More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3703 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3703  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 232 aa  482  1e-135  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.230236  normal  0.0884672 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0218  two component transcriptional regulator  53.88 
 
 		 239 aa  261  8e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1007  two component transcriptional regulator  53.22 
 
 		 233 aa  249  2e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4496  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.51 
 
 		 245 aa  247  9e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5426  two component transcriptional regulator  52.63 
 
 		 251 aa  247  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0815  two component transcriptional regulator  53.51 
 
 		 248 aa  247  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.348891 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6809  two component transcriptional regulator  52.63 
 
 		 277 aa  244  9e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.867301 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6757  two component transcriptional regulator  52.19 
 
 		 239 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.250889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1173  two component transcriptional regulator  52.63 
 
 		 266 aa  243  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.761417  normal  0.802826 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1561  two component transcriptional regulator  52.19 
 
 		 239 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.932075  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6268  two component transcriptional regulator  52.19 
 
 		 239 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.350192  normal  0.482642 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5358  two component transcriptional regulator  52.19 
 
 		 272 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.296948 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5550  two component transcriptional regulator  52.19 
 
 		 239 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5785  two component transcriptional regulator  52.19 
 
 		 239 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3419  two component transcriptional regulator  54.35 
 
 		 242 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1374  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 238 aa  238  6.999999999999999e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0543  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 		 241 aa  236  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0485  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  52.63 
 
 		 244 aa  236  2e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.773776  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.44 
 
 		 242 aa  235  6e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0470  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 239 aa  234  7e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0260801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0289  two component transcriptional regulator  53.3 
 
 		 243 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.563834 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0307  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.12 
 
 		 242 aa  231  7.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0295  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.12 
 
 		 242 aa  231  7.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1508  two component transcriptional regulator  48.68 
 
 		 237 aa  228  4e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3071  two component transcriptional regulator  47.83 
 
 		 238 aa  226  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000985444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 235 aa  226  3e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0651  DNA-binding response regulator  47.19 
 
 		 260 aa  226  3e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.53482  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.48 
 
 		 233 aa  221  7e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.83 
 
 		 230 aa  220  9.999999999999999e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3278  two component transcriptional regulator  50.66 
 
 		 253 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0104368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0669  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 253 aa  217  1e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.193178 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001205  DNA-binding response regulator  48.25 
 
 		 243 aa  216  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0264  two component transcriptional regulator  48.02 
 
 		 238 aa  216  2e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.392693  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1954  two component transcriptional regulator  46.55 
 
 		 229 aa  216  2.9999999999999998e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000155813  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  46.09 
 
 		 232 aa  214  9e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.6 
 
 		 237 aa  213  9.999999999999999e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04992  positive response regulator for pho regulon  48.25 
 
 		 256 aa  213  9.999999999999999e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0539  DNA-binding response regulator PhoP  46.55 
 
 		 239 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000130788 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4699  DNA-binding response regulator PhoP  46.55 
 
 		 239 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0132  response regulator receiver protein  48.48 
 
 		 231 aa  213  1.9999999999999998e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  46.55 
 
 		 239 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1728  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.13 
 
 		 233 aa  213  2.9999999999999995e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  48.03 
 
 		 229 aa  212  2.9999999999999995e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  48.26 
 
 		 240 aa  212  4.9999999999999996e-54  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2490  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.48 
 
 		 244 aa  211  7e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.247926  normal  0.141914 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4720  DNA-binding response regulator PhoP  46.12 
 
 		 239 aa  211  7e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4704  DNA-binding response regulator PhoP  46.12 
 
 		 239 aa  211  1e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000673192 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4484  DNA-binding response regulator PhoP  46.12 
 
 		 239 aa  211  1e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4319  alkaline phosphatase synthesis response regulator  46.12 
 
 		 239 aa  211  1e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4330  alkaline phosphatase synthesis response regulator  46.12 
 
 		 239 aa  211  1e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4833  DNA-binding response regulator PhoP  46.12 
 
 		 239 aa  211  1e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0982965  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4714  DNA-binding response regulator PhoP  46.12 
 
 		 239 aa  211  1e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  46.38 
 
 		 239 aa  209  2e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  46.38 
 
 		 239 aa  209  2e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3274  two component transcriptional regulator  46.55 
 
 		 238 aa  208  7e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2657  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.58 
 
 		 250 aa  207  1e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.350713 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3460  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.58 
 
 		 250 aa  206  2e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  47.39 
 
 		 236 aa  206  2e-52  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  46.26 
 
 		 229 aa  206  4e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.96 
 
 		 236 aa  205  5e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0458  DNA-binding response regulator  45.41 
 
 		 229 aa  205  6e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396749 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4786  DNA-binding response regulator  45.85 
 
 		 229 aa  204  8e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  45.53 
 
 		 239 aa  204  1e-51  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2918  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.45 
 
 		 232 aa  202  3e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4920  DNA-binding response regulator  45.41 
 
 		 229 aa  202  3e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4663  two component transcriptional regulator  44.25 
 
 		 232 aa  202  3e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4565  DNA-binding response regulator  45.41 
 
 		 233 aa  202  4e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4781  DNA-binding response regulator  45.41 
 
 		 229 aa  202  4e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4803  DNA-binding response regulator  44.98 
 
 		 229 aa  202  5e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  48.23 
 
 		 227 aa  202  5e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1549  two component transcriptional regulator  45.69 
 
 		 241 aa  201  6e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1116  DNA-binding response regulator  47.23 
 
 		 235 aa  201  6e-51  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.310768  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1580  response regulator receiver  45.69 
 
 		 241 aa  201  6e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4400  DNA-binding response regulator  44.98 
 
 		 233 aa  201  7e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4417  DNA-binding response regulator  44.98 
 
 		 233 aa  201  7e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4156  two component transcriptional regulator  44.78 
 
 		 232 aa  201  7e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000307056  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_926  two-component system, OmpR family, response regulator  46.12 
 
 		 227 aa  201  7e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00200634  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0316  DNA-binding response regulator  45.18 
 
 		 237 aa  201  8e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.78 
 
 		 234 aa  201  8e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1490  two component transcriptional regulator  44.68 
 
 		 239 aa  201  9e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04710  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.18 
 
 		 237 aa  201  9.999999999999999e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.46 
 
 		 237 aa  201  9.999999999999999e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2106  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.09 
 
 		 238 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.65 
 
 		 235 aa  200  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1055  DNA-binding response regulator SrrA  44.83 
 
 		 241 aa  200  1.9999999999999998e-50  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.58 
 
 		 230 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4998  DNA-binding response regulator  44.49 
 
 		 237 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.709524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1349  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.22 
 
 		 237 aa  199  3e-50  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.421984 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3069  two component transcriptional regulator  43.23 
 
 		 230 aa  199  3.9999999999999996e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000467461  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0266  two component transcriptional regulator  46.05 
 
 		 237 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.262207  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0258  response regulator  44.93 
 
 		 237 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  44.74 
 
 		 223 aa  198  5e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0804  two component transcriptional regulator  46.93 
 
 		 236 aa  198  5e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.324741  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3061  two component transcriptional regulator  45.22 
 
 		 229 aa  198  5e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.296421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0402  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.62 
 
 		 241 aa  198  6e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.96 
 
 		 233 aa  198  6e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2712  two component transcriptional regulator  44.1 
 
 		 224 aa  198  6e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00552555  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  44.3 
 
 		 223 aa  197  7.999999999999999e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  44.74 
 
 		 223 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2219  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.02 
 
 		 240 aa  197  7.999999999999999e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>