89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_3359 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010468  EcolC_3359  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 280 aa  580  1e-164  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.994625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0275  lateral flagellar transmembrane regulator LafZ  97.5 
 
 		 297 aa  569  1e-161  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.103038  normal  0.578449 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0214  transcriptional regulator  35.91 
 
 		 348 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.634876 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0652  transcriptional regulator  35.91 
 
 		 348 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0725  putative transcriptional regulator, CadC  34.46 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  31.43 
 
 		 522 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0195  transcriptional regulator, CadC  35.09 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  47.62 
 
 		 518 aa  59.3  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  29.48 
 
 		 711 aa  58.9  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  42.68 
 
 		 756 aa  57  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1710  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  39.68 
 
 		 413 aa  54.7  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00769573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4743  transcriptional regulator, CadC  42.42 
 
 		 294 aa  54.7  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.274982 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  32.67 
 
 		 717 aa  53.9  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  32.71 
 
 		 292 aa  53.1  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  34.48 
 
 		 521 aa  53.1  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  32.71 
 
 		 290 aa  52.8  0.000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  44.44 
 
 		 525 aa  52.8  0.000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  36.14 
 
 		 729 aa  51.6  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  34.09 
 
 		 711 aa  51.2  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  34.57 
 
 		 413 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  34.57 
 
 		 413 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.57 
 
 		 413 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  35.14 
 
 		 531 aa  50.8  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  39.51 
 
 		 762 aa  50.1  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  36.08 
 
 		 294 aa  50.1  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.47 
 
 		 518 aa  50.1  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  30.21 
 
 		 409 aa  49.7  0.00005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  35.94 
 
 		 425 aa  48.1  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2898  cholera toxin transcriptional activator-like protein  31.82 
 
 		 282 aa  48.5  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.398883 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  37.5 
 
 		 436 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  34.21 
 
 		 678 aa  47.4  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5241  LuxR family DNA-binding response regulator  34.48 
 
 		 330 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  23.81 
 
 		 521 aa  47  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  28.1 
 
 		 412 aa  46.6  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.26 
 
 		 512 aa  46.6  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  26.14 
 
 		 1092 aa  46.6  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6834  transcriptional regulator, winged helix family  29.59 
 
 		 921 aa  46.6  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.037754 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2736  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.95 
 
 		 257 aa  46.6  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00867541  hitchhiker  0.0000000494299 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  27.96 
 
 		 950 aa  46.6  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3375  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.95 
 
 		 257 aa  46.6  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0538  sensory transduction regulator  33.77 
 
 		 222 aa  45.8  0.0007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  28.42 
 
 		 1080 aa  45.8  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  32.81 
 
 		 522 aa  45.8  0.0007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2919  transcriptional regulatory protein-like protein  25.32 
 
 		 604 aa  45.4  0.0009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.104867  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4398  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 263 aa  45.8  0.0009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.184239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 1075 aa  45.4  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.18 
 
 		 512 aa  45.4  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7016  transcriptional regulator  31.46 
 
 		 973 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252317  normal  0.0265916 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  31.18 
 
 		 512 aa  45.4  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.18 
 
 		 512 aa  45.4  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  31.25 
 
 		 712 aa  45.4  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  31.18 
 
 		 512 aa  45.4  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  31.18 
 
 		 512 aa  45.4  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.18 
 
 		 512 aa  45.4  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  27.88 
 
 		 382 aa  45.4  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.18 
 
 		 512 aa  45.4  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  28.57 
 
 		 1075 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  28.57 
 
 		 1063 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3304  transcriptional regulatory protein-like protein  25 
 
 		 580 aa  45.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.41 
 
 		 514 aa  44.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.41 
 
 		 514 aa  44.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.41 
 
 		 514 aa  44.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 658 aa  44.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2789  winged helix family two component transcriptional regulator  34.09 
 
 		 256 aa  44.3  0.002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.41 
 
 		 514 aa  44.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1263  two component transcriptional regulator  35.44 
 
 		 256 aa  44.3  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  39.22 
 
 		 691 aa  44.7  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  27.37 
 
 		 1092 aa  44.3  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  34.67 
 
 		 948 aa  43.9  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  30.14 
 
 		 527 aa  43.9  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5826  transcriptional regulator  34.67 
 
 		 948 aa  43.9  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 973 aa  44.3  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  28.42 
 
 		 1067 aa  43.5  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  31.46 
 
 		 591 aa  43.1  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1479  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 502 aa  43.1  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6123  transcriptional regulator, winged helix family  31.08 
 
 		 1010 aa  43.1  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  30.17 
 
 		 395 aa  43.1  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  32.1 
 
 		 973 aa  42.7  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  31.76 
 
 		 618 aa  43.1  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  32.81 
 
 		 1020 aa  42.7  0.006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2677  hypothetical protein  29.36 
 
 		 241 aa  43.1  0.006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2808  hypothetical protein  29.36 
 
 		 241 aa  43.1  0.006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5151  response regulator receiver protein  31.88 
 
 		 330 aa  42.7  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0675  two component transcriptional regulator  32 
 
 		 252 aa  42.7  0.007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.512652  normal  0.0931169 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0231  two component LuxR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 330 aa  42.7  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0403  transcriptional activator protein CopR  40 
 
 		 221 aa  42.4  0.009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.100907  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 591 aa  42.4  0.01  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  31.03 
 
 		 693 aa  42.4  0.01  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3360  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.77 
 
 		 226 aa  42  0.01  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00152445  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>