More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0295 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0307  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 242 aa  488  1e-137  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0295  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 242 aa  488  1e-137  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  87.19 
 
 		 242 aa  432  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0543  two component transcriptional regulator  85.11 
 
 		 241 aa  417  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4496  two component transcriptional regulator, winged helix family  76.39 
 
 		 245 aa  379  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5550  two component transcriptional regulator  77.59 
 
 		 239 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5426  two component transcriptional regulator  78.35 
 
 		 251 aa  375  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6809  two component transcriptional regulator  75.1 
 
 		 277 aa  374  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.867301 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6757  two component transcriptional regulator  75.1 
 
 		 239 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.250889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0815  two component transcriptional regulator  75.54 
 
 		 248 aa  376  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.348891 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1561  two component transcriptional regulator  75.1 
 
 		 239 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.932075  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3071  two component transcriptional regulator  75.11 
 
 		 238 aa  374  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000985444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5785  two component transcriptional regulator  77.59 
 
 		 239 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6268  two component transcriptional regulator  75.1 
 
 		 239 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.350192  normal  0.482642 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5358  two component transcriptional regulator  76.29 
 
 		 272 aa  373  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.296948 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1173  two component transcriptional regulator  74.79 
 
 		 266 aa  368  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.761417  normal  0.802826 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1508  two component transcriptional regulator  71.98 
 
 		 237 aa  363  2e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0470  two component transcriptional regulator, winged helix family  71.74 
 
 		 239 aa  350  2e-95  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0260801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1374  two component transcriptional regulator  62.5 
 
 		 238 aa  300  1e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1007  two component transcriptional regulator  53.28 
 
 		 233 aa  249  4e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3703  two component transcriptional regulator  49.12 
 
 		 232 aa  231  8.000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.230236  normal  0.0884672 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.75 
 
 		 237 aa  219  1.9999999999999999e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.34 
 
 		 233 aa  217  1e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  46.25 
 
 		 239 aa  216  4e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  46.25 
 
 		 239 aa  216  4e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0218  two component transcriptional regulator  45.85 
 
 		 239 aa  215  5e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4663  two component transcriptional regulator  48.68 
 
 		 232 aa  214  9.999999999999999e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3419  two component transcriptional regulator  46.49 
 
 		 242 aa  210  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  43.67 
 
 		 239 aa  208  7e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1490  two component transcriptional regulator  44.16 
 
 		 239 aa  207  1e-52  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0651  DNA-binding response regulator  43.16 
 
 		 260 aa  204  1e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.53482  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0485  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  44.3 
 
 		 244 aa  202  4e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.773776  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0875  two component transcriptional regulator  43.1 
 
 		 242 aa  202  6e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000486966  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0019  two component transcriptional regulator  46.75 
 
 		 235 aa  201  7e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0289  two component transcriptional regulator  45.37 
 
 		 243 aa  201  7e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.563834 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.98 
 
 		 235 aa  201  9e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  43.81 
 
 		 232 aa  200  9.999999999999999e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4650  DNA-binding response regulator  40.97 
 
 		 230 aa  200  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.48 
 
 		 233 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0669  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 253 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.193178 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4647  DNA-binding response regulator  41.41 
 
 		 230 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4272  response regulator  40.97 
 
 		 230 aa  199  3e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.760233  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0978  two component transcriptional regulator  47.39 
 
 		 321 aa  199  3e-50  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.323902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4663  DNA-binding response regulator  40.97 
 
 		 230 aa  199  3e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0590  DNA-binding response regulator  40.97 
 
 		 230 aa  199  3e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.61 
 
 		 230 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0721  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.37 
 
 		 233 aa  199  3.9999999999999996e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.811558  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4433  DNA-binding response regulator  40.97 
 
 		 230 aa  198  6e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4777  DNA-binding response regulator  40.97 
 
 		 230 aa  198  6e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1728  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.76 
 
 		 233 aa  198  7e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4662  DNA-binding response regulator  40.53 
 
 		 230 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1673  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.3 
 
 		 233 aa  198  7.999999999999999e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3278  two component transcriptional regulator  44.21 
 
 		 253 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0104368 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.89 
 
 		 230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.42 
 
 		 234 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0258  response regulator  42.29 
 
 		 237 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1090  two component transcriptional regulator  48.46 
 
 		 230 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0839689 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3233  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 230 aa  196  3e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4283  response regulator  40.53 
 
 		 230 aa  196  3e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.26 
 
 		 239 aa  196  3e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  43.29 
 
 		 229 aa  196  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0827  two component transcriptional regulator  48.92 
 
 		 256 aa  196  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00211389  normal  0.244563 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0273  DNA-binding response regulator  42.29 
 
 		 237 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.484752  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0287  DNA-binding response regulator  42.29 
 
 		 237 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.42222  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0317  DNA-binding response regulator  42.29 
 
 		 237 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4285  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.05 
 
 		 238 aa  195  6e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.83647  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2918  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.16 
 
 		 232 aa  195  7e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  43.86 
 
 		 230 aa  194  9e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.98 
 
 		 236 aa  194  9e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0940  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.73 
 
 		 237 aa  194  1e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324642  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_143  DNA-binding response regulator, two-component system, OmpR family  44.49 
 
 		 256 aa  194  1e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0255  DNA-binding response regulator  42.29 
 
 		 237 aa  194  1e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2490  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.28 
 
 		 244 aa  194  1e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.247926  normal  0.141914 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  43.91 
 
 		 229 aa  194  1e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1441  two component transcriptional regulator  46.38 
 
 		 247 aa  194  1e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167327  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3069  two component transcriptional regulator  43.86 
 
 		 230 aa  194  1e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000467461  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2643  two component transcriptional regulator  43.88 
 
 		 236 aa  194  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  46.52 
 
 		 230 aa  193  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0266  two component transcriptional regulator  42.29 
 
 		 237 aa  193  2e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.262207  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0303  DNA-binding response regulator  40.71 
 
 		 233 aa  193  2e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0610099  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  48.25 
 
 		 231 aa  193  2e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4998  DNA-binding response regulator  40.09 
 
 		 237 aa  192  3e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.709524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  47.37 
 
 		 227 aa  192  3e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3538  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.22 
 
 		 237 aa  192  3e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.92 
 
 		 226 aa  192  3e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1197  response regulator receiver  46.7 
 
 		 230 aa  193  3e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0064  DNA-binding response regulator  43.35 
 
 		 235 aa  192  3e-48  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.611294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4365  two component transcriptional regulator  40.61 
 
 		 230 aa  192  4e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0264  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 238 aa  192  4e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.392693  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5021  DNA-binding response regulator  40.27 
 
 		 233 aa  192  4e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0330449  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0135  DNA-binding response regulator  44.69 
 
 		 230 aa  192  5e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0294  DNA-binding response regulator  39.82 
 
 		 233 aa  192  5e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0322  DNA-binding response regulator  40.27 
 
 		 233 aa  192  5e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000418869  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4602  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.54 
 
 		 226 aa  192  5e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0296  DNA-binding response regulator  40.27 
 
 		 233 aa  191  6e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0242  response regulator  40.27 
 
 		 233 aa  191  6e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0316  DNA-binding response regulator  40.53 
 
 		 237 aa  191  6e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0249  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 233 aa  191  6e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0382139  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  43.42 
 
 		 235 aa  191  8e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  43.42 
 
 		 235 aa  191  9e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>