More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4503 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4503  winged helix family two component transcriptional regulator  100 
 
 		 225 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1408  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 225 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0248977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4009  two component transcriptional regulator  98.67 
 
 		 225 aa  440  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.597595  hitchhiker  0.0000110419 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3792  two component transcriptional regulator  95.11 
 
 		 225 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000277452 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1483  two component transcriptional regulator  88.89 
 
 		 225 aa  402  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0288957  normal  0.134739 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3589  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  87.11 
 
 		 225 aa  377  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110518  normal  0.715571 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1806  DNA-binding response regulator  86.22 
 
 		 225 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15610  Response regulator, transciptional regulatory protein  83.41 
 
 		 225 aa  368  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0572115  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1831  two component transcriptional regulator  83.04 
 
 		 225 aa  367  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.989444  normal  0.522163 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1922  putative two-component response regulator  82.51 
 
 		 225 aa  364  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22760  putative two-component response regulator  82.14 
 
 		 225 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0539892 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  47.09 
 
 		 226 aa  212  3.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3185  two component transcriptional regulator  50.88 
 
 		 231 aa  211  4.9999999999999996e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.729743  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  47.09 
 
 		 226 aa  211  7e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  46.26 
 
 		 232 aa  199  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  46.93 
 
 		 238 aa  195  4.0000000000000005e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  46.32 
 
 		 231 aa  195  4.0000000000000005e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.37 
 
 		 235 aa  193  2e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31150  Response regulator  46.67 
 
 		 249 aa  192  3e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.152443  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  47.11 
 
 		 229 aa  192  4e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  46.67 
 
 		 229 aa  188  4e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  44.3 
 
 		 228 aa  189  4e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  44.39 
 
 		 228 aa  187  8e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.74 
 
 		 232 aa  184  6e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03798  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CpxA  45.18 
 
 		 232 aa  184  7e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0579105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4072  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.18 
 
 		 232 aa  184  7e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.476785  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4392  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  45.18 
 
 		 232 aa  184  7e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5367  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  45.18 
 
 		 232 aa  184  7e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4105  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  45.18 
 
 		 232 aa  184  7e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.393063  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03747  hypothetical protein  45.18 
 
 		 232 aa  184  7e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0830559  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  45.18 
 
 		 232 aa  184  7e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0517203  normal  0.0145886 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4143  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  45.18 
 
 		 232 aa  184  7e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4446  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  45.18 
 
 		 232 aa  184  7e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2572  two component transcriptional regulator  45.65 
 
 		 230 aa  184  8e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.186253 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3372  winged helix family two component transcriptional regulator  47.44 
 
 		 233 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.690812  normal  0.187928 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.3 
 
 		 232 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  47.79 
 
 		 226 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4457  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.74 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4346  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.74 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.591439  hitchhiker  0.0000000817459 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4276  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.74 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.85215 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4390  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.74 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.918423  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.74 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2970  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 230 aa  182  5.0000000000000004e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.068725 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4060  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.3 
 
 		 232 aa  181  6e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000252632  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0771  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.29 
 
 		 226 aa  181  7e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000423816  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  47.14 
 
 		 228 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  46.43 
 
 		 228 aa  180  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  45.09 
 
 		 228 aa  179  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3846  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 		 229 aa  179  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.225052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2386  two component transcriptional regulator  45.49 
 
 		 253 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.3038  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3195  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.5 
 
 		 226 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0716  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 233 aa  179  4e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4132  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  45.18 
 
 		 232 aa  178  7e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000494358  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0081  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  45.18 
 
 		 232 aa  178  7e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0084  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  45.18 
 
 		 232 aa  178  7e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.601085  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3452  two component transcriptional regulator  42.6 
 
 		 226 aa  177  9e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00186092 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  42.41 
 
 		 229 aa  177  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1008  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.84 
 
 		 226 aa  177  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  46.85 
 
 		 222 aa  177  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  47.58 
 
 		 227 aa  176  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6517  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 228 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0325894 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3850  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  45.18 
 
 		 232 aa  176  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.308855  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3275  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.6 
 
 		 232 aa  177  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000116561  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0704  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  44.84 
 
 		 226 aa  176  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.710027 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4033  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  43.42 
 
 		 232 aa  176  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  44.1 
 
 		 235 aa  176  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4810  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.98 
 
 		 232 aa  176  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  46.02 
 
 		 227 aa  174  7e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956729  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3793  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  41.78 
 
 		 229 aa  174  8e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001028 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  46.7 
 
 		 227 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4371  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.3 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2753  transcriptional regulatory protein CpxR  42.41 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000494292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1424  two component transcriptional regulator  42.41 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00122466  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1313  transcriptional regulatory protein CpxR  41.96 
 
 		 227 aa  172  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.186950000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1624  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.46 
 
 		 278 aa  171  5.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  42.04 
 
 		 247 aa  171  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1223  two component transcriptional regulator  45.06 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.140258  normal  0.151028 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  42.22 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2797  transcriptional regulator, CpxR  42.29 
 
 		 227 aa  167  9e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000288823  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4477  transcriptional regulatory protein CpxR  50 
 
 		 228 aa  167  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03088  two-component response regulator transcription regulator protein  41.07 
 
 		 246 aa  166  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.25081 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0281  two component transcriptional regulator  45.81 
 
 		 227 aa  166  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000215794  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0252  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 228 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000571082  hitchhiker  0.000346333 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3769  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 228 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000556998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0253  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 228 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000454029  hitchhiker  0.00000000189127 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4363  osmolarity response regulator  39.3 
 
 		 243 aa  166  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.127883 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  38.43 
 
 		 243 aa  166  4e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0259  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.17 
 
 		 240 aa  165  5.9999999999999996e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  39.3 
 
 		 243 aa  164  9e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.44 
 
 		 227 aa  162  3e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  41.15 
 
 		 223 aa  162  5.0000000000000005e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000369721  hitchhiker  0.00000000968682 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  38.43 
 
 		 243 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0510  two component transcriptional regulator  42.36 
 
 		 234 aa  161  6e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0367  two component transcriptional regulator  48.25 
 
 		 228 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000100212  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  38.1 
 
 		 243 aa  160  1e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2014  two component transcriptional regulator  40.36 
 
 		 239 aa  160  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.193015 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  37.99 
 
 		 243 aa  160  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  37.99 
 
 		 243 aa  160  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3564  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 230 aa  160  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.153344  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2301  two component transcriptional regulator  37.89 
 
 		 244 aa  160  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00025805  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>