119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1712 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1712  transcriptional regulator, putative  100 
 
 		 507 aa  1038    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004232  hypothetical protein  38.92 
 
 		 506 aa  303  7.000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000250821  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.66 
 
 		 512 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  32.67 
 
 		 512 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  32.67 
 
 		 512 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  32.67 
 
 		 512 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.67 
 
 		 512 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.67 
 
 		 512 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.67 
 
 		 512 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.67 
 
 		 512 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0964  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 219 aa  65.1  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1016  transcriptional regulator, CadC  34.38 
 
 		 250 aa  65.1  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.483037  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.9 
 
 		 518 aa  63.9  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  29.41 
 
 		 395 aa  63.9  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.04 
 
 		 514 aa  62.4  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.04 
 
 		 514 aa  62.4  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.04 
 
 		 514 aa  62.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.04 
 
 		 514 aa  62.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.72 
 
 		 542 aa  59.3  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  28.87 
 
 		 591 aa  55.1  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  28.24 
 
 		 591 aa  53.5  0.000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2656  DNA-binding transcriptional activator CadC  24.72 
 
 		 541 aa  53.1  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  26.17 
 
 		 525 aa  53.1  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  28.74 
 
 		 601 aa  51.6  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  28.74 
 
 		 601 aa  51.6  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  28.74 
 
 		 601 aa  51.6  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  28.07 
 
 		 658 aa  51.6  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3363  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.72 
 
 		 218 aa  50.8  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0369165 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  26.61 
 
 		 729 aa  50.8  0.00006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 518 aa  50.1  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0520  two component transcriptional regulator  31.53 
 
 		 234 aa  50.1  0.00009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.224382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002187  transcriptional activator of cad operon  29.81 
 
 		 522 aa  49.7  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000411708  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1479  transcriptional regulator  27 
 
 		 502 aa  49.7  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  27 
 
 		 973 aa  49.7  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7016  transcriptional regulator  27 
 
 		 973 aa  49.7  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252317  normal  0.0265916 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.1 
 
 		 223 aa  50.1  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.682864 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  30.23 
 
 		 756 aa  48.9  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1613  response regulator receiver  31.65 
 
 		 225 aa  49.3  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.97266  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1224  hypothetical protein  35.71 
 
 		 302 aa  49.3  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0204898  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1174  two component heavy metal response transcriptional regulator  30.69 
 
 		 224 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.216853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0704  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 227 aa  48.5  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.593451 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0915  two component transcriptional regulator  27.45 
 
 		 225 aa  48.1  0.0004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5401  transcriptional regulator, winged helix family  23.6 
 
 		 906 aa  47.8  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4798  two component transcriptional regulator  30.19 
 
 		 230 aa  47.8  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.358461 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0767  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 229 aa  48.1  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.870104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  27.68 
 
 		 717 aa  47.4  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1734  ATPase-like protein  25.26 
 
 		 977 aa  47.4  0.0006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1505  two component heavy metal response transcriptional regulator  31.31 
 
 		 225 aa  47  0.0009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228186  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  31.31 
 
 		 225 aa  47  0.0009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  31.31 
 
 		 225 aa  47  0.0009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2165  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  32.11 
 
 		 232 aa  47  0.0009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.77286 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1438  DNA-binding response regulator CzrR  30.69 
 
 		 224 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2330  DNA-binding response regulator  25.64 
 
 		 228 aa  46.2  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2474  heavy metal response regulator  31.25 
 
 		 223 aa  46.6  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5826  transcriptional regulator  26.26 
 
 		 948 aa  46.6  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4283  two component heavy metal response transcriptional regulator  30.69 
 
 		 224 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0230752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0652  transcriptional regulator  24.07 
 
 		 348 aa  46.2  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00207  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.55 
 
 		 523 aa  46.2  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4369  two component heavy metal response transcriptional regulator  30.69 
 
 		 224 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0732935 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  26.26 
 
 		 948 aa  46.6  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5408  transcriptional regulator, winged helix family  26.67 
 
 		 953 aa  46.2  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.17847  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  25.44 
 
 		 950 aa  46.2  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1497  heavy metal response regulator  30.1 
 
 		 228 aa  45.8  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  28.4 
 
 		 1020 aa  45.4  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2919  transcriptional regulatory protein-like protein  26.21 
 
 		 604 aa  45.8  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.104867  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  29.36 
 
 		 226 aa  45.8  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5196  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.58 
 
 		 232 aa  45.8  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.28208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  27.18 
 
 		 972 aa  45.8  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02470  hypothetical protein  27.78 
 
 		 250 aa  45.4  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0214  transcriptional regulator  22.53 
 
 		 348 aa  45.8  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.634876 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0725  putative transcriptional regulator, CadC  22.53 
 
 		 305 aa  45.4  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  33.33 
 
 		 714 aa  45.8  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  24.14 
 
 		 510 aa  45.4  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5426  two component transcriptional regulator  31.03 
 
 		 251 aa  45.4  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9846  two component response regulator  31.43 
 
 		 225 aa  45.8  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2248  transcriptional regulator  27.71 
 
 		 959 aa  45.1  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1494  response regulator receiver domain-containing protein  30.21 
 
 		 227 aa  45.1  0.003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  25.32 
 
 		 678 aa  45.1  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2149  two component transcriptional regulator  25.74 
 
 		 221 aa  45.1  0.003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2743  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.61 
 
 		 228 aa  45.1  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5335  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  34.65 
 
 		 228 aa  45.4  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733276  normal  0.970872 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4900  two component transcriptional regulator, winged helix family  23.96 
 
 		 221 aa  45.1  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.196174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  26.01 
 
 		 725 aa  45.4  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13760  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  31.17 
 
 		 225 aa  45.4  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3629  putative transcriptional regulator, CadC  26.67 
 
 		 501 aa  45.1  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.375084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  24.74 
 
 		 973 aa  45.1  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1718  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  34.65 
 
 		 228 aa  45.4  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.348336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1780  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  34.65 
 
 		 228 aa  45.1  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.817023  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5383  two component heavy metal response transcriptional regulator  29.52 
 
 		 225 aa  44.7  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.651671 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0655  two component response regulator transcription regulator protein  35 
 
 		 228 aa  44.7  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.81937 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  22.83 
 
 		 436 aa  44.7  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0293  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.58 
 
 		 226 aa  44.7  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.591061  normal  0.658536 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1324  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 		 220 aa  44.7  0.004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.273971  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  22.05 
 
 		 522 aa  44.3  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0815  two component transcriptional regulator  29.27 
 
 		 248 aa  44.3  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.348891 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  30 
 
 		 691 aa  44.3  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3674  two component transcriptional regulator  27.03 
 
 		 263 aa  44.3  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.400914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0195  transcriptional regulator, CadC  28.42 
 
 		 277 aa  44.7  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3888  two component transcriptional regulator  25.23 
 
 		 223 aa  44.3  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.130623  normal  0.799765 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5178  two component heavy metal response transcriptional regulator  29.41 
 
 		 225 aa  44.3  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.341313  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>