More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0290 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0290  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 
236 aa  478  1e-134  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.870097  hitchhiker  0.0000582863 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1426  transcriptional regulatory protein RstA  53.44 
 
 
248 aa  270  1e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2325  two component transcriptional regulator  48.93 
 
 
238 aa  237  9e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0521181  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0196  two component transcriptional regulator  49.1 
 
 
238 aa  235  4e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000815382  hitchhiker  0.00535544 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2022  two component transcriptional regulator  48.5 
 
 
238 aa  234  8e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.730555 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2936  two component transcriptional regulator  48.25 
 
 
233 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0808073 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3146  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  48.92 
 
 
234 aa  233  2.0000000000000002e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.119762  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2483  two component transcriptional regulator  47.81 
 
 
233 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3677  two component transcriptional regulator  49.13 
 
 
262 aa  228  5e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.470907 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3978  two component transcriptional regulator  48.9 
 
 
234 aa  228  7e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.832558 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3172  DNA-binding response regulator  43.4 
 
 
238 aa  228  9e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2315  two component transcriptional regulator  46.93 
 
 
233 aa  227  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3454  winged helix family two component transcriptional regulator  46.93 
 
 
279 aa  225  4e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.631289 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2892  two component transcriptional regulator  47.81 
 
 
233 aa  225  4e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3062  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  47.79 
 
 
234 aa  225  5.0000000000000005e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0749  two component transcriptional regulator  47.98 
 
 
234 aa  225  6e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.326027  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3501  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.98 
 
 
234 aa  225  6e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3690  two component transcriptional regulator  47.98 
 
 
234 aa  225  6e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.038332  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3569  two component transcriptional regulator  47.98 
 
 
234 aa  225  6e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.401849  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0844  two component transcriptional regulator  48.43 
 
 
231 aa  224  9e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000690184  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1211  two component transcriptional regulator  45.65 
 
 
232 aa  224  9e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.676109  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0752  two component transcriptional regulator  48.05 
 
 
236 aa  224  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0109076 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4886  two component transcriptional regulator  48.28 
 
 
236 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000459632 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5349  two component transcriptional regulator  47.62 
 
 
236 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.656877  normal  0.0838777 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3429  two component transcriptional regulator  47.62 
 
 
236 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.941234  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4369  two component transcriptional regulator  48.28 
 
 
242 aa  223  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0241221  normal  0.010909 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4939  two component transcriptional regulator  47.62 
 
 
242 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795324  unclonable  0.0000173858 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0669  two component transcriptional regulator  44.16 
 
 
239 aa  223  3e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.851863  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0936  DNA-binding response regulator  47.41 
 
 
236 aa  222  4e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0815  DNA-binding response regulator  47.41 
 
 
236 aa  222  4e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.576858  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0031  DNA-binding response regulator  47.41 
 
 
236 aa  222  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.248418  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1783  DNA-binding response regulator  47.41 
 
 
252 aa  222  4e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1592  DNA-binding response regulator  47.41 
 
 
236 aa  222  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0844  DNA-binding response regulator  47.41 
 
 
236 aa  222  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2191  DNA-binding response regulator  47.41 
 
 
245 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7054  two component transcriptional regulator  47.62 
 
 
236 aa  221  7e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0938  DNA-binding response regulator  42.42 
 
 
234 aa  221  8e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000299191  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1181  winged helix family two component transcriptional regulator  45.22 
 
 
232 aa  221  8e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.037877  normal  0.73042 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4235  two component transcriptional regulator  45.65 
 
 
232 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207223  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0557  response regulator receiver  47.53 
 
 
234 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3392  two component transcriptional regulator  44.83 
 
 
239 aa  218  7.999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000345034  normal  0.431956 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1193  two component transcriptional regulator  45.5 
 
 
232 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0519929  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49440  two-component response regulator  47.56 
 
 
236 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000474992  normal  0.747521 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4222  two-component response regulator  47.11 
 
 
236 aa  216  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.560932  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1280  two component transcriptional regulator  46.75 
 
 
236 aa  216  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121052  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6551  two component transcriptional regulator  46.75 
 
 
236 aa  216  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501121  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6157  two component transcriptional regulator  46.75 
 
 
236 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0448783 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3064  response regulator transcription regulator protein  44.26 
 
 
243 aa  215  5e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.38417 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05293  hypothetical protein  41.1 
 
 
237 aa  215  5e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3498  putative two-component response regulator  41.92 
 
 
235 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0401889  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41260  putative two-component response regulator  41.92 
 
 
235 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.923976 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000579  putative DNA-binding response regulator  41.1 
 
 
237 aa  212  4.9999999999999996e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00151616  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2259  response regulator protein  43.97 
 
 
288 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.625515  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0934  DNA-binding response regulator  43.97 
 
 
240 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1019  DNA-binding response regulator  43.97 
 
 
240 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.79357  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3391  two component transcriptional regulator  42.06 
 
 
235 aa  211  9e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3571  two component transcriptional regulator  44.54 
 
 
232 aa  211  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000262211  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0473  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.81 
 
 
229 aa  211  1e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586818  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0681  DNA-binding response regulator  45.22 
 
 
246 aa  209  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.63003  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2321  two component transcriptional regulator  45.18 
 
 
244 aa  210  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.483652  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0305  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 
235 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1739  DNA-binding response regulator  43.53 
 
 
240 aa  208  6e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.203383  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0896  two component transcriptional regulator  41.1 
 
 
237 aa  207  8e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000189871  normal  0.423328 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1030  two component transcriptional regulator  43.17 
 
 
237 aa  207  9e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000542446  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0309  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 
235 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0981  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 
237 aa  207  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0593139  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0096  DNA-binding response regulator  43.1 
 
 
240 aa  205  6e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0972666  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1144  DNA-binding response regulator  43.1 
 
 
240 aa  205  6e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1517  DNA-binding response regulator  43.1 
 
 
240 aa  205  6e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.184346  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2800  response regulator receiver protein  43.61 
 
 
236 aa  205  6e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0122786  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3287  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.28 
 
 
237 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000200523  normal  0.324308 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4245  two component transcriptional regulator  44.2 
 
 
240 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0492398  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1104  two component transcriptional regulator  41.28 
 
 
237 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00308001  normal  0.0226787 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1002  two component transcriptional regulator  41.28 
 
 
237 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000471824  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3142  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.23 
 
 
245 aa  204  1e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.237256  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1071  two component transcriptional regulator  41.28 
 
 
237 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000676378  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0878  two component transcriptional regulator  40.68 
 
 
237 aa  203  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00260237  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3150  two component transcriptional regulator  44.89 
 
 
249 aa  202  4e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.991698  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1010  two component transcriptional regulator  40.25 
 
 
237 aa  201  7e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000199702  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3716  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.95 
 
 
247 aa  201  8e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.422774  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0550  two component transcriptional regulator  43.67 
 
 
229 aa  201  8e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000958325  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3594  transcriptional regulatory protein RstA, putative  40.25 
 
 
237 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1672  DNA-binding response regulator  43.95 
 
 
247 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3006  two component transcriptional regulator  40.25 
 
 
237 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000324706  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3087  two component transcriptional regulator  40.25 
 
 
237 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000126315  normal  0.467683 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3184  two component transcriptional regulator  40.25 
 
 
237 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0220819  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01694  two component response regulator transcription regulator protein  43.67 
 
 
259 aa  197  9e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0081  two component transcriptional regulator  39.21 
 
 
244 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1754  DNA-binding transcriptional regulator RstA  39.75 
 
 
247 aa  194  8.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618128  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1790  DNA-binding transcriptional regulator RstA  40 
 
 
248 aa  194  1e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.704871  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1032  response regulator  41.67 
 
 
232 aa  192  3e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0894814  normal  0.523068 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1844  DNA-binding transcriptional regulator RstA  42.49 
 
 
238 aa  190  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0426946 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1261  two component transcriptional regulator  43.51 
 
 
241 aa  189  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.817763 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1236  two component transcriptional regulator  43.51 
 
 
241 aa  189  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178062  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1699  DNA-binding transcriptional regulator RstA  40.42 
 
 
243 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.205168  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1575  DNA-binding transcriptional regulator RstA  40.42 
 
 
243 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.169233 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1584  DNA-binding transcriptional regulator RstA  40.42 
 
 
243 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.163508  normal  0.857869 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1867  DNA-binding transcriptional regulator RstA  40.42 
 
 
243 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0435355  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1643  DNA-binding transcriptional regulator RstA  40.42 
 
 
243 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.15633  normal  0.900528 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0437  response regulator receiver protein  41.23 
 
 
237 aa  189  4e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.576272  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>