66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_0499 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0490  transcriptional regulator  93.44 
 
 		 427 aa  845    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3867  transcriptional regulator, CadC  85.71 
 
 		 452 aa  779    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3992  transcriptional regulator, CadC  87.59 
 
 		 427 aa  792    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3356  transcriptional regulator, CadC  88.29 
 
 		 427 aa  788    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.36834  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0499  transcriptional regulator  100 
 
 		 427 aa  890    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3532  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  99.3 
 
 		 427 aa  887    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0498  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  99.53 
 
 		 427 aa  884    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0503  transcriptional regulator, CadC  61.83 
 
 		 427 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0513  transcriptional regulator, CadC  59.72 
 
 		 427 aa  557  1e-157  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0492  transcriptional regulator, CadC  59.25 
 
 		 427 aa  554  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0489  transcriptional regulator, CadC  59.02 
 
 		 427 aa  543  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4446  transcriptional regulator, CadC  59.86 
 
 		 436 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0358  transcriptional regulator, CadC  59.95 
 
 		 426 aa  533  1e-150  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4467  transcriptional regulator, CadC  55.27 
 
 		 427 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4049  transcriptional regulator, CadC  34.59 
 
 		 413 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3465  DNA-binding winged-HTH domain-containing protein  28.47 
 
 		 435 aa  184  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.817886 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0474  hypothetical protein  35.16 
 
 		 373 aa  66.2  0.0000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  35.29 
 
 		 290 aa  60.5  0.00000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  36.52 
 
 		 292 aa  57.4  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  43.28 
 
 		 711 aa  52.8  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23040  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  32.97 
 
 		 229 aa  50.8  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.318653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0851  putative transcriptional regulator  28.92 
 
 		 214 aa  50.1  0.00007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  37.23 
 
 		 294 aa  49.3  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6027  transcriptional regulator, CadC  37.5 
 
 		 188 aa  48.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0284754  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0195  transcriptional regulator, CadC  35.42 
 
 		 277 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  46.77 
 
 		 493 aa  47.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  46.77 
 
 		 493 aa  47.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  46.77 
 
 		 493 aa  47.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4023  invasion protein regulator  39.71 
 
 		 565 aa  47.8  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2355  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  35.14 
 
 		 313 aa  47.4  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0846804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  36.78 
 
 		 396 aa  47  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0741  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.02 
 
 		 216 aa  47  0.0007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3144  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  36.25 
 
 		 317 aa  47  0.0007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3794  two component transcriptional regulator  34.94 
 
 		 223 aa  45.8  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0280755  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2466  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 235 aa  46.2  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.28267  hitchhiker  0.0000000000126243 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  35.63 
 
 		 396 aa  46.2  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4398  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.62 
 
 		 263 aa  46.6  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.184239 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0940  transcriptional regulator domain protein  31.87 
 
 		 296 aa  45.8  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000423424 
 
 
-
 
NC_003296  RS02360  response regulator transcription regulator protein  37.04 
 
 		 293 aa  45.8  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.253683 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  35.53 
 
 		 499 aa  45.1  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  36.76 
 
 		 756 aa  45.4  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1441  two component transcriptional regulator  33.71 
 
 		 247 aa  45.8  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167327  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2526  two component transcriptional regulator  32.98 
 
 		 262 aa  45.1  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.262723  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2749  two component transcriptional regulator  35.11 
 
 		 223 aa  44.7  0.003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.513844  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  34.09 
 
 		 510 aa  45.1  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0852  response regulator transcription regulator protein  38.37 
 
 		 246 aa  45.1  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.650808  normal  0.373572 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2749  putative transcriptional regulator, CadC  30 
 
 		 251 aa  44.3  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4503  winged helix family two component transcriptional regulator  35 
 
 		 225 aa  44.3  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  36 
 
 		 219 aa  44.7  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  31.11 
 
 		 522 aa  44.3  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4009  two component transcriptional regulator  35 
 
 		 225 aa  44.3  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.597595  hitchhiker  0.0000110419 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0675  two component transcriptional regulator  31.46 
 
 		 252 aa  44.3  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.512652  normal  0.0931169 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1408  two component transcriptional regulator  35 
 
 		 225 aa  44.3  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0248977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3792  two component transcriptional regulator  35.06 
 
 		 225 aa  43.9  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000277452 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4309  two component transcriptional regulator  34.29 
 
 		 244 aa  43.9  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10143  two-component system response regulator  36.84 
 
 		 289 aa  43.9  0.006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.304444  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  34.48 
 
 		 972 aa  43.9  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6693  two component transcriptional regulator  38.75 
 
 		 221 aa  43.9  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  32.88 
 
 		 479 aa  43.5  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3075  transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 396 aa  43.5  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3745  two component transcriptional regulator  32.94 
 
 		 227 aa  43.5  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4623  two component transcriptional regulator  32.94 
 
 		 227 aa  43.5  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.337483 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1694  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.36 
 
 		 217 aa  43.5  0.008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00296965  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0978  two component transcriptional regulator  35.56 
 
 		 321 aa  43.1  0.009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.323902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0303  two component transcriptional regulator  32.86 
 
 		 243 aa  43.1  0.009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.523171  normal  0.300284 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0851  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.72 
 
 		 261 aa  43.1  0.01  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.315858  normal  0.0165752 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>