More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1288 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 228 aa  464  9.999999999999999e-131  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1892  two component transcriptional regulator, winged helix family  76.32 
 
 		 228 aa  379  1e-104  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000392  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  67.12 
 
 		 223 aa  329  3e-89  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0154  two component transcriptional regulator  59.92 
 
 		 238 aa  305  4.0000000000000004e-82  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.644268  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  61.23 
 
 		 227 aa  299  2e-80  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2497  DNA-binding response regulator  62.78 
 
 		 228 aa  290  1e-77  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2811  DNA-binding response regulator  62.78 
 
 		 228 aa  289  2e-77  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.56 
 
 		 236 aa  269  2e-71  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0940  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.47 
 
 		 237 aa  259  3e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324642  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  56.5 
 
 		 227 aa  259  3e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.74 
 
 		 237 aa  258  4e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  53.74 
 
 		 230 aa  258  7e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.3 
 
 		 230 aa  257  1e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0170  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.1 
 
 		 232 aa  254  8e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1756  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.44 
 
 		 230 aa  250  1e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.769657  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1658  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.21 
 
 		 230 aa  248  4e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.515101  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2286  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.42 
 
 		 231 aa  243  9.999999999999999e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188753  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3429  two component transcriptional regulator  48.89 
 
 		 233 aa  243  1.9999999999999999e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0608192  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0827  two component transcriptional regulator  51.57 
 
 		 256 aa  241  7.999999999999999e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00211389  normal  0.244563 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 		 224 aa  240  1e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 		 235 aa  239  4e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1728  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 233 aa  236  2e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  50.88 
 
 		 232 aa  236  3e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1220  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 233 aa  229  2e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00991602 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1673  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.97 
 
 		 233 aa  230  2e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  51.3 
 
 		 239 aa  227  1e-58  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  51.3 
 
 		 239 aa  227  1e-58  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  46.7 
 
 		 229 aa  227  1e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1200  two component transcriptional regulator  48.52 
 
 		 238 aa  226  3e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  47.56 
 
 		 223 aa  224  7e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2219  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.29 
 
 		 240 aa  224  1e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1399  two component transcriptional regulator  46.84 
 
 		 238 aa  223  1e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.129694  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  47.56 
 
 		 223 aa  223  2e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  47.56 
 
 		 223 aa  223  3e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  47.56 
 
 		 223 aa  223  3e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4043  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.1 
 
 		 225 aa  222  4.9999999999999996e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.728877  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  48.72 
 
 		 239 aa  221  6e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0444  DNA-binding response regulator  49.11 
 
 		 233 aa  221  6e-57  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  47.3 
 
 		 229 aa  221  7e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1601  DNA-binding response regulator ResD  45.99 
 
 		 250 aa  221  8e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.953648  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1569  DNA-binding response regulator ResD  45.99 
 
 		 250 aa  221  8e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45334e-32 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  46.67 
 
 		 223 aa  221  8e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1637  DNA-binding response regulator ResD  45.99 
 
 		 250 aa  221  8e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0246031  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  46.67 
 
 		 223 aa  221  8e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  48.21 
 
 		 235 aa  221  9e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1386  DNA-binding response regulator ResD  45.99 
 
 		 238 aa  220  9.999999999999999e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  46.22 
 
 		 223 aa  220  9.999999999999999e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1359  response regulator  45.99 
 
 		 238 aa  220  9.999999999999999e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0319788  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1358  response regulator  45.99 
 
 		 238 aa  220  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3814  DNA-binding response regulator ResD  45.99 
 
 		 238 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.95849e-16 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2496  response regulator receiver  48.2 
 
 		 225 aa  220  9.999999999999999e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.491467  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1497  DNA-binding response regulator ResD  45.99 
 
 		 238 aa  220  9.999999999999999e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.862661  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.29 
 
 		 229 aa  220  9.999999999999999e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1531  DNA-binding response regulator ResD  45.99 
 
 		 238 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1215  two component transcriptional regulator  47.11 
 
 		 223 aa  220  9.999999999999999e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  48.21 
 
 		 235 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  46.67 
 
 		 223 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  48 
 
 		 231 aa  219  1.9999999999999999e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  48.88 
 
 		 235 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  48.21 
 
 		 235 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2062  DNA-binding response regulator  48.2 
 
 		 225 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000169038  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3366  DNA-binding response regulator  48.2 
 
 		 225 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.166078  hitchhiker  0.00000000000000126215 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3518  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 234 aa  219  1.9999999999999999e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  46.67 
 
 		 223 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  46.43 
 
 		 231 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  48.21 
 
 		 235 aa  219  3e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  48.21 
 
 		 235 aa  219  3e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  48.21 
 
 		 235 aa  219  3e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  48.21 
 
 		 235 aa  219  3e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1962  DNA-binding response regulator  47.75 
 
 		 225 aa  219  3e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.597164  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  48.21 
 
 		 235 aa  219  3e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  48.21 
 
 		 235 aa  219  3e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  48.21 
 
 		 235 aa  219  3e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1116  DNA-binding response regulator  49.78 
 
 		 235 aa  219  3e-56  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.310768  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2041  DNA-binding response regulator  48.2 
 
 		 225 aa  218  5e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0972255  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.53 
 
 		 231 aa  218  5e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  48.92 
 
 		 239 aa  218  7.999999999999999e-56  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3085  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.47 
 
 		 232 aa  218  7.999999999999999e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000315463  hitchhiker  0.000599707 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.65 
 
 		 232 aa  218  7.999999999999999e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  45.98 
 
 		 231 aa  217  1e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2514  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.55 
 
 		 226 aa  216  2e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.24701  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1790  response regulator  47.51 
 
 		 254 aa  216  2e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0306127  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1772  response regulator  47.51 
 
 		 254 aa  217  2e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1549  two component transcriptional regulator  47.03 
 
 		 241 aa  216  2e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1580  response regulator receiver  47.03 
 
 		 241 aa  216  2e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1991  DNA-binding response regulator  47.51 
 
 		 254 aa  216  2e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.9362699999999994e-45 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1055  DNA-binding response regulator SrrA  45.76 
 
 		 241 aa  216  2.9999999999999998e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1021  two component transcriptional regulator  48.44 
 
 		 223 aa  215  4e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2216  two component transcriptional regulator  47.98 
 
 		 224 aa  215  4e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1824  two component transcriptional regulator  46.85 
 
 		 225 aa  214  5.9999999999999996e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.529032  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2001  DNA-binding response regulator  47.3 
 
 		 225 aa  214  7e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09290  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  45.58 
 
 		 229 aa  214  9e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4198  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.32 
 
 		 226 aa  213  9.999999999999999e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1955  DNA-binding response regulator  47.06 
 
 		 228 aa  213  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2180  DNA-binding response regulator  48.23 
 
 		 223 aa  213  9.999999999999999e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0299585  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2977  two component transcriptional regulator  47.3 
 
 		 223 aa  213  9.999999999999999e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0131031  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3028  DNA-binding response regulator  47.3 
 
 		 225 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  46.43 
 
 		 230 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3261  DNA-binding response regulator  47.3 
 
 		 225 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3279  DNA-binding response regulator  47.3 
 
 		 225 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>