More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001205 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_001205  DNA-binding response regulator  100 
 
 
243 aa  501  1e-141  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04992  positive response regulator for pho regulon  92.15 
 
 
256 aa  467  1.0000000000000001e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3703  two component transcriptional regulator  48.25 
 
 
232 aa  216  2.9999999999999998e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.230236  normal  0.0884672 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3419  two component transcriptional regulator  47.83 
 
 
242 aa  215  5e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0218  two component transcriptional regulator  46.12 
 
 
239 aa  210  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0485  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  46.75 
 
 
244 aa  207  9e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.773776  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0289  two component transcriptional regulator  47.83 
 
 
243 aa  206  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.563834 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0669  two component transcriptional regulator  47.37 
 
 
253 aa  198  6e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.193178 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3278  two component transcriptional regulator  47.6 
 
 
253 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0104368 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1374  two component transcriptional regulator  42.36 
 
 
238 aa  192  6e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1508  two component transcriptional regulator  43.91 
 
 
237 aa  189  2.9999999999999997e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0543  two component transcriptional regulator  42.36 
 
 
241 aa  184  7e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0307  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.87 
 
 
242 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0295  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.87 
 
 
242 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.83 
 
 
233 aa  182  3e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.52 
 
 
242 aa  181  7e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1007  two component transcriptional regulator  41.48 
 
 
233 aa  181  1e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5426  two component transcriptional regulator  40.79 
 
 
251 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.43 
 
 
230 aa  177  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3071  two component transcriptional regulator  41.3 
 
 
238 aa  176  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000985444  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6809  two component transcriptional regulator  40 
 
 
277 aa  176  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.867301 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5358  two component transcriptional regulator  40.61 
 
 
272 aa  176  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.296948 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6757  two component transcriptional regulator  40.61 
 
 
239 aa  175  5e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.250889  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0815  two component transcriptional regulator  40.34 
 
 
248 aa  175  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.348891 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1561  two component transcriptional regulator  40.61 
 
 
239 aa  175  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.932075  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6268  two component transcriptional regulator  40.61 
 
 
239 aa  175  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.350192  normal  0.482642 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0651  DNA-binding response regulator  42.31 
 
 
260 aa  175  6e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.53482  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4496  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 
245 aa  175  7e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5550  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 
239 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5785  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 
239 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5511  two component transcriptional regulator  37.77 
 
 
236 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal  0.567595 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4663  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 
232 aa  172  2.9999999999999996e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.3 
 
 
237 aa  172  5e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1665  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.74 
 
 
232 aa  171  6.999999999999999e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3518  two component transcriptional regulator  39.74 
 
 
234 aa  171  1e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0470  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.52 
 
 
239 aa  171  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0260801  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1173  two component transcriptional regulator  39.83 
 
 
266 aa  170  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.761417  normal  0.802826 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 
230 aa  170  2e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1815  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 
232 aa  170  2e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.101184  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4998  DNA-binding response regulator  37.72 
 
 
237 aa  169  3e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.709524  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0316  DNA-binding response regulator  37.72 
 
 
237 aa  169  4e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3904  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.92 
 
 
230 aa  169  5e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.144495  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0905  two component transcriptional regulator  44.12 
 
 
238 aa  168  6e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0266  two component transcriptional regulator  38.6 
 
 
237 aa  168  7e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.262207  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1102  DNA-binding response regulator  42.13 
 
 
225 aa  168  8e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1897  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.49 
 
 
229 aa  167  1e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0258  response regulator  37.99 
 
 
237 aa  167  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0831  two component transcriptional regulator  38.36 
 
 
228 aa  167  1e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.310785  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4699  DNA-binding response regulator PhoP  38.86 
 
 
239 aa  167  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.3 
 
 
235 aa  166  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0539  DNA-binding response regulator PhoP  38.86 
 
 
239 aa  167  2e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000130788 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2104  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 
225 aa  166  2e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.302064  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0724  two component transcriptional regulator  39.06 
 
 
226 aa  167  2e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0654  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.32 
 
 
229 aa  166  2.9999999999999998e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.200991  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0082  two component transcriptional regulator  38.79 
 
 
228 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  40.95 
 
 
229 aa  166  2.9999999999999998e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0597  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 
233 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0489  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 
228 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0488  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.32 
 
 
235 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00220414 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2526  DNA-binding response regulator  37.83 
 
 
231 aa  165  5e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3674  two component transcriptional regulator  42.39 
 
 
246 aa  165  5e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.027909  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2796  DNA-binding response regulator  37.83 
 
 
231 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.512352  hitchhiker  0.00000533196 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2385  DNA-binding response regulator  37.83 
 
 
231 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.534853  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2341  DNA-binding response regulator  37.83 
 
 
231 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000166477  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1954  two component transcriptional regulator  36.96 
 
 
229 aa  165  6.9999999999999995e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000155813  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2574  DNA-binding response regulator  37.83 
 
 
231 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000040017 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2561  DNA-binding response regulator  37.83 
 
 
231 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.630654  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0351  DNA-binding response regulator  40.26 
 
 
230 aa  165  6.9999999999999995e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2564  DNA-binding response regulator  37.83 
 
 
231 aa  165  8e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0589521  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0850  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.06 
 
 
226 aa  164  8e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2617  DNA-binding response regulator  37.83 
 
 
231 aa  164  8e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.993672  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  37.99 
 
 
239 aa  164  9e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2302  DNA-binding response regulator  37.83 
 
 
231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0361  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.66 
 
 
233 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324623  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  38.36 
 
 
226 aa  164  1.0000000000000001e-39  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0463  two component transcriptional regulator  39.66 
 
 
233 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.966783  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0367  winged helix family two component transcriptional regulator  39.66 
 
 
233 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0127671 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2228  two component transcriptional regulator  39.83 
 
 
222 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00319429  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4704  DNA-binding response regulator PhoP  37.99 
 
 
239 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000673192 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  37.34 
 
 
240 aa  163  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4720  DNA-binding response regulator PhoP  37.99 
 
 
239 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1728  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 
233 aa  163  2.0000000000000002e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4484  DNA-binding response regulator PhoP  37.99 
 
 
239 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4319  alkaline phosphatase synthesis response regulator  37.99 
 
 
239 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4330  alkaline phosphatase synthesis response regulator  37.99 
 
 
239 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  38.26 
 
 
229 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4833  DNA-binding response regulator PhoP  37.99 
 
 
239 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0982965  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0132  response regulator receiver protein  42.92 
 
 
231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4714  DNA-binding response regulator PhoP  37.99 
 
 
239 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0119  DNA-binding response regulator  38.46 
 
 
230 aa  163  2.0000000000000002e-39  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0674  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 
228 aa  162  3e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.850641 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6749  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 
226 aa  162  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290774  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  39.48 
 
 
230 aa  163  3e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 
230 aa  162  3e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0661  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 
228 aa  162  3e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0654  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 
228 aa  162  3e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.682961 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4225  winged helix family two component transcriptional regulator  41.13 
 
 
227 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5423  two component transcriptional regulator  41.42 
 
 
239 aa  162  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1215  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 
223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2219  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.93 
 
 
240 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>