194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0402 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  47.7 
 
 		 1075 aa  973    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  48.01 
 
 		 1075 aa  949    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  36.34 
 
 		 1092 aa  649    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  48.87 
 
 		 1131 aa  982    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0402  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 1124 aa  2315    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  47.83 
 
 		 1063 aa  994    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  47.53 
 
 		 1075 aa  960    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  45.9 
 
 		 1102 aa  941    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  53.18 
 
 		 1080 aa  970    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  46.39 
 
 		 1074 aa  795    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  53.09 
 
 		 1067 aa  958    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  47.08 
 
 		 1092 aa  949    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  48.06 
 
 		 1089 aa  979    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  47.97 
 
 		 1089 aa  981    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4287  HEAT repeat-domain-containing protein-like protein  30.93 
 
 		 1194 aa  162  4e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.248989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4807  serine/threonine protein kinase  28.54 
 
 		 1078 aa  154  1e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.551353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2167  serine/threonine protein kinase  28.88 
 
 		 973 aa  149  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.037734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3207  WD-40 repeat-containing protein  28.93 
 
 		 1157 aa  146  3e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.357908 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3451  WD40 repeat, subgroup  29.26 
 
 		 1357 aa  142  3.9999999999999997e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3910  WD-40 repeat-containing protein  27.55 
 
 		 1152 aa  140  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6918  transcriptional regulator, XRE family  28.86 
 
 		 1334 aa  139  3.0000000000000003e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00260237  hitchhiker  0.000100378 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4295  WD-40 repeat-containing protein  27.47 
 
 		 1399 aa  135  5e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3099  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.09 
 
 		 1599 aa  127  8.000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.392467 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5302  serine/threonine protein kinase  27.11 
 
 		 972 aa  127  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2525  serine/threonine protein kinase  25.24 
 
 		 947 aa  126  3e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0438712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2159  serine/threonine protein kinase  27.17 
 
 		 1353 aa  123  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0372  serine/threonine protein kinase  26.73 
 
 		 1032 aa  122  3e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.904942 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3444  WD-40 repeat protein  26.64 
 
 		 1308 aa  117  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.777666  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2184  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  25.98 
 
 		 1240 aa  116  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.653337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7085  WD-40 repeat-containing protein  25 
 
 		 1265 aa  114  8.000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1191  serine/threonine protein kinase  26.93 
 
 		 969 aa  114  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5605  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  28.3 
 
 		 1823 aa  114  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.899312  normal  0.15288 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1092  serine/threonine protein kinase  26.93 
 
 		 969 aa  114  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0573  transcriptional activator domain-containing protein  29.44 
 
 		 1699 aa  113  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.836093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6551  serine/threonine protein kinase  26.92 
 
 		 1013 aa  112  3e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.285307 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1225  serine/threonine protein kinase  25.54 
 
 		 897 aa  112  5e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.692846  normal  0.0133766 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0571  serine/threonine protein kinase  26.93 
 
 		 965 aa  112  5e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.616948 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1422  serine/threonine protein kinase  25.67 
 
 		 1046 aa  112  6e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4789  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.08 
 
 		 1623 aa  110  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.702991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0112  WD-40 repeat protein  24.65 
 
 		 1236 aa  110  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0636944 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1417  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  28 
 
 		 1598 aa  108  6e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03461  transcriptional regulator  41.5 
 
 		 205 aa  107  9e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  27.67 
 
 		 1510 aa  107  1e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2751  WD-40 repeat-containing protein  28.14 
 
 		 1355 aa  107  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.865283 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1272  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  24.25 
 
 		 1190 aa  105  4e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000159501 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5405  hypothetical protein  23.58 
 
 		 1073 aa  105  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3078  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.27 
 
 		 1711 aa  103  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.771707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  26.08 
 
 		 1481 aa  103  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  24.63 
 
 		 1553 aa  102  4e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0276  WD-40 repeat-containing protein  25.56 
 
 		 994 aa  102  6e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.741402 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3572  diguanylate cyclase  23.78 
 
 		 902 aa  100  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4184  hypothetical protein  24.69 
 
 		 1657 aa  97.4  1e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0532898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2424  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  22.69 
 
 		 986 aa  97.4  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.918325  normal  0.204979 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3079  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.56 
 
 		 1760 aa  97.1  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.606691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0794  tetratricopeptide TPR_4  24.93 
 
 		 539 aa  95.9  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.674308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6600  transcriptional activator domain-containing protein  26.55 
 
 		 1733 aa  95.9  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5333  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  24.35 
 
 		 1684 aa  96.3  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.90192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0039  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  26.22 
 
 		 1686 aa  95.5  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0781722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1433  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.02 
 
 		 1583 aa  95.5  5e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3825  serine/threonine protein kinase  25.14 
 
 		 1014 aa  93.2  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.445982  normal  0.0369399 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1432  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  25.83 
 
 		 1609 aa  91.7  7e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0928  serine/threonine protein kinase  25.14 
 
 		 1005 aa  90.9  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3123  hypothetical protein  25.15 
 
 		 1392 aa  90.5  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2232  serine/threonine protein kinase  23.96 
 
 		 1085 aa  85.9  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.235062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6781  WD-40 repeat-containing protein  24.04 
 
 		 1230 aa  85.9  0.000000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.57679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2911  transcriptional regulator, SARP family  27.41 
 
 		 885 aa  85.5  0.000000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00504446  hitchhiker  0.0000384659 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7125  WD-40 repeat-containing protein  24.68 
 
 		 1401 aa  84.7  0.000000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2824  serine/threonine protein kinase  24.64 
 
 		 1020 aa  83.6  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.533566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1793  transcriptional regulator, XRE family  30.6 
 
 		 901 aa  83.2  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.03808  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3823  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  24.44 
 
 		 1617 aa  82.4  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0782446 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0561  WD-40 repeat protein  26.09 
 
 		 1344 aa  81.3  0.00000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0971599  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3023  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.41 
 
 		 1267 aa  80.9  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.164436 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3296  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  25.88 
 
 		 1547 aa  80.9  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.558559 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2638  hypothetical protein  23.95 
 
 		 681 aa  80.1  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.55896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3798  WD40 repeat, subgroup  23.36 
 
 		 1301 aa  78.6  0.0000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1418  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.51 
 
 		 1607 aa  78.6  0.0000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1435  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.72 
 
 		 1626 aa  73.6  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4252  WD-40 repeat-containing protein  22.62 
 
 		 1424 aa  72.8  0.00000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.501692  normal  0.871737 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6182  serine/threonine protein kinase  24.1 
 
 		 1314 aa  71.2  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0261102 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3295  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  25.28 
 
 		 1398 aa  70.5  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  32.04 
 
 		 412 aa  70.1  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  34.29 
 
 		 717 aa  67  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  32.69 
 
 		 691 aa  65.1  0.000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1024  hypothetical protein  48.44 
 
 		 1026 aa  64.3  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000341432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1734  ATPase-like protein  26.2 
 
 		 977 aa  63.2  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5262  hypothetical protein  44.62 
 
 		 1432 aa  62.4  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.435656  hitchhiker  0.00193947 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  27.52 
 
 		 712 aa  62  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  32.32 
 
 		 409 aa  62  0.00000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.94 
 
 		 514 aa  60.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  28.5 
 
 		 961 aa  60.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.94 
 
 		 514 aa  60.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.94 
 
 		 514 aa  60.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  25.95 
 
 		 518 aa  60.5  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0174  hypothetical protein  38.55 
 
 		 787 aa  60.1  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2917  SEFIR domain protein  24.36 
 
 		 1611 aa  60.5  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.362761  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  33.02 
 
 		 512 aa  59.7  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.02 
 
 		 512 aa  59.7  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.23 
 
 		 514 aa  60.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  34.23 
 
 		 395 aa  59.7  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.02 
 
 		 512 aa  60.1  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>