More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1242 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1242  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 234 aa  482  1e-135  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1649  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.56 
 
 		 236 aa  262  3e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7053  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.48 
 
 		 248 aa  257  1e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00262574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4970  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 228 aa  241  5e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.375881  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3566  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.1 
 
 		 228 aa  241  9e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.720677 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3651  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.69 
 
 		 228 aa  220  9.999999999999999e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0435949 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5387  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.19 
 
 		 236 aa  219  3e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0203  response regulator receiver  46.96 
 
 		 231 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.359659 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4521  two component transcriptional regulator  48.46 
 
 		 230 aa  212  3.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1089  DNA-binding response regulator RprY  46.09 
 
 		 245 aa  209  4e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.414682 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09498  two-component system, transcriptional regulatory protein  44.44 
 
 		 236 aa  198  6e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.11 
 
 		 230 aa  198  7.999999999999999e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519658 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1246  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.6 
 
 		 233 aa  196  3e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.877806  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0856  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.98 
 
 		 233 aa  194  7e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3460  two component transcriptional regulator  43.29 
 
 		 238 aa  194  1e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0108229  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03275  two-component system, transcriptional regulatory protein  41.53 
 
 		 234 aa  190  2e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0209  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.3 
 
 		 251 aa  190  2e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0346  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.88 
 
 		 234 aa  187  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2742  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.3 
 
 		 230 aa  186  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.142828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.89 
 
 		 232 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0693  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.72 
 
 		 229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5352  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.5 
 
 		 224 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3446  response regulator receiver  41.92 
 
 		 234 aa  172  5.999999999999999e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.664648  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0673  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.99 
 
 		 235 aa  159  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.996485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1848  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.5 
 
 		 236 aa  158  8e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0065624  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.88 
 
 		 256 aa  156  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0940  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.24 
 
 		 237 aa  155  5.0000000000000005e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324642  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4687  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.96 
 
 		 230 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000280381  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1402  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 241 aa  152  4e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.154165 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1861  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 225 aa  151  8.999999999999999e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000248634  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4159  two component transcriptional regulator  32.9 
 
 		 230 aa  150  1e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.667277  normal  0.0359145 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3538  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.13 
 
 		 237 aa  150  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0997  two component transcriptional regulator  38.1 
 
 		 230 aa  148  7e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.679101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  35.22 
 
 		 232 aa  148  7e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0019  two component transcriptional regulator  36.71 
 
 		 235 aa  148  9e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1879  DNA-binding response regulator  37.82 
 
 		 238 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000557668  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3703  two component transcriptional regulator  35.34 
 
 		 232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.230236  normal  0.0884672 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.39 
 
 		 230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1916  two component transcriptional regulator  36.64 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.400732  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.44 
 
 		 236 aa  146  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3818  two component transcriptional regulator  37.23 
 
 		 230 aa  146  3e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386967  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.65 
 
 		 237 aa  146  3e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0234  two component transcriptional regulator  34.65 
 
 		 242 aa  146  3e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.925989 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  36.64 
 
 		 232 aa  146  3e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0246  two component transcriptional regulator, winged helix family  36 
 
 		 225 aa  145  7.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0272164  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  35.29 
 
 		 235 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4657  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.06 
 
 		 240 aa  145  8.000000000000001e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0590  DNA-binding response regulator  38.03 
 
 		 230 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0507  two component transcriptional regulator  34.87 
 
 		 236 aa  145  8.000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1728  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.51 
 
 		 234 aa  144  1e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.541096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  35.29 
 
 		 235 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  35.29 
 
 		 235 aa  144  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2918  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.34 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  35.29 
 
 		 235 aa  144  1e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  34.75 
 
 		 235 aa  144  1e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  35.29 
 
 		 235 aa  144  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3569  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.62 
 
 		 235 aa  144  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  35.29 
 
 		 235 aa  144  1e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.93 
 
 		 230 aa  144  1e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  35.29 
 
 		 235 aa  144  1e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  34.75 
 
 		 235 aa  144  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  35.29 
 
 		 235 aa  144  1e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0956  DNA-binding response regulator  34.67 
 
 		 223 aa  144  1e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.504019  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  35.29 
 
 		 235 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2056  DNA-binding response regulator  38.79 
 
 		 227 aa  143  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.413172  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2212  DNA-binding response regulator  38.79 
 
 		 227 aa  143  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3061  two component transcriptional regulator  35.22 
 
 		 229 aa  143  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.296421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2240  DNA-binding response regulator  38.79 
 
 		 227 aa  143  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.85177e-28 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0804  two component transcriptional regulator  37 
 
 		 236 aa  143  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.324741  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.12 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0411  two component transcriptional regulator  31.47 
 
 		 230 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21640  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.44 
 
 		 226 aa  142  3e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000176926  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  34.18 
 
 		 239 aa  143  3e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1408  two component transcriptional regulator  36.64 
 
 		 232 aa  143  3e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4261  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.8 
 
 		 224 aa  142  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.906422  normal  0.0109867 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1342  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.32 
 
 		 234 aa  142  4e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0144629  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4662  DNA-binding response regulator  37.18 
 
 		 230 aa  142  5e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4433  DNA-binding response regulator  37.18 
 
 		 230 aa  142  5e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1924  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.9 
 
 		 225 aa  142  5e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4777  DNA-binding response regulator  37.18 
 
 		 230 aa  142  5e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1116  DNA-binding response regulator  35.22 
 
 		 235 aa  142  5e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.310768  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  34.96 
 
 		 227 aa  142  5e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2942  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.89 
 
 		 234 aa  142  6e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4650  DNA-binding response regulator  37.18 
 
 		 230 aa  142  6e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4222  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.8 
 
 		 224 aa  142  6e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4272  response regulator  37.18 
 
 		 230 aa  141  7e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.760233  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4663  DNA-binding response regulator  37.18 
 
 		 230 aa  141  8e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4283  response regulator  37.18 
 
 		 230 aa  141  9e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  34.18 
 
 		 234 aa  141  9e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  34.18 
 
 		 234 aa  141  9e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1950  DNA-binding response regulator  33.91 
 
 		 235 aa  141  9e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.100456  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1151  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.81 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.34 
 
 		 235 aa  140  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1291  two component transcriptional regulator  34.31 
 
 		 240 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000572556  hitchhiker  0.0000375019 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4054  two component transcriptional regulator  33.92 
 
 		 226 aa  140  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.271916 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2811  DNA-binding response regulator  35.09 
 
 		 228 aa  140  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1773  DNA-binding response regulator  34.67 
 
 		 224 aa  140  9.999999999999999e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6588  two component transcriptional regulator  32.77 
 
 		 229 aa  140  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.13217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0130  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.43 
 
 		 224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00147609  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4647  DNA-binding response regulator  37.61 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>