264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2494 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  100 
 
 		 542 aa  1126    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2656  DNA-binding transcriptional activator CadC  47.42 
 
 		 541 aa  493  9.999999999999999e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00207  DNA-binding transcriptional activator CadC  47.64 
 
 		 523 aa  489  1e-137  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002187  transcriptional activator of cad operon  47.05 
 
 		 522 aa  483  1e-135  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000411708  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  25.19 
 
 		 518 aa  141  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  25.95 
 
 		 514 aa  140  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  25.95 
 
 		 514 aa  140  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  25.64 
 
 		 514 aa  140  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  25.64 
 
 		 514 aa  140  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  25.97 
 
 		 512 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  25.19 
 
 		 512 aa  127  6e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  25.19 
 
 		 512 aa  127  6e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  25.19 
 
 		 512 aa  127  7e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  25.19 
 
 		 512 aa  127  7e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  25.19 
 
 		 512 aa  127  7e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  25.09 
 
 		 512 aa  126  8.000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  24.91 
 
 		 512 aa  125  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  26.87 
 
 		 395 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  37.76 
 
 		 717 aa  77.8  0.0000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  34.65 
 
 		 1102 aa  75.5  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  36 
 
 		 691 aa  74.3  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  31.3 
 
 		 1092 aa  68.2  0.0000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  29.55 
 
 		 1075 aa  66.2  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  31.63 
 
 		 693 aa  65.5  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  31.68 
 
 		 1063 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  32 
 
 		 1075 aa  65.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  31.68 
 
 		 1080 aa  65.9  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  29.55 
 
 		 1089 aa  65.1  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  29.55 
 
 		 1075 aa  65.1  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  29.55 
 
 		 1067 aa  64.7  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  37.65 
 
 		 1020 aa  64.3  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  29.55 
 
 		 1089 aa  64.3  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  26.53 
 
 		 712 aa  63.2  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  34.88 
 
 		 711 aa  62  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  36.05 
 
 		 678 aa  61.6  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  28.79 
 
 		 1092 aa  61.2  0.00000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1712  transcriptional regulator, putative  33.72 
 
 		 507 aa  59.3  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  36.99 
 
 		 412 aa  58.9  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  34.94 
 
 		 715 aa  58.9  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2898  cholera toxin transcriptional activator-like protein  39.02 
 
 		 282 aa  58.5  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.398883 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  31 
 
 		 1131 aa  58.2  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  28.83 
 
 		 1074 aa  58.2  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  42.86 
 
 		 294 aa  57.4  0.0000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  29.36 
 
 		 711 aa  56.6  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  25.2 
 
 		 525 aa  56.6  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 928 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  30.28 
 
 		 531 aa  56.6  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  28.95 
 
 		 522 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  26.67 
 
 		 521 aa  55.8  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  28.71 
 
 		 762 aa  55.1  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  31.11 
 
 		 774 aa  55.1  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  37.66 
 
 		 714 aa  55.1  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4023  invasion protein regulator  27.06 
 
 		 565 aa  54.7  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  30 
 
 		 382 aa  54.7  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  34.15 
 
 		 490 aa  54.3  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1101  transcriptional regulator domain-containing protein  37.66 
 
 		 713 aa  54.3  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000631181  hitchhiker  0.00725129 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1710  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  24.42 
 
 		 413 aa  54.7  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00769573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  40.28 
 
 		 292 aa  54.3  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  29 
 
 		 729 aa  54.3  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0544  winged helix family two component response transcriptional regulator  30.43 
 
 		 167 aa  53.9  0.000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  27.18 
 
 		 425 aa  53.5  0.000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  40.28 
 
 		 290 aa  53.5  0.000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  30.56 
 
 		 499 aa  53.5  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  24.51 
 
 		 518 aa  53.5  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6178  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  32.97 
 
 		 391 aa  53.1  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.677803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  38.1 
 
 		 725 aa  53.1  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  31.37 
 
 		 502 aa  53.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  31.07 
 
 		 502 aa  53.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  31.68 
 
 		 510 aa  53.1  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3629  putative transcriptional regulator, CadC  26.72 
 
 		 501 aa  52.8  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.375084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0964  transcriptional regulator  29.03 
 
 		 219 aa  52.4  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1490  two component transcriptional regulator  35.48 
 
 		 239 aa  52.8  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1016  transcriptional regulator, CadC  29.03 
 
 		 250 aa  52.8  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.483037  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  31.65 
 
 		 772 aa  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3116  two component transcriptional regulator  28.87 
 
 		 229 aa  52.4  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.202822  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  34.83 
 
 		 716 aa  52.8  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  33 
 
 		 504 aa  52  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0402  transcriptional regulator, CadC  28.43 
 
 		 1124 aa  52  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  35.9 
 
 		 479 aa  52  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0847  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  32.1 
 
 		 700 aa  52  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.704427  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  31.96 
 
 		 436 aa  52  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  31.52 
 
 		 481 aa  51.6  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1728  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.63 
 
 		 233 aa  51.6  0.00004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  30.93 
 
 		 409 aa  51.6  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3284  transcriptional regulator, CadC  32.91 
 
 		 584 aa  50.8  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  26.79 
 
 		 973 aa  51.2  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  29.59 
 
 		 950 aa  51.2  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4298  two component transcriptional regulator  34.65 
 
 		 227 aa  50.8  0.00006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3608  two component transcriptional regulator  34.65 
 
 		 227 aa  50.8  0.00006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.657014 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2998  invasion protein regulator  28.72 
 
 		 553 aa  50.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000362876  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  30.63 
 
 		 954 aa  50.8  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3186  invasion protein regulator  28.72 
 
 		 555 aa  50.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.735415 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3065  invasion protein regulator  28.72 
 
 		 553 aa  50.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.359189 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0819  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.36 
 
 		 246 aa  50.4  0.00007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3081  invasion protein regulator  28.72 
 
 		 553 aa  50.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000362191 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3029  invasion protein regulator  28.72 
 
 		 553 aa  50.4  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0229765 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2504  DNA-binding response regulator  29.17 
 
 		 227 aa  50.4  0.00008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4998  DNA-binding response regulator  28.16 
 
 		 237 aa  50.4  0.00008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.709524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2210  DNA-binding response regulator  29.17 
 
 		 227 aa  50.4  0.00009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  30.11 
 
 		 956 aa  50.1  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>