More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3419 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3419  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 242 aa  498  1e-140  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0289  two component transcriptional regulator  69.03 
 
 		 243 aa  328  6e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.563834 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0485  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  66.81 
 
 		 244 aa  318  5e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.773776  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0669  two component transcriptional regulator  64.16 
 
 		 253 aa  296  3e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.193178 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3278  two component transcriptional regulator  64.16 
 
 		 253 aa  295  5e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0104368 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3703  two component transcriptional regulator  54.35 
 
 		 232 aa  239  4e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.230236  normal  0.0884672 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0815  two component transcriptional regulator  51.95 
 
 		 248 aa  228  9e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.348891 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4496  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.52 
 
 		 245 aa  227  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0218  two component transcriptional regulator  52.38 
 
 		 239 aa  225  6e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5426  two component transcriptional regulator  47.95 
 
 		 251 aa  219  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1508  two component transcriptional regulator  49.12 
 
 		 237 aa  218  7e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001205  DNA-binding response regulator  47.83 
 
 		 243 aa  215  5e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5358  two component transcriptional regulator  50.43 
 
 		 272 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.296948 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6757  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 239 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.250889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1561  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 239 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.932075  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6268  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 239 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.350192  normal  0.482642 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5550  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 239 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04992  positive response regulator for pho regulon  46.96 
 
 		 256 aa  211  7e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6809  two component transcriptional regulator  48.73 
 
 		 277 aa  211  7e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.867301 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5785  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 239 aa  211  7e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1374  two component transcriptional regulator  48.07 
 
 		 238 aa  211  1e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0307  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.49 
 
 		 242 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0295  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.49 
 
 		 242 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.98 
 
 		 242 aa  210  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3071  two component transcriptional regulator  50.88 
 
 		 238 aa  209  3e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000985444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1173  two component transcriptional regulator  48.32 
 
 		 266 aa  208  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.761417  normal  0.802826 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1007  two component transcriptional regulator  47.6 
 
 		 233 aa  207  9e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0543  two component transcriptional regulator  46.32 
 
 		 241 aa  205  6e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.11 
 
 		 233 aa  204  7e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  43.69 
 
 		 223 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  43.69 
 
 		 223 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  43.69 
 
 		 223 aa  198  5e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0470  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.92 
 
 		 239 aa  198  5e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0260801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  43.69 
 
 		 223 aa  198  6e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  43.24 
 
 		 223 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  43.24 
 
 		 223 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  43.24 
 
 		 223 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  43.24 
 
 		 223 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0827  two component transcriptional regulator  48.43 
 
 		 256 aa  196  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00211389  normal  0.244563 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  44.69 
 
 		 230 aa  195  4.0000000000000005e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  43.24 
 
 		 223 aa  195  6e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0940  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.35 
 
 		 237 aa  194  1e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324642  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0651  DNA-binding response regulator  44.21 
 
 		 260 aa  193  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.53482  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.3 
 
 		 230 aa  193  2e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1924  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.11 
 
 		 225 aa  192  6e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1215  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 223 aa  190  2e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1954  two component transcriptional regulator  42.48 
 
 		 229 aa  188  5.999999999999999e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000155813  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  47.09 
 
 		 227 aa  187  9e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1021  two component transcriptional regulator  42.34 
 
 		 223 aa  187  1e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  41.85 
 
 		 229 aa  186  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 227 aa  186  3e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0615  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 228 aa  185  7e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0841359  normal  0.719107 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4156  two component transcriptional regulator  46.05 
 
 		 232 aa  184  8e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000307056  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 235 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  45.54 
 
 		 231 aa  183  2.0000000000000003e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6310  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 261 aa  182  4.0000000000000006e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.534044  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4663  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1728  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.13 
 
 		 233 aa  182  5.0000000000000004e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.91 
 
 		 236 aa  181  8.000000000000001e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4043  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.2 
 
 		 225 aa  181  1e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.728877  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2496  response regulator receiver  44.44 
 
 		 225 aa  181  1e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.491467  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  42.42 
 
 		 235 aa  181  1e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  42.42 
 
 		 235 aa  180  1e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  42.42 
 
 		 235 aa  180  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  42.42 
 
 		 235 aa  180  2e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  42.42 
 
 		 235 aa  180  2e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  42.42 
 
 		 235 aa  180  2e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  42.42 
 
 		 235 aa  180  2e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3085  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.67 
 
 		 232 aa  180  2e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000315463  hitchhiker  0.000599707 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  42.42 
 
 		 235 aa  180  2e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2219  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.79 
 
 		 240 aa  180  2e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  42.42 
 
 		 235 aa  180  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.78 
 
 		 235 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  41.99 
 
 		 235 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  43.35 
 
 		 240 aa  179  4e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1441  two component transcriptional regulator  44.69 
 
 		 247 aa  179  4e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167327  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  43.48 
 
 		 236 aa  178  5.999999999999999e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.05 
 
 		 237 aa  178  5.999999999999999e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.75 
 
 		 224 aa  178  5.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4285  two component transcriptional regulator, winged helix family  44 
 
 		 238 aa  178  7e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.83647  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 230 aa  178  7e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  44.05 
 
 		 232 aa  178  7e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3411  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.21 
 
 		 224 aa  178  8e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.591115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2490  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.91 
 
 		 244 aa  178  9e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.247926  normal  0.141914 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1397  two component transcriptional regulator  41.28 
 
 		 261 aa  177  9e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0231814  hitchhiker  0.000111966 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  45.58 
 
 		 232 aa  177  1e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  42.73 
 
 		 231 aa  177  1e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0585  DNA-binding response regulator  41.96 
 
 		 230 aa  177  1e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00125793  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0258  response regulator  39.04 
 
 		 237 aa  176  2e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1200  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 238 aa  177  2e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 228 aa  177  2e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.19 
 
 		 223 aa  176  3e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  42.29 
 
 		 231 aa  176  4e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1580  response regulator receiver  42.54 
 
 		 241 aa  175  5e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.04 
 
 		 226 aa  175  5e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.944339  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1549  two component transcriptional regulator  42.54 
 
 		 241 aa  175  5e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0132  response regulator receiver protein  44.69 
 
 		 231 aa  175  7e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  43.95 
 
 		 229 aa  175  7e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0761  two component transcriptional regulator  43.56 
 
 		 229 aa  175  7e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2643  two component transcriptional regulator  41.78 
 
 		 236 aa  174  8e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>