More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0209 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_0209  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 251 aa  506  9.999999999999999e-143  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09498  two-component system, transcriptional regulatory protein  78.17 
 
 		 236 aa  374  1e-103  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3460  two component transcriptional regulator  73.5 
 
 		 238 aa  365  1e-100  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0108229  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1246  two component transcriptional regulator, winged helix family  56 
 
 		 233 aa  242  5e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.877806  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3651  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.34 
 
 		 228 aa  233  2.0000000000000002e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0435949 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0203  response regulator receiver  51.08 
 
 		 231 aa  233  3e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.359659 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5387  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.66 
 
 		 236 aa  225  6e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1089  DNA-binding response regulator RprY  46.93 
 
 		 245 aa  214  9.999999999999999e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.414682 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0856  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.67 
 
 		 233 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.3 
 
 		 232 aa  193  3e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1242  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.3 
 
 		 234 aa  190  2e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5352  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.62 
 
 		 224 aa  187  1e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4970  two component transcriptional regulator  44.69 
 
 		 228 aa  187  1e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.375881  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1649  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 236 aa  186  4e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3566  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.78 
 
 		 228 aa  182  3e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.720677 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.11 
 
 		 230 aa  181  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519658 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2742  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 230 aa  176  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.142828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0693  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.94 
 
 		 229 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03275  two-component system, transcriptional regulatory protein  40.17 
 
 		 234 aa  168  6e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4521  two component transcriptional regulator  39.01 
 
 		 230 aa  165  5.9999999999999996e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7053  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.9 
 
 		 248 aa  158  8e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00262574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2159  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.93 
 
 		 227 aa  154  9e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00177162  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0346  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.43 
 
 		 234 aa  151  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03240  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  31.76 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.604152  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0170  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.48 
 
 		 232 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4388  DNA-binding response regulator  33.93 
 
 		 227 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6397  response regulator receiver protein  32.61 
 
 		 237 aa  135  6.0000000000000005e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.680662  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.73 
 
 		 223 aa  135  7.000000000000001e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4665  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.63 
 
 		 235 aa  135  8e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.880727  normal  0.209776 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2511  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.03 
 
 		 244 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1848  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.38 
 
 		 236 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0065624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1288  two component transcriptional regulator  32.07 
 
 		 238 aa  133  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4916  response regulator receiver protein  32.59 
 
 		 233 aa  132  3.9999999999999996e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0098  two component transcriptional regulator  33.78 
 
 		 229 aa  132  5e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.761303  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1659  two component transcriptional regulator  33.77 
 
 		 245 aa  132  6e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  34.08 
 
 		 223 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  34.08 
 
 		 223 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0805  two component transcriptional regulator  34.21 
 
 		 229 aa  131  9e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5471  two component transcriptional regulator  34.36 
 
 		 221 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00800002  hitchhiker  0.0013378 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0852  two component transcriptional regulator  35.17 
 
 		 231 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0690944  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1773  DNA-binding response regulator  35.11 
 
 		 224 aa  131  1.0000000000000001e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2749  transcription response regulator-like protein  37.5 
 
 		 221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00061025  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  36.61 
 
 		 229 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  33.63 
 
 		 223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2160  two component transcriptional regulator  31.38 
 
 		 240 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  33.63 
 
 		 223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5345  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.3 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.264155 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11051  two component system transcriptional regulator trcR  35.71 
 
 		 257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03140  two component response regulator transcription regulator protein  31.3 
 
 		 245 aa  130  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.249511  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  33.63 
 
 		 223 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  33.63 
 
 		 223 aa  130  3e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  33.63 
 
 		 223 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  33.92 
 
 		 223 aa  130  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0956  DNA-binding response regulator  34.07 
 
 		 223 aa  129  3e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.504019  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0761  two component transcriptional regulator  33.05 
 
 		 229 aa  129  3e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1138  two component transcriptional regulator  30.99 
 
 		 232 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564511  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3580  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.05 
 
 		 242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0214492  hitchhiker  0.00000165063 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2799  two component transcriptional regulator  30.99 
 
 		 232 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.09 
 
 		 224 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1861  two component transcriptional regulator  32.75 
 
 		 225 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000248634  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0378  two component transcriptional regulator  32.48 
 
 		 245 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3061  two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 229 aa  129  5.0000000000000004e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.296421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3017  two component transcriptional regulator  32.16 
 
 		 225 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1304  DNA-binding response regulator  31.91 
 
 		 235 aa  129  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.18531  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.5 
 
 		 230 aa  129  6e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2763  DNA-binding response regulator  31.91 
 
 		 235 aa  129  6e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0137809  hitchhiker  0.000236663 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001059  putative two-component response regulator  35.93 
 
 		 235 aa  129  6e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2056  DNA-binding response regulator  34.93 
 
 		 227 aa  128  7.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.413172  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2212  DNA-binding response regulator  34.93 
 
 		 227 aa  128  7.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1414  two component transcriptional regulator  31.91 
 
 		 235 aa  129  7.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0819  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.38 
 
 		 246 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1277  two component transcriptional regulator  32.33 
 
 		 233 aa  128  7.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0649233  normal  0.253886 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2240  DNA-binding response regulator  34.93 
 
 		 227 aa  128  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.85177e-28 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1151  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.51 
 
 		 225 aa  128  8.000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1094  DNA-binding response regulator  33.47 
 
 		 241 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1252  DNA-binding response regulator OmpR  33.47 
 
 		 241 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.05 
 
 		 236 aa  128  8.000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0038  two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 228 aa  128  8.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000503825 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1099  DNA-binding response regulator  33.47 
 
 		 241 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.662709  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2168  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.51 
 
 		 247 aa  128  9.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.222815 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4445  two component transcriptional regulator  33.06 
 
 		 229 aa  127  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1402  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.26 
 
 		 241 aa  127  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.154165 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7106  two component transcriptional regulator  34.2 
 
 		 237 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.323714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1404  two component transcriptional regulator  31.84 
 
 		 229 aa  128  1.0000000000000001e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.153238  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08590  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  31.14 
 
 		 239 aa  128  1.0000000000000001e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.857083 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0578  two component transcriptional regulator  32.02 
 
 		 240 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2257  two component transcriptional regulator  31.11 
 
 		 243 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.512842  normal  0.410356 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4185  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.3 
 
 		 243 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.469867  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4297  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.3 
 
 		 243 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2337  two component heavy metal response transcriptional regulator  35.09 
 
 		 227 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3146  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.67 
 
 		 218 aa  128  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.149495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0421  two component transcriptional regulator  31.15 
 
 		 245 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0518956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1986  two component transcriptional regulator  32.5 
 
 		 240 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2563  transcriptional regulatory protein ResD  35.1 
 
 		 221 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803163 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0557  response regulator receiver  35.53 
 
 		 234 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2194  DNA-binding response regulator  34.5 
 
 		 227 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00702475  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2446  two component transcriptional regulator  33.05 
 
 		 251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.490864  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2401  two component transcriptional regulator  33.05 
 
 		 241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2345  two component transcriptional regulator  34.02 
 
 		 252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000474063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2367  two component transcriptional regulator  31.3 
 
 		 235 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>