More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3144 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3144  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 317 aa  649    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0940  transcriptional regulator domain protein  68.04 
 
 		 296 aa  423  1e-117  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000423424 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10143  two-component system response regulator  32 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.304444  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4900  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  31.99 
 
 		 296 aa  135  8e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000353912  normal  0.0339956 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2355  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  27.24 
 
 		 313 aa  119  6e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0846804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5352  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.54 
 
 		 224 aa  75.5  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1089  DNA-binding response regulator RprY  34 
 
 		 245 aa  73.9  0.000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.414682 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0856  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.89 
 
 		 233 aa  72.4  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3651  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.65 
 
 		 228 aa  72.4  0.000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0435949 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3566  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.84 
 
 		 228 aa  68.9  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.720677 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.53 
 
 		 230 aa  67  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519658 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1246  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.65 
 
 		 233 aa  64.3  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.877806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2788  two component transcriptional regulator  34.19 
 
 		 232 aa  63.5  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.471427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0203  response regulator receiver  32.98 
 
 		 231 aa  63.5  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.359659 
 
 
-
 
NC_002936  DET1231  DNA-binding response regulator  31.15 
 
 		 225 aa  61.6  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0366189  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0693  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.48 
 
 		 229 aa  61.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3105  DNA-binding response regulator PhoB  31.36 
 
 		 232 aa  59.7  0.00000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5387  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.14 
 
 		 236 aa  59.3  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  29.29 
 
 		 226 aa  58.5  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2799  two component transcriptional regulator  31.62 
 
 		 232 aa  58.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1138  two component transcriptional regulator  31.62 
 
 		 232 aa  58.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564511  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1060  two component transcriptional regulator  38.75 
 
 		 230 aa  58.2  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  35.87 
 
 		 227 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  31.91 
 
 		 227 aa  57  0.0000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1012  DNA-binding response regulator  32.29 
 
 		 222 aa  57  0.0000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  31.91 
 
 		 227 aa  57  0.0000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2924  two component transcriptional regulator  30.28 
 
 		 234 aa  57  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.470238 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4521  two component transcriptional regulator  28.28 
 
 		 230 aa  57  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1233  DNA-binding response regulator  32.29 
 
 		 222 aa  57  0.0000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0842153  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  31.58 
 
 		 227 aa  57  0.0000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0367  response regulator receiver  33.33 
 
 		 233 aa  56.6  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0428  transcriptional regulator FeuP  28.46 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.461578  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  30.1 
 
 		 224 aa  55.8  0.0000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09498  two-component system, transcriptional regulatory protein  36.99 
 
 		 236 aa  55.8  0.0000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1399  two component transcriptional regulator  26.2 
 
 		 238 aa  55.8  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.129694  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5456  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.87 
 
 		 251 aa  55.5  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.228477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3997  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.64 
 
 		 227 aa  55.5  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1373  two component transcriptional regulator  27.42 
 
 		 265 aa  55.1  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2095  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.85 
 
 		 229 aa  55.5  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1531  DNA-binding response regulator ResD  25.67 
 
 		 238 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1917  two component transcriptional regulator  35.29 
 
 		 238 aa  55.1  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.332821 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3814  DNA-binding response regulator ResD  25.67 
 
 		 238 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.95849e-16 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3460  two component transcriptional regulator  36.11 
 
 		 238 aa  54.7  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0108229  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3856  two component transcriptional regulator  32.71 
 
 		 227 aa  54.7  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.199978  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1200  two component transcriptional regulator  26.2 
 
 		 238 aa  54.7  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4321  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.7 
 
 		 219 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0131168 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0290  response regulator receiver domain-containing protein  35.35 
 
 		 236 aa  54.7  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.870097  hitchhiker  0.0000582863 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1421  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.15 
 
 		 230 aa  54.7  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0283266  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4211  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.7 
 
 		 219 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2990  two component transcriptional regulator  25.25 
 
 		 230 aa  54.7  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.140246 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2733  two component transcriptional regulator  30.53 
 
 		 242 aa  54.7  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00185097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1649  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.92 
 
 		 236 aa  54.7  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1287  two component transcriptional regulator  32.63 
 
 		 221 aa  54.7  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00449543  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3217  two component transcriptional regulator  32.63 
 
 		 221 aa  54.7  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164246  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1601  DNA-binding response regulator ResD  25.13 
 
 		 250 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.953648  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0841  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.73 
 
 		 223 aa  54.3  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1923  two component transcriptional regulator  29.79 
 
 		 234 aa  53.9  0.000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.172224  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1242  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.94 
 
 		 234 aa  54.3  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31270  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  27.87 
 
 		 221 aa  53.9  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.014564  normal  0.249814 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1569  DNA-binding response regulator ResD  25.13 
 
 		 250 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45334e-32 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1637  DNA-binding response regulator ResD  25.13 
 
 		 250 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0246031  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0209  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.46 
 
 		 251 aa  54.3  0.000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05646  two-component response regulator transcription regulator protein  33.75 
 
 		 219 aa  53.5  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1386  DNA-binding response regulator ResD  25.13 
 
 		 238 aa  53.9  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1359  response regulator  25.13 
 
 		 238 aa  53.9  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0319788  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1358  response regulator  25.13 
 
 		 238 aa  53.9  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4159  two component transcriptional regulator  27.45 
 
 		 230 aa  53.5  0.000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.667277  normal  0.0359145 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1497  DNA-binding response regulator ResD  25.13 
 
 		 238 aa  53.9  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.862661  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2225  two component transcriptional regulator  33.67 
 
 		 246 aa  53.5  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0346  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.28 
 
 		 234 aa  53.5  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5099  two component transcriptional regulator  30 
 
 		 223 aa  53.5  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.620422  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23040  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  35 
 
 		 229 aa  53.9  0.000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.318653  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0390  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.35 
 
 		 237 aa  53.5  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.48 
 
 		 231 aa  53.5  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.750209  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0753  putative response regulator  26.42 
 
 		 240 aa  53.1  0.000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02836  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R2 (raxR2)  31.18 
 
 		 223 aa  53.1  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0824  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.88 
 
 		 229 aa  53.1  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3347  DNA-binding transcriptional regulator TorR  27.83 
 
 		 236 aa  53.1  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000384276  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  28 
 
 		 232 aa  53.1  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03275  two-component system, transcriptional regulatory protein  30 
 
 		 234 aa  53.1  0.000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8764  response regulator receiver protein  29.47 
 
 		 229 aa  53.1  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2216  two component transcriptional regulator  29.79 
 
 		 234 aa  52.8  0.000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.357864  normal  0.270863 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1151  two component transcriptional regulator, winged helix family  31 
 
 		 225 aa  52.8  0.000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2151  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.04 
 
 		 217 aa  52.8  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000920449  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0552  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.11 
 
 		 226 aa  52.8  0.000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.496663 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  30.86 
 
 		 247 aa  52.4  0.000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1892  two-component system response regulator transcription regulator protein  32.94 
 
 		 240 aa  52.4  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00502317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3299  DNA-binding response regulator PetR  30.1 
 
 		 237 aa  52.4  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2522  response regulator receiver  26.45 
 
 		 229 aa  52.4  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.661278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0919  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 158 aa  52  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.187591  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0511  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  32.32 
 
 		 234 aa  52.4  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.473137 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5381  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.58 
 
 		 235 aa  52  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0242785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1538  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.13 
 
 		 223 aa  52  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.705917  normal  0.0786085 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0556  two component transcriptional regulator  34.52 
 
 		 237 aa  52  0.00001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.451756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  27.78 
 
 		 229 aa  52.4  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1539  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.84 
 
 		 222 aa  52  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000287281  normal  0.103291 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1930  two component transcriptional regulator  34.41 
 
 		 233 aa  52  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.465475  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1005  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 158 aa  52  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.492004  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0507  two component transcriptional regulator  39.19 
 
 		 236 aa  52  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.85 
 
 		 223 aa  52.4  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>