218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_00207 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_002187  transcriptional activator of cad operon  86.07 
 
 		 522 aa  933    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000411708  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2656  DNA-binding transcriptional activator CadC  61.89 
 
 		 541 aa  667    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00207  DNA-binding transcriptional activator CadC  100 
 
 		 523 aa  1082    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  48.15 
 
 		 542 aa  494  9.999999999999999e-139  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.63 
 
 		 514 aa  162  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.63 
 
 		 514 aa  162  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.63 
 
 		 514 aa  161  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.44 
 
 		 514 aa  160  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  25.29 
 
 		 518 aa  155  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.85 
 
 		 512 aa  147  6e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.41 
 
 		 512 aa  147  6e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  26.65 
 
 		 512 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  26.65 
 
 		 512 aa  145  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.65 
 
 		 512 aa  145  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  26.65 
 
 		 512 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.32 
 
 		 512 aa  145  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.65 
 
 		 512 aa  145  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  27.11 
 
 		 395 aa  128  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  33.59 
 
 		 717 aa  75.9  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  22.28 
 
 		 425 aa  70.9  0.00000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  33.33 
 
 		 691 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  33.66 
 
 		 522 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2898  cholera toxin transcriptional activator-like protein  38.95 
 
 		 282 aa  64.7  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.398883 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  26.32 
 
 		 712 aa  64.3  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  34.04 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  27.57 
 
 		 729 aa  63.9  0.000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 1020 aa  62.4  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  30.48 
 
 		 1102 aa  62.8  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  31.25 
 
 		 693 aa  62.4  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  30.63 
 
 		 1075 aa  62  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  30.63 
 
 		 1063 aa  61.6  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  30.63 
 
 		 1075 aa  62  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  30.63 
 
 		 1092 aa  61.6  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  30.63 
 
 		 1080 aa  61.6  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  30.43 
 
 		 1074 aa  61.2  0.00000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  30.63 
 
 		 1067 aa  61.2  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  30.72 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  29.73 
 
 		 1089 aa  60.1  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  29.73 
 
 		 1089 aa  60.1  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1710  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  33.01 
 
 		 413 aa  60.1  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00769573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  30.19 
 
 		 1075 aa  59.7  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  27.81 
 
 		 772 aa  59.7  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  27.72 
 
 		 518 aa  59.3  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  28.36 
 
 		 531 aa  58.5  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  26.17 
 
 		 525 aa  58.2  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 490 aa  58.2  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  36.36 
 
 		 412 aa  57.8  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  38.18 
 
 		 294 aa  57.8  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  27.01 
 
 		 1131 aa  57.8  0.0000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  29.25 
 
 		 1092 aa  57.8  0.0000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  31.31 
 
 		 409 aa  56.6  0.0000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0964  transcriptional regulator  32.26 
 
 		 219 aa  57  0.0000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  25.18 
 
 		 711 aa  56.6  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4023  invasion protein regulator  28.43 
 
 		 565 aa  56.6  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1016  transcriptional regulator, CadC  32.26 
 
 		 250 aa  56.2  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.483037  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  29.7 
 
 		 956 aa  56.2  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  32.32 
 
 		 436 aa  55.8  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  30.69 
 
 		 774 aa  55.8  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  34.12 
 
 		 711 aa  55.5  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3629  putative transcriptional regulator, CadC  29.73 
 
 		 501 aa  55.5  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.375084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  27.27 
 
 		 762 aa  55.1  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  29.75 
 
 		 521 aa  54.7  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  31.31 
 
 		 499 aa  54.7  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0893  winged helix family two component transcriptional regulator  37.63 
 
 		 233 aa  54.3  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3284  transcriptional regulator, CadC  29.29 
 
 		 584 aa  54.3  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0781  two component transcriptional regulator  37.63 
 
 		 233 aa  54.3  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.174075 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4918  two component transcriptional regulator  37.63 
 
 		 234 aa  54.3  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  29.29 
 
 		 382 aa  54.3  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2998  invasion protein regulator  29.47 
 
 		 553 aa  53.5  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000362876  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3065  invasion protein regulator  29.47 
 
 		 553 aa  53.5  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.359189 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3029  invasion protein regulator  29.47 
 
 		 553 aa  53.5  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0229765 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  31.87 
 
 		 678 aa  53.9  0.000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  24.79 
 
 		 756 aa  53.5  0.000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3081  invasion protein regulator  29.47 
 
 		 553 aa  53.5  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000362191 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3186  invasion protein regulator  29.47 
 
 		 555 aa  53.5  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.735415 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.63 
 
 		 237 aa  53.5  0.000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  32.08 
 
 		 502 aa  53.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  30.68 
 
 		 228 aa  52.4  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  34.09 
 
 		 928 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  31.07 
 
 		 504 aa  52.8  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  37.18 
 
 		 715 aa  52.8  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  32.99 
 
 		 493 aa  52  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3116  two component transcriptional regulator  29.29 
 
 		 229 aa  51.6  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.202822  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  32.99 
 
 		 493 aa  52  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  32.99 
 
 		 493 aa  52  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  25.77 
 
 		 227 aa  51.6  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1991  two component transcriptional regulator  36.56 
 
 		 235 aa  52  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  28.16 
 
 		 510 aa  52  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1224  hypothetical protein  30.58 
 
 		 302 aa  52  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0204898  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0745  two-component regulator  28.87 
 
 		 223 aa  52  0.00003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.802142  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  29.13 
 
 		 961 aa  51.6  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  32.38 
 
 		 502 aa  51.2  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5402  transcriptional regulator, winged helix family  32.67 
 
 		 901 aa  50.4  0.00007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  28.41 
 
 		 228 aa  50.4  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3304  transcriptional regulatory protein-like protein  33 
 
 		 580 aa  50.4  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  33 
 
 		 725 aa  50.4  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  32.97 
 
 		 479 aa  50.1  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0175  two-component response regulator  27.84 
 
 		 224 aa  50.1  0.0001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  26.73 
 
 		 973 aa  49.7  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  30.3 
 
 		 413 aa  49.7  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>