More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0505 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  100 
 
 		 294 aa  602  1.0000000000000001e-171  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  54.24 
 
 		 292 aa  308  8e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  54.79 
 
 		 290 aa  294  1e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  32.79 
 
 		 945 aa  67.8  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0794  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  30.77 
 
 		 724 aa  67.4  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  39.53 
 
 		 711 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  40.52 
 
 		 512 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  33.86 
 
 		 725 aa  64.3  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  29.51 
 
 		 729 aa  63.9  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4234  transcriptional regulatory protein-like  31.58 
 
 		 469 aa  63.9  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  39.66 
 
 		 512 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  39.66 
 
 		 512 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  39.66 
 
 		 512 aa  63.2  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  39.66 
 
 		 512 aa  63.2  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  39.66 
 
 		 512 aa  63.2  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  39.66 
 
 		 512 aa  63.2  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  39.66 
 
 		 512 aa  63.2  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.74 
 
 		 518 aa  62.8  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3142  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.33 
 
 		 245 aa  62.8  0.000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.237256  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  29.91 
 
 		 502 aa  62  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2656  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.64 
 
 		 541 aa  62  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002187  transcriptional activator of cad operon  45.68 
 
 		 522 aa  62  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000411708  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02470  hypothetical protein  31.32 
 
 		 250 aa  60.8  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0164  transcriptional regulatory component of sensory transduction system  30.28 
 
 		 151 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00945737  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0652  transcriptional regulator  27.16 
 
 		 348 aa  59.3  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1382  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  37.97 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248291 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4558  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  35 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3677  two component transcriptional regulator  35.58 
 
 		 262 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.470907 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  40 
 
 		 1074 aa  58.2  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.68 
 
 		 514 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.68 
 
 		 514 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01638  hypothetical protein  24.56 
 
 		 253 aa  58.5  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.68 
 
 		 514 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.68 
 
 		 514 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  38.36 
 
 		 412 aa  58.5  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  33.72 
 
 		 382 aa  58.2  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  26.15 
 
 		 712 aa  57.8  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  44.74 
 
 		 395 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0195  transcriptional regulator, CadC  42.31 
 
 		 277 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  42.47 
 
 		 678 aa  57.4  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00207  DNA-binding transcriptional activator CadC  42.86 
 
 		 523 aa  57.8  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  35 
 
 		 1102 aa  57.8  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  31.13 
 
 		 1020 aa  57.4  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  42.86 
 
 		 542 aa  57.4  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  36.25 
 
 		 243 aa  56.6  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  30.85 
 
 		 502 aa  56.6  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6157  two component transcriptional regulator  34.31 
 
 		 236 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0448783 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6551  two component transcriptional regulator  34.31 
 
 		 236 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1280  two component transcriptional regulator  34.31 
 
 		 236 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121052  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1426  transcriptional regulatory protein RstA  41.56 
 
 		 248 aa  55.8  0.0000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  31.13 
 
 		 1092 aa  55.8  0.0000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  38.55 
 
 		 242 aa  55.8  0.0000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  33.9 
 
 		 504 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0214  transcriptional regulator  32.97 
 
 		 348 aa  55.5  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.634876 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1783  DNA-binding response regulator  40 
 
 		 252 aa  55.1  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4886  two component transcriptional regulator  34.62 
 
 		 236 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000459632 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0402  transcriptional regulator, CadC  27.34 
 
 		 1124 aa  55.1  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0786  DNA-binding response regulator  34.02 
 
 		 254 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0844  two component transcriptional regulator  41.98 
 
 		 231 aa  54.3  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000690184  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7054  two component transcriptional regulator  40.79 
 
 		 236 aa  54.7  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1897  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.66 
 
 		 229 aa  54.3  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4369  two component transcriptional regulator  34.62 
 
 		 242 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0241221  normal  0.010909 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0752  two component transcriptional regulator  33.65 
 
 		 236 aa  53.9  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0109076 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  30.19 
 
 		 1075 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5349  two component transcriptional regulator  33.65 
 
 		 236 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.656877  normal  0.0838777 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  30.19 
 
 		 1089 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  30.19 
 
 		 1089 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3429  two component transcriptional regulator  33.65 
 
 		 236 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.941234  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4939  two component transcriptional regulator  33.65 
 
 		 242 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795324  unclonable  0.0000173858 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4429  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.86 
 
 		 247 aa  54.3  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23129  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0844  DNA-binding response regulator  38.67 
 
 		 236 aa  53.5  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0815  DNA-binding response regulator  38.67 
 
 		 236 aa  53.5  0.000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.576858  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  30.19 
 
 		 1067 aa  53.5  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2191  DNA-binding response regulator  38.67 
 
 		 245 aa  53.5  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  30.69 
 
 		 499 aa  53.5  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0936  DNA-binding response regulator  38.67 
 
 		 236 aa  53.5  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0031  DNA-binding response regulator  38.67 
 
 		 236 aa  53.5  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.248418  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1592  DNA-binding response regulator  38.67 
 
 		 236 aa  53.5  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  34.19 
 
 		 238 aa  53.1  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  36.62 
 
 		 1131 aa  53.1  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1734  ATPase-like protein  29.59 
 
 		 977 aa  53.1  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2898  cholera toxin transcriptional activator-like protein  32.03 
 
 		 282 aa  52.8  0.000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.398883 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1500  transcriptional regulator, CadC  30 
 
 		 279 aa  52.8  0.000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  40.91 
 
 		 717 aa  52.8  0.000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  33.04 
 
 		 245 aa  52.4  0.000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0630  two component transcriptional regulator  35.06 
 
 		 232 aa  52.4  0.000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0490  transcriptional regulator  40.22 
 
 		 427 aa  52  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3690  two component transcriptional regulator  41.1 
 
 		 234 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.038332  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3569  two component transcriptional regulator  41.1 
 
 		 234 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.401849  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  31.13 
 
 		 245 aa  52  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3501  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.1 
 
 		 234 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  31.13 
 
 		 425 aa  52  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2919  transcriptional regulatory protein-like protein  30.51 
 
 		 604 aa  51.6  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.104867  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1665  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.91 
 
 		 232 aa  52  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0749  two component transcriptional regulator  41.1 
 
 		 234 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.326027  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1875  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.34 
 
 		 183 aa  52.4  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  34.62 
 
 		 231 aa  50.8  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3146  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  41.33 
 
 		 234 aa  51.2  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.119762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3978  two component transcriptional regulator  36.71 
 
 		 234 aa  50.8  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.832558 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.8 
 
 		 275 aa  50.8  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>