228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002187 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_00207  DNA-binding transcriptional activator CadC  87.38 
 
 
523 aa  942    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002187  transcriptional activator of cad operon  100 
 
 
522 aa  1079    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000411708  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2656  DNA-binding transcriptional activator CadC  60.92 
 
 
541 aa  659    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  47.05 
 
 
542 aa  487  1e-136  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.27 
 
 
514 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.27 
 
 
514 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.08 
 
 
514 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.27 
 
 
514 aa  163  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  25.68 
 
 
518 aa  145  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.76 
 
 
512 aa  139  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.76 
 
 
512 aa  139  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  26.56 
 
 
512 aa  138  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  26.56 
 
 
512 aa  138  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.56 
 
 
512 aa  138  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  26.56 
 
 
512 aa  138  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.56 
 
 
512 aa  138  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.56 
 
 
512 aa  138  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  27.23 
 
 
395 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  32.85 
 
 
717 aa  78.6  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  37.23 
 
 
290 aa  69.3  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  33.33 
 
 
691 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  30.99 
 
 
522 aa  67.4  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2898  cholera toxin transcriptional activator-like protein  36.84 
 
 
282 aa  65.5  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.398883 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  34.29 
 
 
1020 aa  63.9  0.000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  26.32 
 
 
712 aa  63.5  0.000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  23.04 
 
 
425 aa  63.2  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  28.38 
 
 
525 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  32.28 
 
 
292 aa  63.2  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  29.06 
 
 
693 aa  63.2  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  30.3 
 
 
1102 aa  62.4  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  31.73 
 
 
1092 aa  62.4  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  45.68 
 
 
294 aa  62  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  31.11 
 
 
490 aa  60.8  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  29.81 
 
 
1075 aa  59.7  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  29.81 
 
 
1075 aa  59.7  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  32.95 
 
 
412 aa  59.7  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  27.72 
 
 
518 aa  60.1  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  29.33 
 
 
772 aa  58.9  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  30.3 
 
 
1075 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1710  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  32.04 
 
 
413 aa  58.5  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00769573  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  29.81 
 
 
1089 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  29.81 
 
 
1063 aa  59.3  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  29.81 
 
 
1080 aa  59.3  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  30.3 
 
 
1089 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  29.52 
 
 
1074 aa  58.5  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  30.3 
 
 
1092 aa  58.2  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  31.31 
 
 
409 aa  57.4  0.0000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  26.76 
 
 
531 aa  57  0.0000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  31.68 
 
 
928 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  27.53 
 
 
729 aa  56.2  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  28.85 
 
 
1067 aa  56.2  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  28.33 
 
 
382 aa  56.2  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  30.69 
 
 
774 aa  56.6  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0964  transcriptional regulator  32.26 
 
 
219 aa  56.6  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  27.67 
 
 
961 aa  56.2  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4023  invasion protein regulator  28.43 
 
 
565 aa  55.5  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1016  transcriptional regulator, CadC  32.26 
 
 
250 aa  55.8  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.483037  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  35.53 
 
 
711 aa  55.5  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  32.97 
 
 
678 aa  56.2  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  28.28 
 
 
1131 aa  55.8  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  32.32 
 
 
436 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  29.55 
 
 
499 aa  55.5  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0781  two component transcriptional regulator  37.63 
 
 
233 aa  55.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.174075 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4918  two component transcriptional regulator  37.63 
 
 
234 aa  55.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0893  winged helix family two component transcriptional regulator  37.63 
 
 
233 aa  55.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  35.79 
 
 
956 aa  54.7  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3629  putative transcriptional regulator, CadC  28.83 
 
 
501 aa  54.7  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.375084  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.63 
 
 
237 aa  54.7  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0195  transcriptional regulator, CadC  33.7 
 
 
277 aa  53.9  0.000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  32.08 
 
 
502 aa  53.9  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  27.54 
 
 
711 aa  53.9  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  26.8 
 
 
227 aa  53.5  0.000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3081  invasion protein regulator  29.47 
 
 
553 aa  53.5  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000362191 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  27.27 
 
 
762 aa  53.5  0.000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2998  invasion protein regulator  29.47 
 
 
553 aa  53.5  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000362876  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3186  invasion protein regulator  29.47 
 
 
555 aa  53.5  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.735415 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3029  invasion protein regulator  29.47 
 
 
553 aa  53.5  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0229765 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3065  invasion protein regulator  29.47 
 
 
553 aa  53.5  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.359189 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3284  transcriptional regulator, CadC  29.29 
 
 
584 aa  52.8  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  37.18 
 
 
715 aa  53.1  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  24.29 
 
 
510 aa  53.1  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  30.68 
 
 
228 aa  53.1  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1991  two component transcriptional regulator  36.56 
 
 
235 aa  52.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  33.68 
 
 
493 aa  52.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  33.68 
 
 
493 aa  52.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  33.68 
 
 
493 aa  52.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  29.75 
 
 
521 aa  52.8  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  27 
 
 
756 aa  51.6  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  33.71 
 
 
504 aa  51.6  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1224  hypothetical protein  28.1 
 
 
302 aa  51.2  0.00005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0204898  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  30.39 
 
 
502 aa  51.2  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1311  transcriptional regulator  27.17 
 
 
262 aa  50.8  0.00006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  30 
 
 
413 aa  50.8  0.00006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3116  two component transcriptional regulator  29.29 
 
 
229 aa  50.8  0.00006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.202822  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  30 
 
 
413 aa  50.8  0.00006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  30 
 
 
413 aa  50.8  0.00006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  27.27 
 
 
228 aa  50.8  0.00006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0745  two-component regulator  27.84 
 
 
223 aa  50.8  0.00006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.802142  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0640  two component transcriptional regulator  34.38 
 
 
233 aa  50.4  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772339  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1569  winged helix family two component response transcriptional regulator  30.43 
 
 
236 aa  50.4  0.00008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000954897  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>