More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0918 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 725 aa  1490    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  33.94 
 
 		 729 aa  395  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  23.58 
 
 		 717 aa  164  4.0000000000000004e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  23.82 
 
 		 712 aa  130  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  23.04 
 
 		 711 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1101  transcriptional regulator domain-containing protein  23.08 
 
 		 713 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000631181  hitchhiker  0.00725129 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  22.9 
 
 		 714 aa  108  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  23.95 
 
 		 711 aa  103  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  21.17 
 
 		 774 aa  103  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  24.26 
 
 		 715 aa  100  8e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0847  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  21.82 
 
 		 700 aa  84.3  0.000000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.704427  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  22.11 
 
 		 678 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  27.69 
 
 		 693 aa  82  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  27.88 
 
 		 756 aa  79  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  38.02 
 
 		 1074 aa  79  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4234  transcriptional regulatory protein-like  23.94 
 
 		 469 aa  78.2  0.0000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  19.92 
 
 		 772 aa  77.8  0.0000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2965  transcriptional regulator domain-containing protein  22.71 
 
 		 716 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00199161  normal  0.0124128 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1577  serine/threonine protein kinase  22.27 
 
 		 969 aa  72.4  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.713812 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  38.78 
 
 		 382 aa  72.4  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2883  transcriptional regulator domain-containing protein  22.5 
 
 		 716 aa  72.4  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.011265  hitchhiker  0.0000000742237 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  22.14 
 
 		 762 aa  71.6  0.00000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  37.36 
 
 		 1089 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  37.36 
 
 		 1089 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  32.98 
 
 		 412 aa  70.5  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  37.36 
 
 		 1075 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  37.14 
 
 		 1075 aa  67.8  0.0000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  32.62 
 
 		 421 aa  67.8  0.0000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  37.14 
 
 		 1063 aa  67.8  0.0000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  37.14 
 
 		 1075 aa  68.2  0.0000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  29.27 
 
 		 1102 aa  68.2  0.0000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  36.19 
 
 		 1080 aa  67.8  0.0000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  22.79 
 
 		 716 aa  67.4  0.0000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  33.94 
 
 		 512 aa  67  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  33.94 
 
 		 512 aa  67  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.94 
 
 		 512 aa  67  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.94 
 
 		 512 aa  67  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.94 
 
 		 512 aa  67  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.94 
 
 		 512 aa  67  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  33.94 
 
 		 512 aa  67  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  35.58 
 
 		 518 aa  65.9  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  36.26 
 
 		 1067 aa  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.94 
 
 		 512 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  34.69 
 
 		 691 aa  66.2  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  33.86 
 
 		 294 aa  65.1  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  36.26 
 
 		 1092 aa  63.9  0.000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4558  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  38.55 
 
 		 323 aa  64.3  0.000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1875  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  37 
 
 		 183 aa  63.9  0.000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  34.29 
 
 		 1092 aa  63.5  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  25.87 
 
 		 1005 aa  63.9  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  35.48 
 
 		 928 aa  62.4  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0652  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 348 aa  61.6  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  29.73 
 
 		 502 aa  61.6  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1818  peptidase S9, prolyl oligopeptidase active site region  23.66 
 
 		 692 aa  61.6  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0201758  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  29.73 
 
 		 502 aa  61.6  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  34.91 
 
 		 290 aa  60.8  0.00000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0725  putative transcriptional regulator, CadC  37.5 
 
 		 305 aa  60.8  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  22.51 
 
 		 1553 aa  60.8  0.00000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1734  ATPase-like protein  34.74 
 
 		 977 aa  60.5  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.19 
 
 		 514 aa  60.1  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.19 
 
 		 514 aa  60.1  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  22.86 
 
 		 1059 aa  60.5  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  33.7 
 
 		 945 aa  60.5  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.19 
 
 		 514 aa  60.1  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.19 
 
 		 514 aa  60.1  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0554  putative transcriptional regulator, CadC  20.8 
 
 		 702 aa  60.1  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0214  transcriptional regulator  36.46 
 
 		 348 aa  59.7  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.634876 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  33.01 
 
 		 395 aa  59.7  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  29.5 
 
 		 292 aa  58.9  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  22.94 
 
 		 409 aa  58.5  0.0000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3242  Fibronectin type III domain protein  29.74 
 
 		 405 aa  58.2  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.643664  normal  0.636807 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  32.26 
 
 		 499 aa  58.5  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4873  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.26 
 
 		 228 aa  57.4  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0727597  normal  0.414949 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4743  transcriptional regulator, CadC  37.65 
 
 		 294 aa  57.4  0.0000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.274982 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2922  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.11 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.221617  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00402  putative two component response regulator transcription regulator protein  34.38 
 
 		 221 aa  57  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00497843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6985  two component transcriptional regulator  35.05 
 
 		 229 aa  57  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0162975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1451  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 235 aa  57  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.236123  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3153  peptidase S41  32 
 
 		 1090 aa  56.2  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  28.85 
 
 		 504 aa  56.2  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2573  amidohydrolase family protein  23.44 
 
 		 1071 aa  55.8  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186395  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2067  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.68 
 
 		 233 aa  55.8  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000016314  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1944  translocation protein TolB  26.78 
 
 		 427 aa  56.2  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.526613 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3933  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  27.16 
 
 		 298 aa  56.2  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.560245 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  32.35 
 
 		 413 aa  55.8  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  26.63 
 
 		 567 aa  55.8  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0562  translocation protein TolB  26.5 
 
 		 444 aa  55.8  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  29.52 
 
 		 428 aa  55.5  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  32.35 
 
 		 413 aa  55.8  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  32.35 
 
 		 413 aa  55.8  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2322  translocation protein TolB  26.5 
 
 		 444 aa  55.1  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0205331  normal  0.53419 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0669  translocation protein TolB  26.5 
 
 		 444 aa  55.1  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.303969  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  36 
 
 		 948 aa  55.1  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4751  translocation protein TolB  29.78 
 
 		 450 aa  55.1  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5241  LuxR family DNA-binding response regulator  34.34 
 
 		 330 aa  54.7  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  28.47 
 
 		 522 aa  54.7  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5151  response regulator receiver protein  34.34 
 
 		 330 aa  54.7  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3119  translocation protein TolB  23.48 
 
 		 439 aa  54.7  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1385  hypothetical protein  24.32 
 
 		 656 aa  54.3  0.000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  32.65 
 
 		 1131 aa  54.7  0.000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>