More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0856 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0856  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 233 aa  478  1e-134  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3651  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.33 
 
 		 228 aa  219  1.9999999999999999e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0435949 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0203  response regulator receiver  46.26 
 
 		 231 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.359659 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5387  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.83 
 
 		 236 aa  208  5e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1089  DNA-binding response regulator RprY  43.36 
 
 		 245 aa  204  8e-52  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.414682 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3460  two component transcriptional regulator  41.99 
 
 		 238 aa  200  1.9999999999999998e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0108229  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4970  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 228 aa  197  9e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.375881  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1246  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.18 
 
 		 233 aa  197  9e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.877806  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0209  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.67 
 
 		 251 aa  197  2.0000000000000003e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1242  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.98 
 
 		 234 aa  194  7e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09498  two-component system, transcriptional regulatory protein  42.42 
 
 		 236 aa  193  2e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3566  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.78 
 
 		 228 aa  189  4e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.720677 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0693  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.71 
 
 		 229 aa  185  7e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.43 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4521  two component transcriptional regulator  39.27 
 
 		 230 aa  181  9.000000000000001e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5352  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.81 
 
 		 224 aa  181  1e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.57 
 
 		 230 aa  178  5.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519658 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2742  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 230 aa  176  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.142828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1649  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.64 
 
 		 236 aa  176  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7053  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.33 
 
 		 248 aa  165  5.9999999999999996e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00262574  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03275  two-component system, transcriptional regulatory protein  33.77 
 
 		 234 aa  158  7e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0346  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.67 
 
 		 234 aa  152  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6588  two component transcriptional regulator  37 
 
 		 229 aa  151  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.13217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1631  two component transcriptional regulator  37.89 
 
 		 227 aa  149  5e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.0039171  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0234  two component transcriptional regulator  37.1 
 
 		 242 aa  148  7e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.925989 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4663  two component transcriptional regulator  36.28 
 
 		 232 aa  143  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2130  response regulator receiver  34.35 
 
 		 252 aa  143  2e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.539517  hitchhiker  0.00279069 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0543  two component transcriptional regulator  36.44 
 
 		 241 aa  142  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0590  DNA-binding response regulator  36 
 
 		 230 aa  142  4e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4944  DNA-binding response regulator  37.56 
 
 		 223 aa  142  6e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0109954  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5381  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.32 
 
 		 235 aa  141  7e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0242785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1176  two component transcriptional regulator  34.53 
 
 		 229 aa  141  9e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.149936 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5385  DNA-binding response regulator  37.56 
 
 		 223 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4365  two component transcriptional regulator  36.44 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5569  DNA-binding response regulator  37.56 
 
 		 223 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2277  two component transcriptional regulator  34.06 
 
 		 248 aa  140  9.999999999999999e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.113906  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4662  DNA-binding response regulator  35.56 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4433  DNA-binding response regulator  35.56 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4959  DNA-binding response regulator  37.1 
 
 		 223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000160223  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5353  DNA-binding response regulator  37.1 
 
 		 223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4777  DNA-binding response regulator  35.56 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4663  DNA-binding response regulator  35.56 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.19 
 
 		 230 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4272  response regulator  35.11 
 
 		 230 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.760233  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5055  two component transcriptional regulator  37.1 
 
 		 223 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4477  response regulator receiver  36.09 
 
 		 228 aa  139  4.999999999999999e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0220713 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4650  DNA-binding response regulator  35.11 
 
 		 230 aa  138  6e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.68 
 
 		 234 aa  138  6e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03240  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  33.77 
 
 		 229 aa  138  6e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.604152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6397  response regulator receiver protein  34.76 
 
 		 237 aa  139  6e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.680662  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3564  two component transcriptional regulator  35.59 
 
 		 230 aa  138  7e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.153344  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.68 
 
 		 234 aa  138  7.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0805  two component transcriptional regulator  35.71 
 
 		 229 aa  138  8.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5379  DNA-binding response regulator  36.65 
 
 		 223 aa  137  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4283  response regulator  35.11 
 
 		 230 aa  137  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  35.24 
 
 		 245 aa  137  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  37.17 
 
 		 228 aa  137  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  35.71 
 
 		 236 aa  137  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 237 aa  137  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4647  DNA-binding response regulator  35.11 
 
 		 230 aa  137  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0761  two component transcriptional regulator  36.12 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  35.27 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1181  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.5 
 
 		 234 aa  137  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00335068 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2296  two component transcriptional regulator  34.8 
 
 		 255 aa  137  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398969  normal  0.240289 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0622  two component transcriptional regulator  35.51 
 
 		 240 aa  137  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4445  two component transcriptional regulator  36.12 
 
 		 229 aa  136  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1324  extracellular solute-binding protein  35 
 
 		 220 aa  136  3.0000000000000003e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.273971  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0470  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.35 
 
 		 239 aa  136  3.0000000000000003e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0260801  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5113  DNA-binding response regulator  36.65 
 
 		 223 aa  135  5e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00211772  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5504  DNA-binding response regulator  36.65 
 
 		 223 aa  135  5e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4844  two component transcriptional regulator  33.04 
 
 		 231 aa  135  5e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312171 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3233  two component transcriptional regulator  36.44 
 
 		 230 aa  135  5e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4745  DNA-binding response regulator  36.45 
 
 		 232 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5433  DNA-binding response regulator  35.75 
 
 		 223 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4583  DNA-binding response regulator  36.45 
 
 		 232 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.510578  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4605  DNA-binding response regulator  36.45 
 
 		 232 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000523811  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4963  DNA-binding response regulator  36.45 
 
 		 232 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5106  DNA-binding response regulator  36.45 
 
 		 232 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1408  two component transcriptional regulator  34.63 
 
 		 232 aa  135  6.0000000000000005e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1334  two component transcriptional regulator  32.47 
 
 		 243 aa  135  7.000000000000001e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1879  DNA-binding response regulator  32.9 
 
 		 238 aa  135  8e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000557668  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  35.71 
 
 		 240 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0510  two component transcriptional regulator  35.11 
 
 		 234 aa  134  9e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4990  two component transcriptional regulator  36.09 
 
 		 228 aa  134  9e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.866601  hitchhiker  0.000134834 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3504  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.78 
 
 		 248 aa  134  9e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3695  response regulator receiver  33.04 
 
 		 236 aa  134  9e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.795948  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5010  DNA-binding response regulator  36.45 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1792  DNA-binding response regulator  35.11 
 
 		 224 aa  134  9.999999999999999e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0238902  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4916  response regulator receiver protein  33.04 
 
 		 233 aa  134  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8578  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.68 
 
 		 231 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0565107  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4991  DNA-binding response regulator  36.45 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  35.15 
 
 		 246 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0904  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.62 
 
 		 254 aa  134  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.936287  normal  0.32173 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0507  two component transcriptional regulator  30.26 
 
 		 236 aa  134  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0963  two component transcriptional regulator  36.28 
 
 		 225 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10999  two component response transcriptional regulatory protein MprA  34.36 
 
 		 230 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000188235  normal  0.671639 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2289  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  34.07 
 
 		 231 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000420296  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.89 
 
 		 237 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4064  two component transcriptional regulator  35.22 
 
 		 233 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.98903  normal  0.0666639 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  35.12 
 
 		 246 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>