More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3580 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_3580  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 242 aa  479  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0214492  hitchhiker  0.00000165063 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0378  two component transcriptional regulator  94.63 
 
 		 245 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2778  two component transcriptional regulator  86.67 
 
 		 248 aa  396  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6981  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.98 
 
 		 248 aa  317  1e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3006  two component transcriptional regulator  65.29 
 
 		 248 aa  316  2e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.391944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3585  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.83 
 
 		 246 aa  286  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0667387  hitchhiker  0.00000255607 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0373  two component transcriptional regulator  59.83 
 
 		 246 aa  286  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2783  two component transcriptional regulator  58.68 
 
 		 245 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2401  two component transcriptional regulator  58.82 
 
 		 241 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2405  two component transcriptional regulator  58.82 
 
 		 241 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.343281  normal  0.0119317 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2311  two component transcriptional regulator  58.82 
 
 		 241 aa  267  1e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1789  two component transcriptional regulator  58.82 
 
 		 241 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2446  two component transcriptional regulator  58.82 
 
 		 251 aa  267  1e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.490864  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5728  two component transcriptional regulator  58.82 
 
 		 280 aa  266  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0889  two component transcriptional regulator  58.82 
 
 		 305 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.147318 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2160  two component transcriptional regulator  57.32 
 
 		 241 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.71041  hitchhiker  0.000000282055 
 
 
-
 
NC_003296  RS03140  two component response regulator transcription regulator protein  57.21 
 
 		 245 aa  262  3e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.249511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1094  DNA-binding response regulator  57.98 
 
 		 241 aa  262  3e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1252  DNA-binding response regulator OmpR  57.98 
 
 		 241 aa  262  3e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1099  DNA-binding response regulator  57.98 
 
 		 241 aa  262  3e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.662709  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0893  DNA-binding response regulator OmpR  57.98 
 
 		 259 aa  263  3e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3387  two component transcriptional regulator  57.32 
 
 		 241 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1125  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.56 
 
 		 241 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4297  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.64 
 
 		 243 aa  261  1e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4185  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.64 
 
 		 243 aa  261  1e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.469867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0515  two component transcriptional regulator  57.21 
 
 		 244 aa  255  4e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000767404  normal  0.580599 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0573  two component transcriptional regulator  56.77 
 
 		 243 aa  252  3e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.437899  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0993  DNA-binding response regulator OmpR  56.72 
 
 		 232 aa  251  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0750  DNA-binding response regulator OmpR  56.72 
 
 		 232 aa  251  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1574  DNA-binding response regulator OmpR  56.72 
 
 		 232 aa  251  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.172544  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3023  DNA-binding response regulator OmpR  56.72 
 
 		 232 aa  251  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0975164  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5962  two component transcriptional regulator  54.11 
 
 		 249 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5598  two component transcriptional regulator  54.11 
 
 		 249 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.122257  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6462  two component transcriptional regulator  53.48 
 
 		 249 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.747199 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  49.39 
 
 		 257 aa  226  2e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3494  two component transcriptional regulator  53.74 
 
 		 256 aa  226  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6993  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.17 
 
 		 246 aa  224  8e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  50 
 
 		 240 aa  224  1e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  50.21 
 
 		 241 aa  223  3e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  50.21 
 
 		 241 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14041  two-component response regulator  51.08 
 
 		 241 aa  221  9e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.117879 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  49.79 
 
 		 241 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  49.79 
 
 		 241 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  49.79 
 
 		 241 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  52.81 
 
 		 244 aa  220  1.9999999999999999e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  48.93 
 
 		 239 aa  219  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  50.21 
 
 		 241 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  49.36 
 
 		 241 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  50.21 
 
 		 241 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  49.36 
 
 		 241 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  49.36 
 
 		 241 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  49.79 
 
 		 241 aa  219  3e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  48.93 
 
 		 239 aa  219  3e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  48.93 
 
 		 239 aa  219  3e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  48.93 
 
 		 239 aa  219  3e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  48.5 
 
 		 239 aa  219  3.9999999999999997e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  48.72 
 
 		 239 aa  219  3.9999999999999997e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  48.5 
 
 		 239 aa  218  5e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  48.5 
 
 		 239 aa  218  5e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  48.5 
 
 		 239 aa  218  5e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  49.36 
 
 		 241 aa  218  5e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  50 
 
 		 243 aa  218  5e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  49.15 
 
 		 240 aa  218  5e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.5 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  48.5 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  48.5 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  48.5 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  48.5 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  48.5 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  48.5 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  48.5 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  48.5 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  48.5 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  48.5 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  48.5 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  48.5 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  48.5 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  48.5 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  48.72 
 
 		 241 aa  218  7e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  48.05 
 
 		 240 aa  218  7e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1839  two component transcriptional regulator  49.13 
 
 		 255 aa  218  7.999999999999999e-56  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.1183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  48.72 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0246  osmolarity response regulator  48.29 
 
 		 246 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  normal  0.0191352 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1980  osmolarity response regulator  48.5 
 
 		 243 aa  216  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.431202  normal  0.459947 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0261  osmolarity response regulator  48.29 
 
 		 246 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.429713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0271  osmolarity response regulator  48.29 
 
 		 246 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2732  osmolarity response regulator  51.28 
 
 		 243 aa  215  4e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.744063  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4966  osmolarity response regulator  48.48 
 
 		 246 aa  215  4e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00196418 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0204  osmolarity response regulator  49.15 
 
 		 239 aa  215  4e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  48.48 
 
 		 240 aa  214  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  50.85 
 
 		 243 aa  213  9.999999999999999e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  50.85 
 
 		 243 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  50.85 
 
 		 243 aa  213  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  47.44 
 
 		 240 aa  213  1.9999999999999998e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  49.35 
 
 		 241 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4363  osmolarity response regulator  49.57 
 
 		 243 aa  211  7.999999999999999e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.127883 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0126  osmolarity response regulator  47.72 
 
 		 254 aa  211  9e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0135  osmolarity response regulator  47.72 
 
 		 254 aa  211  9e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0328  DNA-binding response regulator OmpR  47.84 
 
 		 246 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0258  osmolarity response regulator  47.84 
 
 		 246 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>