59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0503 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0503  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 427 aa  888    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0513  transcriptional regulator, CadC  83.61 
 
 		 427 aa  755    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0492  transcriptional regulator, CadC  63.47 
 
 		 427 aa  594  1e-168  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0489  transcriptional regulator, CadC  62.06 
 
 		 427 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3532  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  61.83 
 
 		 427 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0499  transcriptional regulator  61.83 
 
 		 427 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3356  transcriptional regulator, CadC  61.12 
 
 		 427 aa  566  1e-160  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.36834  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0490  transcriptional regulator  61.59 
 
 		 427 aa  567  1e-160  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0498  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  61.36 
 
 		 427 aa  566  1e-160  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3992  transcriptional regulator, CadC  58.78 
 
 		 427 aa  552  1e-156  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3867  transcriptional regulator, CadC  58.08 
 
 		 452 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4467  transcriptional regulator, CadC  58.78 
 
 		 427 aa  545  1e-154  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4446  transcriptional regulator, CadC  56.04 
 
 		 436 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0358  transcriptional regulator, CadC  59.48 
 
 		 426 aa  537  1e-151  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4049  transcriptional regulator, CadC  34.97 
 
 		 413 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3465  DNA-binding winged-HTH domain-containing protein  28.31 
 
 		 435 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.817886 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0474  hypothetical protein  31.87 
 
 		 373 aa  56.6  0.0000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3144  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  36.36 
 
 		 317 aa  50.8  0.00005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 972 aa  50.1  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 493 aa  49.7  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0940  transcriptional regulator domain protein  34.07 
 
 		 296 aa  49.3  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000423424 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 493 aa  49.7  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 493 aa  49.7  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23040  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  36.67 
 
 		 229 aa  48.9  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.318653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0851  putative transcriptional regulator  30.12 
 
 		 214 aa  48.5  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  35.37 
 
 		 756 aa  47  0.0007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6588  two component transcriptional regulator  38.04 
 
 		 229 aa  46.6  0.0009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.13217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6946  two component transcriptional regulator  38.36 
 
 		 219 aa  45.8  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.383627 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2885  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.18 
 
 		 217 aa  46.6  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.56822 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  37.84 
 
 		 711 aa  46.6  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0203  response regulator receiver  32.94 
 
 		 231 aa  45.4  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.359659 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  38.2 
 
 		 396 aa  45.1  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  38.75 
 
 		 228 aa  45.1  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6027  transcriptional regulator, CadC  28.57 
 
 		 188 aa  44.7  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0284754  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0544  winged helix family two component response transcriptional regulator  32.05 
 
 		 167 aa  44.7  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  36.56 
 
 		 290 aa  45.1  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2424  two component transcriptional regulator  31.25 
 
 		 221 aa  44.3  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0245011  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4023  invasion protein regulator  30.68 
 
 		 565 aa  43.9  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3214  putative transcriptional regulator  32 
 
 		 269 aa  43.9  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.706772  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0558  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 237 aa  43.9  0.006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0195  transcriptional regulator, CadC  36 
 
 		 277 aa  43.9  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2919  transcriptional regulatory protein-like protein  29.35 
 
 		 604 aa  43.5  0.007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.104867  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  36.56 
 
 		 292 aa  43.5  0.007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1479  transcriptional regulator  31 
 
 		 502 aa  43.5  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1443  response regulator receiver  31.94 
 
 		 228 aa  43.5  0.008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2563  transcriptional regulatory protein ResD  31.25 
 
 		 221 aa  43.5  0.008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803163 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4725  DNA-binding response regulator  34.15 
 
 		 231 aa  43.1  0.009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4567  DNA-binding response regulator  34.15 
 
 		 231 aa  43.1  0.009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000110456  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6834  transcriptional regulator, winged helix family  37.1 
 
 		 921 aa  43.1  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.037754 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4989  DNA-binding response regulator  34.15 
 
 		 231 aa  43.1  0.009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4948  DNA-binding response regulator  34.15 
 
 		 231 aa  43.1  0.009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4976  DNA-binding response regulator  34.15 
 
 		 231 aa  43.1  0.009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4587  DNA-binding response regulator  34.15 
 
 		 231 aa  43.1  0.009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.93847  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5087  DNA-binding response regulator  34.15 
 
 		 231 aa  43.1  0.009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7016  transcriptional regulator  31.18 
 
 		 973 aa  43.1  0.009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252317  normal  0.0265916 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0234  two component transcriptional regulator  34.78 
 
 		 242 aa  43.1  0.009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.925989 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  37.1 
 
 		 618 aa  43.1  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  31.18 
 
 		 973 aa  43.1  0.009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4398  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.57 
 
 		 263 aa  43.1  0.01  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.184239 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>