More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_004138 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  100 
 
 		 292 aa  605  9.999999999999999e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  77.47 
 
 		 290 aa  448  1e-125  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  54.24 
 
 		 294 aa  289  3e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  37.9 
 
 		 945 aa  76.3  0.0000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  32.67 
 
 		 729 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2656  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.71 
 
 		 541 aa  71.6  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4234  transcriptional regulatory protein-like  40.74 
 
 		 469 aa  68.6  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0794  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  32.18 
 
 		 724 aa  67.8  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4558  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  30.43 
 
 		 323 aa  67  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  31.53 
 
 		 502 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01638  hypothetical protein  35.48 
 
 		 253 aa  62.4  0.000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0164  transcriptional regulatory component of sensory transduction system  31.43 
 
 		 151 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00945737  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0251  DNA-binding winged-HTH domain-containing protein  29.11 
 
 		 255 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002187  transcriptional activator of cad operon  42.7 
 
 		 522 aa  61.2  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000411708  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  39.44 
 
 		 711 aa  60.5  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  33.33 
 
 		 499 aa  60.8  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3142  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.55 
 
 		 245 aa  60.1  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.237256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  46.48 
 
 		 512 aa  60.1  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  46.75 
 
 		 518 aa  60.1  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  45.07 
 
 		 512 aa  58.9  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  45.07 
 
 		 512 aa  58.9  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  45.07 
 
 		 512 aa  58.9  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  45.07 
 
 		 512 aa  58.9  0.00000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  45.07 
 
 		 512 aa  58.9  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  45.07 
 
 		 512 aa  58.9  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  45.07 
 
 		 512 aa  58.9  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.97 
 
 		 514 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00207  DNA-binding transcriptional activator CadC  45.07 
 
 		 523 aa  58.5  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  34.23 
 
 		 717 aa  58.5  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1023  two component transcriptional regulator  34.38 
 
 		 233 aa  58.5  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  29.5 
 
 		 725 aa  58.5  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1218  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 234 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  31.37 
 
 		 502 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3992  transcriptional regulator, CadC  39.22 
 
 		 427 aa  57.4  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0499  transcriptional regulator  36.52 
 
 		 427 aa  57.4  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3532  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  36.52 
 
 		 427 aa  57.4  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  37.18 
 
 		 412 aa  57.4  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  40.54 
 
 		 243 aa  56.6  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0490  transcriptional regulator  35.65 
 
 		 427 aa  57  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.32 
 
 		 514 aa  57  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0195  transcriptional regulator, CadC  32.12 
 
 		 277 aa  57  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02470  hypothetical protein  35.79 
 
 		 250 aa  57  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0652  transcriptional regulator  26.56 
 
 		 348 aa  56.6  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1040  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1119  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  33.68 
 
 		 1092 aa  56.2  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1275  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  32.98 
 
 		 1074 aa  56.2  0.0000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1500  transcriptional regulator, CadC  27.72 
 
 		 279 aa  56.2  0.0000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0498  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  36.52 
 
 		 427 aa  56.2  0.0000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  31.31 
 
 		 1102 aa  55.8  0.0000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1017  response regulator  33.33 
 
 		 234 aa  55.8  0.0000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0627963  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1198  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 234 aa  55.8  0.0000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.885409 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3867  transcriptional regulator, CadC  40.22 
 
 		 452 aa  55.8  0.0000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  31.31 
 
 		 1131 aa  55.8  0.0000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.43 
 
 		 275 aa  55.8  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  42.25 
 
 		 514 aa  55.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1018  response regulator  33.33 
 
 		 234 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.54503  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  42.25 
 
 		 514 aa  55.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0214  transcriptional regulator  34.02 
 
 		 348 aa  55.5  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.634876 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4168  DNA-binding response regulator  30.21 
 
 		 234 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  42.25 
 
 		 395 aa  55.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0844  two component transcriptional regulator  30.21 
 
 		 235 aa  55.5  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1173  DNA-binding response regulator  30.21 
 
 		 234 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.423617  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  34 
 
 		 504 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  38.57 
 
 		 1020 aa  54.7  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  36.71 
 
 		 243 aa  54.7  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  36.99 
 
 		 678 aa  54.7  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2919  transcriptional regulatory protein-like protein  33.33 
 
 		 604 aa  54.3  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.104867  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  32.84 
 
 		 712 aa  53.9  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  40.28 
 
 		 542 aa  54.3  0.000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  31.63 
 
 		 1089 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  31.63 
 
 		 1075 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  31.63 
 
 		 1089 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0197  transcriptional regulator, putative  26.86 
 
 		 255 aa  53.9  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04710  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.18 
 
 		 237 aa  53.9  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3356  transcriptional regulator, CadC  35.65 
 
 		 427 aa  53.9  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.36834  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1875  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  40 
 
 		 183 aa  53.9  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0786  DNA-binding response regulator  32.67 
 
 		 254 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  37.21 
 
 		 244 aa  53.5  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1148  two component transcriptional regulator  29.41 
 
 		 247 aa  53.5  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2898  cholera toxin transcriptional activator-like protein  30.3 
 
 		 282 aa  53.5  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.398883 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0275  lateral flagellar transmembrane regulator LafZ  32.73 
 
 		 297 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.103038  normal  0.578449 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3359  transcriptional regulator, CadC  32.71 
 
 		 280 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.994625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  31.63 
 
 		 1067 aa  53.1  0.000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  27.37 
 
 		 425 aa  53.1  0.000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  41.03 
 
 		 231 aa  52.8  0.000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0537  two component transcriptional regulator  34.57 
 
 		 223 aa  52.8  0.000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.340982  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  41.03 
 
 		 231 aa  52.8  0.000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1382  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  37.33 
 
 		 277 aa  52.4  0.000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248291 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3326  two component transcriptional regulator  39.08 
 
 		 243 aa  52  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236846  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0725  putative transcriptional regulator, CadC  25.95 
 
 		 305 aa  52  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  29.19 
 
 		 762 aa  52  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0964  transcriptional regulator  35.87 
 
 		 219 aa  51.2  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  39.24 
 
 		 262 aa  50.8  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2146  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.62 
 
 		 228 aa  51.6  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  30.63 
 
 		 245 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 		 242 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1207  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 922 aa  51.2  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598339  normal  0.808052 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1016  transcriptional regulator, CadC  35.87 
 
 		 250 aa  51.2  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.483037  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>