More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0289 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0289  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 243 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.563834 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0485  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  71.43 
 
 		 244 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.773776  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3419  two component transcriptional regulator  69.03 
 
 		 242 aa  328  6e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0669  two component transcriptional regulator  64.19 
 
 		 253 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.193178 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3278  two component transcriptional regulator  64.19 
 
 		 253 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0104368 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3703  two component transcriptional regulator  53.3 
 
 		 232 aa  234  1.0000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.230236  normal  0.0884672 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5358  two component transcriptional regulator  46.06 
 
 		 272 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.296948 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0218  two component transcriptional regulator  49.37 
 
 		 239 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5550  two component transcriptional regulator  46.38 
 
 		 239 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0815  two component transcriptional regulator  48.03 
 
 		 248 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.348891 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5785  two component transcriptional regulator  45.96 
 
 		 239 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4496  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.6 
 
 		 245 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6757  two component transcriptional regulator  46.55 
 
 		 239 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.250889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1561  two component transcriptional regulator  46.55 
 
 		 239 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.932075  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6268  two component transcriptional regulator  46.55 
 
 		 239 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.350192  normal  0.482642 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6809  two component transcriptional regulator  46.12 
 
 		 277 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.867301 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3071  two component transcriptional regulator  46.29 
 
 		 238 aa  210  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000985444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5426  two component transcriptional regulator  46.72 
 
 		 251 aa  210  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1508  two component transcriptional regulator  48.02 
 
 		 237 aa  210  1e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04992  positive response regulator for pho regulon  48.26 
 
 		 256 aa  210  2e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001205  DNA-binding response regulator  47.83 
 
 		 243 aa  206  3e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1374  two component transcriptional regulator  45.33 
 
 		 238 aa  202  4e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1173  two component transcriptional regulator  43.28 
 
 		 266 aa  202  4e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.761417  normal  0.802826 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0307  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.37 
 
 		 242 aa  201  7e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0295  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.37 
 
 		 242 aa  201  7e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1007  two component transcriptional regulator  45.37 
 
 		 233 aa  201  7e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.61 
 
 		 242 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.9 
 
 		 233 aa  199  3e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0543  two component transcriptional regulator  44.93 
 
 		 241 aa  198  7e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0470  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.67 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0260801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0940  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.41 
 
 		 237 aa  193  2e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324642  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  43.5 
 
 		 229 aa  187  9e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0827  two component transcriptional regulator  45.09 
 
 		 256 aa  187  1e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00211389  normal  0.244563 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0651  DNA-binding response regulator  45.3 
 
 		 260 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.53482  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3085  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.81 
 
 		 232 aa  186  2e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000315463  hitchhiker  0.000599707 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  45.13 
 
 		 230 aa  186  3e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  41.7 
 
 		 223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  41.7 
 
 		 223 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  41.7 
 
 		 223 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  41.7 
 
 		 223 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  41.7 
 
 		 223 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  41.7 
 
 		 223 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  41.7 
 
 		 223 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1924  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.99 
 
 		 225 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1261  DNA-binding response regulator  43.33 
 
 		 236 aa  182  6e-45  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000139979  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  41.26 
 
 		 223 aa  181  7e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  41.26 
 
 		 223 aa  181  7e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1055  DNA-binding response regulator SrrA  43.35 
 
 		 241 aa  181  1e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1220  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.05 
 
 		 233 aa  180  2e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00991602 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4156  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 232 aa  180  2e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000307056  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1215  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 223 aa  180  2e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.96 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1728  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.36 
 
 		 233 aa  179  2.9999999999999997e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  44.39 
 
 		 227 aa  179  2.9999999999999997e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1021  two component transcriptional regulator  40.81 
 
 		 223 aa  178  4.999999999999999e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  44.35 
 
 		 235 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  44.35 
 
 		 235 aa  177  9e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  44.35 
 
 		 235 aa  177  1e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  44.35 
 
 		 235 aa  177  1e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  44.35 
 
 		 235 aa  177  1e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  44.35 
 
 		 235 aa  177  1e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  44.35 
 
 		 235 aa  177  1e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  44.35 
 
 		 235 aa  177  1e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  44.35 
 
 		 235 aa  177  1e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  44.35 
 
 		 235 aa  177  1e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  44.35 
 
 		 235 aa  177  1e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1580  response regulator receiver  40.69 
 
 		 241 aa  176  2e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1549  two component transcriptional regulator  40.69 
 
 		 241 aa  176  2e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5511  two component transcriptional regulator  41.92 
 
 		 236 aa  176  3e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.567595 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3274  two component transcriptional regulator  42.19 
 
 		 238 aa  175  7e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.23 
 
 		 234 aa  175  7e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1897  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.81 
 
 		 229 aa  174  8e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4663  two component transcriptional regulator  41.48 
 
 		 232 aa  174  8e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0416  two component transcriptional regulator  40.34 
 
 		 239 aa  174  9.999999999999999e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00027457  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0378  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 234 aa  174  9.999999999999999e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4720  DNA-binding response regulator PhoP  42.31 
 
 		 239 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0539  DNA-binding response regulator PhoP  42.31 
 
 		 239 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000130788 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  40.59 
 
 		 240 aa  173  1.9999999999999998e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0467  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.17 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.92 
 
 		 236 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.54 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4699  DNA-binding response regulator PhoP  42.31 
 
 		 239 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0630  two component transcriptional regulator  40.53 
 
 		 232 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2219  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.17 
 
 		 240 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4484  DNA-binding response regulator PhoP  42.31 
 
 		 239 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4319  alkaline phosphatase synthesis response regulator  42.31 
 
 		 239 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4330  alkaline phosphatase synthesis response regulator  42.31 
 
 		 239 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4833  DNA-binding response regulator PhoP  42.31 
 
 		 239 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0982965  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4704  DNA-binding response regulator PhoP  42.31 
 
 		 239 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000673192 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1200  two component transcriptional regulator  42.31 
 
 		 238 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.35 
 
 		 236 aa  172  2.9999999999999996e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4714  DNA-binding response regulator PhoP  42.31 
 
 		 239 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  40.85 
 
 		 239 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  40.69 
 
 		 236 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.99 
 
 		 237 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  40.26 
 
 		 234 aa  172  3.9999999999999995e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1441  two component transcriptional regulator  42.15 
 
 		 247 aa  172  3.9999999999999995e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167327  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  40.26 
 
 		 234 aa  172  3.9999999999999995e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  42.98 
 
 		 231 aa  172  5e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2712  two component transcriptional regulator  43.89 
 
 		 224 aa  172  5e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00552555  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>