More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3304 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3304  transcriptional regulatory protein-like protein  100 
 
 		 580 aa  1182    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4485  transcriptional regulator, CadC  57.25 
 
 		 520 aa  616  1e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0188012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  32.85 
 
 		 810 aa  83.6  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  30.96 
 
 		 878 aa  82.8  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.32 
 
 		 632 aa  80.5  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2480  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  25.94 
 
 		 1022 aa  78.2  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2349  TPR repeat-containing protein  28.11 
 
 		 649 aa  76.6  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0186841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  26.46 
 
 		 3145 aa  74.7  0.000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2853  TPR repeat-containing protein  28.72 
 
 		 3172 aa  73.6  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  28.5 
 
 		 1276 aa  72.8  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0540  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.35 
 
 		 1056 aa  72.8  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0423513  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  29.63 
 
 		 739 aa  71.6  0.00000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  48.53 
 
 		 1067 aa  71.2  0.00000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3748  TPR repeat-containing protein  29.95 
 
 		 1450 aa  71.2  0.00000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2680  peptidase S41  25.43 
 
 		 745 aa  70.9  0.00000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.20871  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2431  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28.73 
 
 		 818 aa  70.5  0.00000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8213  TPR repeat-containing protein  26.88 
 
 		 392 aa  70.5  0.00000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0720948  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1834  TPR repeat-containing protein  29.1 
 
 		 593 aa  70.1  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1653  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30 
 
 		 758 aa  69.7  0.0000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3340  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  24.91 
 
 		 622 aa  69.7  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.309134 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2286  TPR repeat-containing protein  29.65 
 
 		 291 aa  68.9  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.441531 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02811  hypothetical protein  30.38 
 
 		 837 aa  69.7  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.370164 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  47.06 
 
 		 1089 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3186  invasion protein regulator  38.89 
 
 		 555 aa  68.6  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.735415 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  47.06 
 
 		 1089 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  47.06 
 
 		 1075 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2951  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.34 
 
 		 784 aa  68.6  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1052  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.29 
 
 		 798 aa  68.6  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.687735 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3065  invasion protein regulator  38.39 
 
 		 553 aa  68.2  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.359189 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2749  TPR repeat-containing protein  31.02 
 
 		 615 aa  68.2  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3029  invasion protein regulator  38.39 
 
 		 553 aa  68.2  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0229765 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2998  invasion protein regulator  38.39 
 
 		 553 aa  68.2  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000362876  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3081  invasion protein regulator  38.39 
 
 		 553 aa  68.2  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000362191 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2321  TPR repeat-containing protein  25.34 
 
 		 750 aa  67.8  0.0000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  29.94 
 
 		 909 aa  67.8  0.0000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3996  tetratricopeptide TPR_2  25.09 
 
 		 1694 aa  67.8  0.0000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.271204  normal  0.601264 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0301  TPR repeat-containing protein  30.28 
 
 		 1827 aa  67.4  0.0000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  25.11 
 
 		 543 aa  67  0.0000000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1092  TPR repeat-containing protein  27.27 
 
 		 612 aa  67  0.0000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  26.24 
 
 		 4079 aa  67  0.0000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2656  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  26.54 
 
 		 634 aa  65.5  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  41.18 
 
 		 1092 aa  65.5  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0955  TPR repeat-containing protein  25.21 
 
 		 637 aa  65.9  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1719  TPR repeat-containing protein  29.63 
 
 		 583 aa  66.2  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  24.15 
 
 		 527 aa  65.5  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7349  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.72 
 
 		 988 aa  65.5  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0738846  n/a   
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4605  TPR repeat-containing protein  26.63 
 
 		 279 aa  64.7  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18211  hypothetical protein  24.28 
 
 		 603 aa  64.7  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.905605 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2383  TPR repeat-containing protein  26.18 
 
 		 1421 aa  64.3  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.823331 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  45.59 
 
 		 1080 aa  64.7  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1518  TPR repeat-containing protein  27.7 
 
 		 597 aa  64.3  0.000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00971618 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2198  TPR repeat-containing protein  28.4 
 
 		 209 aa  64.3  0.000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4563  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  27.9 
 
 		 624 aa  64.3  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.724776 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1552  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.22 
 
 		 707 aa  63.9  0.000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0225548 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  33.01 
 
 		 1131 aa  63.9  0.000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2075  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 292 aa  63.9  0.000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  45.59 
 
 		 1075 aa  63.9  0.000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  45.59 
 
 		 1075 aa  63.9  0.000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  45.59 
 
 		 1063 aa  63.9  0.000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3642  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  24.34 
 
 		 622 aa  63.5  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24171  hypothetical protein  28.95 
 
 		 733 aa  63.5  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0641  TPR repeat-containing protein  25.36 
 
 		 1094 aa  63.2  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.230386  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3102  TPR repeat-containing protein  27.36 
 
 		 313 aa  63.5  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000142669  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4023  invasion protein regulator  31.86 
 
 		 565 aa  63.2  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1096  sulfotransferase  28.39 
 
 		 1764 aa  63.5  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0436  tetratricopeptide TPR_2  24.66 
 
 		 1056 aa  62.8  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2322  TPR repeat-containing protein  27.11 
 
 		 352 aa  62.8  0.00000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2318  tetratricopeptide protein  26.88 
 
 		 573 aa  62.4  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6182  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  25.34 
 
 		 1056 aa  62.8  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2320  TPR repeat-containing protein  27.52 
 
 		 617 aa  62.4  0.00000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1187  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.97 
 
 		 293 aa  62.8  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0548059  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  22.44 
 
 		 412 aa  62.4  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2656  TPR repeat-containing protein  24.32 
 
 		 568 aa  62.4  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000162187  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3832  TPR repeat-containing protein  29.3 
 
 		 688 aa  62.4  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00173771 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0911  tetratricopeptide TPR_4  27.75 
 
 		 875 aa  62  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.379762  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  37.78 
 
 		 409 aa  62  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28481  hypothetical protein  27.17 
 
 		 462 aa  62  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  29 
 
 		 712 aa  61.6  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4803  tetratricopeptide TPR_3  27.92 
 
 		 340 aa  61.6  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4743  transcriptional regulator, CadC  31.48 
 
 		 294 aa  61.6  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.274982 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  41.25 
 
 		 658 aa  61.2  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5131  TPR repeat-containing protein  29.44 
 
 		 361 aa  61.2  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000131061 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  33 
 
 		 436 aa  61.2  0.00000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  37.37 
 
 		 382 aa  60.8  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2526  tetratricopeptide TPR_2  27.38 
 
 		 1154 aa  60.8  0.00000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.240995 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  36.17 
 
 		 222 aa  60.5  0.00000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  42.65 
 
 		 1092 aa  60.5  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02941  hypothetical protein  31.03 
 
 		 1676 aa  60.5  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.673691 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19711  hypothetical protein  29.76 
 
 		 865 aa  60.5  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.372007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0454  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.04 
 
 		 357 aa  60.5  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  37.5 
 
 		 222 aa  59.7  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1232  TPR repeat-containing protein  25.64 
 
 		 750 aa  60.1  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.967237  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2941  hypothetical protein  29.48 
 
 		 560 aa  60.1  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000171884  normal  0.0147454 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0213  TPR repeat-containing protein  29.51 
 
 		 409 aa  59.7  0.0000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2468  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  28.14 
 
 		 629 aa  60.1  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0996556  normal  0.406351 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0122  glycosyl transferase, group 1  29.14 
 
 		 3301 aa  59.7  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.326818 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  29.52 
 
 		 1102 aa  60.1  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  42.65 
 
 		 1074 aa  60.1  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02961  hypothetical protein  30.35 
 
 		 594 aa  59.3  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2395  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  28.4 
 
 		 736 aa  59.3  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>