 aa  87.8  0.000000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  27.73 
 
 		 1510 aa  86.7  0.000000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3572  diguanylate cyclase  22.29 
 
 		 902 aa  85.9  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3451  WD40 repeat, subgroup  29.39 
 
 		 1357 aa  85.5  0.000000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3023  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  30.14 
 
 		 1267 aa  85.5  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.164436 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3123  hypothetical protein  23.62 
 
 		 1392 aa  85.1  0.000000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2525  serine/threonine protein kinase  26.74 
 
 		 947 aa  84.7  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0438712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2232  serine/threonine protein kinase  27.56 
 
 		 1085 aa  82.8  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.235062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0928  serine/threonine protein kinase  22.76 
 
 		 1005 aa  82  0.00000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  39.22 
 
 		 717 aa  80.9  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3825  serine/threonine protein kinase  22.48 
 
 		 1014 aa  80.1  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.445982  normal  0.0369399 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0039  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  21.88 
 
 		 1686 aa  79  0.0000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0781722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  28.64 
 
 		 928 aa  79  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3823  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.54 
 
 		 1617 aa  79  0.0000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0782446 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4184  hypothetical protein  24.81 
 
 		 1657 aa  77.8  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0532898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6600  transcriptional activator domain-containing protein  26.17 
 
 		 1733 aa  77.8  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3296  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.42 
 
 		 1547 aa  76.6  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.558559 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0112  WD-40 repeat protein  24.86 
 
 		 1236 aa  77.4  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0636944 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.15 
 
 		 512 aa  76.3  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1435  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.76 
 
 		 1626 aa  75.9  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  34 
 
 		 756 aa  75.9  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2824  serine/threonine protein kinase  22.48 
 
 		 1020 aa  76.3  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.533566  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  29.41 
 
 		 512 aa  75.5  0.000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  29.41 
 
 		 512 aa  75.5  0.000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.41 
 
 		 512 aa  75.5  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.41 
 
 		 512 aa  75.5  0.000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.65 
 
 		 542 aa  75.1  0.000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  29.41 
 
 		 512 aa  75.5  0.000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.41 
 
 		 512 aa  75.5  0.000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.41 
 
 		 512 aa  75.5  0.000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.46 
 
 		 518 aa  74.7  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  34.34 
 
 		 691 aa  74.7  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4789  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  28 
 
 		 1623 aa  74.3  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.702991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7125  WD-40 repeat-containing protein  26.86 
 
 		 1401 aa  73.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.62 
 
 		 514 aa  73.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.62 
 
 		 514 aa  73.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1433  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.16 
 
 		 1583 aa  72.8  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  36.08 
 
 		 514 aa  73.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.62 
 
 		 514 aa  73.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  34.62 
 
 		 395 aa  72.8  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  37.62 
 
 		 693 aa  72  0.00000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1793  transcriptional regulator, XRE family  24.89 
 
 		 901 aa  71.6  0.00000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.03808  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3295  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  28.95 
 
 		 1398 aa  71.2  0.00000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  32.38 
 
 		 382 aa  71.2  0.00000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6551  serine/threonine protein kinase  27.27 
 
 		 1013 aa  71.2  0.00000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.285307 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1734  ATPase-like protein  26.92 
 
 		 977 aa  70.1  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  24.34 
 
 		 954 aa  70.1  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0561  WD-40 repeat protein  23.58 
 
 		 1344 aa  68.6  0.0000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0971599  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>