More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2743 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2743  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 228 aa  466  9.999999999999999e-131  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0577  two component transcriptional regulator, winged helix family  67.4 
 
 		 231 aa  322  3e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0903513 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2552  two component transcriptional regulator, winged helix family  62.17 
 
 		 230 aa  308  2.9999999999999997e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000276879  normal  0.180215 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1849  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.96 
 
 		 228 aa  304  9.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.418833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2762  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.52 
 
 		 225 aa  265  4e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2929  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.21 
 
 		 230 aa  255  4e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0551332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.44 
 
 		 266 aa  245  4e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.453489  normal  0.0202921 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4793  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.33 
 
 		 225 aa  238  4e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2619  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 		 224 aa  237  1e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0732  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.11 
 
 		 231 aa  236  2e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0453  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 		 225 aa  230  1e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.904663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2944  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.23 
 
 		 223 aa  229  3e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.470859  normal  0.70587 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.35 
 
 		 223 aa  224  1e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.682864 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3855  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.22 
 
 		 226 aa  217  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.845216 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  49.12 
 
 		 224 aa  217  1e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0274  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.35 
 
 		 232 aa  217  1e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.701823  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3673  response regulator receiver  47.35 
 
 		 227 aa  215  4e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  47.79 
 
 		 224 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.56 
 
 		 224 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1247  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.78 
 
 		 235 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.464606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  48.89 
 
 		 228 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  48.89 
 
 		 226 aa  211  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.12 
 
 		 224 aa  211  7.999999999999999e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2474  heavy metal response regulator  50 
 
 		 223 aa  210  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.9 
 
 		 232 aa  209  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3400  two component transcriptional regulator  51.33 
 
 		 224 aa  209  3e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.105495  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1658  two component transcriptional regulator  47.79 
 
 		 230 aa  209  4e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.450735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  45.78 
 
 		 223 aa  206  3e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  47.35 
 
 		 224 aa  205  4e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2388  heavy metal response regulator  46.67 
 
 		 228 aa  204  8e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000142984  normal  0.119734 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2101  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  46.67 
 
 		 228 aa  204  8e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1345  response regulator receiver  47.62 
 
 		 227 aa  204  9e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.71904 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2158  two component heavy metal response transcriptional regulator  48 
 
 		 226 aa  202  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144347  normal  0.036827 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  46.67 
 
 		 225 aa  202  3e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  46.05 
 
 		 236 aa  202  5e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.92 
 
 		 225 aa  201  6e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1699  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.56 
 
 		 226 aa  201  7e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00419772 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3426  DNA-binding transcriptional activator CusR  43.75 
 
 		 226 aa  201  7e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 226 aa  201  7e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3584  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.56 
 
 		 226 aa  201  8e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4296  DNA-binding transcriptional activator CusR  44.2 
 
 		 226 aa  201  9e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000252174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2007  two component transcriptional regulator  46.46 
 
 		 223 aa  200  9.999999999999999e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3985  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  48.21 
 
 		 226 aa  200  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  46.22 
 
 		 223 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0258  DNA-binding transcriptional activator CusR  43.75 
 
 		 226 aa  199  3e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0187  two component transcriptional regulator  47.51 
 
 		 227 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0344  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.09 
 
 		 231 aa  198  5e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  43.3 
 
 		 225 aa  197  7.999999999999999e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1438  DNA-binding response regulator CzrR  47.11 
 
 		 224 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4283  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.11 
 
 		 224 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0230752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1026  two component transcriptional regulator  45.09 
 
 		 224 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442073 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2192  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.61 
 
 		 230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2480  DNA-binding heavy metal response regulator  45.98 
 
 		 230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000187636  normal  0.518539 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  44.89 
 
 		 228 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0836  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.54 
 
 		 224 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.368612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2084  DNA-binding heavy metal response regulator  45.61 
 
 		 230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000771382  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0615  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 228 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0841359  normal  0.719107 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4369  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.67 
 
 		 224 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0732935 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0378  DNA-binding heavy metal response regulator  45.54 
 
 		 224 aa  195  6e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3615  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.33 
 
 		 224 aa  195  6e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  46.88 
 
 		 226 aa  194  6e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3002  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 		 230 aa  195  6e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.67465  normal  0.369251 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0759  two component transcriptional regulator  42.48 
 
 		 223 aa  194  7e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128917  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4800  heavy metal response regulator  45.54 
 
 		 224 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185939 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3058  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  42.41 
 
 		 227 aa  194  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.43 
 
 		 225 aa  194  1e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3720  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.33 
 
 		 224 aa  194  1e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0618  DNA-binding transcriptional activator CusR  42.41 
 
 		 227 aa  194  1e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000374882  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3075  DNA-binding transcriptional activator CusR  42.41 
 
 		 227 aa  194  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0588  DNA-binding transcriptional activator CusR  42.41 
 
 		 227 aa  194  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.372008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.41 
 
 		 225 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0651  DNA-binding transcriptional activator CusR  42.41 
 
 		 227 aa  194  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.589216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3892  putative two-component response regulator  45.54 
 
 		 229 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.25 
 
 		 227 aa  194  1e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0047  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  44.44 
 
 		 224 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.116112  hitchhiker  0.00000494979 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5383  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.5 
 
 		 225 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.651671 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0061  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.44 
 
 		 224 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.382659  hitchhiker  0.0034413 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0064  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.44 
 
 		 224 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118539 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4391  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.64 
 
 		 224 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.593256 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3961  heavy metal response regulator  45.78 
 
 		 229 aa  193  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00889091  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0061  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.44 
 
 		 224 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0868462 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00532  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CusS  41.96 
 
 		 227 aa  192  3e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2104  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.15 
 
 		 225 aa  192  3e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.302064  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0589  DNA-binding transcriptional activator CusR  41.96 
 
 		 227 aa  192  3e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.180273  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00521  hypothetical protein  41.96 
 
 		 227 aa  192  3e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3962  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.3 
 
 		 225 aa  192  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.13 
 
 		 227 aa  192  5e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0990  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.36 
 
 		 222 aa  191  6e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000957791  decreased coverage  0.0000715536 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5186  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.44 
 
 		 223 aa  191  6e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45880  putative two-component response regulator  45.09 
 
 		 229 aa  191  6e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2946  DNA-binding heavy metal response regulator  45.09 
 
 		 223 aa  191  7e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0781  hypothetical protein  44.64 
 
 		 223 aa  191  9e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.5 
 
 		 225 aa  191  9e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.5 
 
 		 225 aa  191  9e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0468746 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0019  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.5 
 
 		 225 aa  191  9e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.593373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1292  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.93 
 
 		 226 aa  190  1e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.66664 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001641  putative two component response regulator transcription regulator protein  43.36 
 
 		 230 aa  190  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.170142  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3349  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.44 
 
 		 223 aa  190  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1815  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.54 
 
 		 224 aa  189  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275759  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.67 
 
 		 223 aa  189  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>