More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5304 on replicon NC_009507
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 382 aa  734    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4558  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  37.98 
 
 		 323 aa  77.8  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  33.66 
 
 		 712 aa  76.6  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  32.79 
 
 		 425 aa  75.1  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  30.56 
 
 		 717 aa  75.1  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  35.43 
 
 		 729 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  35.92 
 
 		 518 aa  74.7  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  40.7 
 
 		 711 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.25 
 
 		 512 aa  73.6  0.000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  28.57 
 
 		 512 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  28.57 
 
 		 512 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.57 
 
 		 512 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.57 
 
 		 512 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.57 
 
 		 512 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.57 
 
 		 512 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  28.57 
 
 		 512 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1734  ATPase-like protein  37.06 
 
 		 977 aa  72.4  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  38.78 
 
 		 725 aa  72  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  32.38 
 
 		 1102 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  33.33 
 
 		 1131 aa  70.1  0.00000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  35.92 
 
 		 1080 aa  69.7  0.00000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  41.67 
 
 		 510 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 1020 aa  69.3  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  35.92 
 
 		 1089 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  35.92 
 
 		 1089 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  35.92 
 
 		 1075 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  36.46 
 
 		 961 aa  67.8  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  35.71 
 
 		 522 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5241  LuxR family DNA-binding response regulator  40.22 
 
 		 330 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3075  transcriptional regulator, CadC  38.6 
 
 		 396 aa  67.4  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5151  response regulator receiver protein  40.91 
 
 		 330 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4234  transcriptional regulatory protein-like  35.58 
 
 		 469 aa  67.4  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.95 
 
 		 1075 aa  67  0.0000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  33.86 
 
 		 504 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  34.95 
 
 		 1067 aa  67  0.0000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  34.95 
 
 		 1075 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  37.76 
 
 		 396 aa  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  37.72 
 
 		 396 aa  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.95 
 
 		 1063 aa  66.2  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  33.01 
 
 		 1092 aa  65.5  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  31.15 
 
 		 395 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  39.8 
 
 		 945 aa  65.1  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  31.68 
 
 		 1092 aa  65.1  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3222  transcriptional regulator domain-containing protein  38.78 
 
 		 531 aa  65.1  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0589938  normal  0.749766 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5401  transcriptional regulator, winged helix family  37.93 
 
 		 906 aa  65.1  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  34.92 
 
 		 518 aa  64.3  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  31.07 
 
 		 1074 aa  64.3  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  32.79 
 
 		 711 aa  63.9  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.15 
 
 		 514 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.15 
 
 		 514 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.15 
 
 		 514 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.15 
 
 		 514 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2939  response regulator receiver  41.05 
 
 		 232 aa  63.9  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2919  transcriptional regulatory protein-like protein  35.35 
 
 		 604 aa  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.104867  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  32.5 
 
 		 525 aa  62.8  0.000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2120  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.63 
 
 		 238 aa  62.4  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  32.72 
 
 		 1014 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  34.91 
 
 		 521 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  33.54 
 
 		 618 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2998  invasion protein regulator  36.46 
 
 		 553 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000362876  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3186  invasion protein regulator  36.46 
 
 		 555 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.735415 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3081  invasion protein regulator  36.46 
 
 		 553 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000362191 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5390  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.04 
 
 		 243 aa  62  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  28 
 
 		 691 aa  61.6  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21090  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  38.95 
 
 		 231 aa  62  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.664911  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  34.15 
 
 		 954 aa  62  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3065  invasion protein regulator  36.46 
 
 		 553 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.359189 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3029  invasion protein regulator  36.46 
 
 		 553 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0229765 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  35.48 
 
 		 956 aa  61.2  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1551  response regulator receiver protein  37.89 
 
 		 277 aa  61.2  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26584  hitchhiker  0.0028864 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0043  transcriptional regulator domain-containing protein  35.35 
 
 		 543 aa  61.2  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.930122 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0231  two component LuxR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 330 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5402  transcriptional regulator, winged helix family  34.95 
 
 		 901 aa  60.8  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  34.58 
 
 		 774 aa  60.8  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1871  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.1 
 
 		 226 aa  60.5  0.00000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.105791  normal  0.266081 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  39.25 
 
 		 966 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3304  transcriptional regulatory protein-like protein  37.37 
 
 		 580 aa  60.5  0.00000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1394  two component transcriptional regulator  32.65 
 
 		 236 aa  60.5  0.00000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000024965  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  32.79 
 
 		 527 aa  60.1  0.00000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  34.69 
 
 		 521 aa  60.1  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1155  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.54 
 
 		 230 aa  59.3  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.560017  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  39.39 
 
 		 502 aa  59.3  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  38.6 
 
 		 601 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0835  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.64 
 
 		 222 aa  58.9  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000540746 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  38.6 
 
 		 601 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  38.6 
 
 		 601 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  30.53 
 
 		 693 aa  58.5  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2051  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  34.31 
 
 		 230 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191031  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3284  transcriptional regulator, CadC  38.38 
 
 		 584 aa  58.9  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  31.31 
 
 		 294 aa  58.2  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08380  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  36.67 
 
 		 244 aa  58.9  0.0000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0276649  normal  0.165598 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3050  two component transcriptional regulator  36.56 
 
 		 224 aa  58.2  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.519152  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  33.98 
 
 		 772 aa  58.9  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  38.05 
 
 		 658 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3000  transcriptional regulator  36.27 
 
 		 458 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000507386  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  31.62 
 
 		 928 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 413 aa  57.8  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4123  transcriptional regulator  36.27 
 
 		 458 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000465407 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3173  transcriptional regulator  36.27 
 
 		 458 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 413 aa  57.8  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>