More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2988 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 
242 aa  483  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0307  two component transcriptional regulator, winged helix family  87.19 
 
 
242 aa  432  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0295  two component transcriptional regulator, winged helix family  87.19 
 
 
242 aa  432  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0543  two component transcriptional regulator  86.25 
 
 
241 aa  426  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5550  two component transcriptional regulator  80.6 
 
 
239 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5358  two component transcriptional regulator  79.74 
 
 
272 aa  380  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.296948 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6809  two component transcriptional regulator  79.15 
 
 
277 aa  380  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.867301 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1561  two component transcriptional regulator  78.72 
 
 
239 aa  380  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.932075  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6757  two component transcriptional regulator  78.72 
 
 
239 aa  380  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.250889  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5785  two component transcriptional regulator  80.6 
 
 
239 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3071  two component transcriptional regulator  78.48 
 
 
238 aa  382  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000985444  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6268  two component transcriptional regulator  78.72 
 
 
239 aa  380  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.350192  normal  0.482642 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5426  two component transcriptional regulator  76.86 
 
 
251 aa  377  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4496  two component transcriptional regulator, winged helix family  76.45 
 
 
245 aa  379  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0815  two component transcriptional regulator  73.79 
 
 
248 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.348891 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1508  two component transcriptional regulator  74.57 
 
 
237 aa  373  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1173  two component transcriptional regulator  73.98 
 
 
266 aa  365  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.761417  normal  0.802826 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0470  two component transcriptional regulator, winged helix family  74.15 
 
 
239 aa  360  1e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0260801  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1374  two component transcriptional regulator  64.22 
 
 
238 aa  306  2.0000000000000002e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1007  two component transcriptional regulator  55.46 
 
 
233 aa  254  7e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3703  two component transcriptional regulator  50.44 
 
 
232 aa  235  6e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.230236  normal  0.0884672 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0218  two component transcriptional regulator  47.86 
 
 
239 aa  226  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.33 
 
 
237 aa  221  9e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.53 
 
 
233 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  45.92 
 
 
239 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  45.92 
 
 
239 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4663  two component transcriptional regulator  48.93 
 
 
232 aa  213  1.9999999999999998e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0651  DNA-binding response regulator  44.54 
 
 
260 aa  211  5.999999999999999e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.53482  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3419  two component transcriptional regulator  46.98 
 
 
242 aa  210  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0485  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  44.54 
 
 
244 aa  209  4e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.773776  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  42.19 
 
 
239 aa  209  5e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.83 
 
 
230 aa  206  2e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1490  two component transcriptional regulator  44.49 
 
 
239 aa  207  2e-52  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0940  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.46 
 
 
237 aa  205  5e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324642  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.54 
 
 
230 aa  204  1e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0978  two component transcriptional regulator  48.68 
 
 
321 aa  203  2e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.323902  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  44.98 
 
 
230 aa  202  4e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  44.25 
 
 
232 aa  200  9.999999999999999e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1090  two component transcriptional regulator  48.5 
 
 
230 aa  201  9.999999999999999e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0839689 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0289  two component transcriptional regulator  45.61 
 
 
243 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.563834 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0875  two component transcriptional regulator  44.02 
 
 
242 aa  200  1.9999999999999998e-50  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000486966  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.11 
 
 
239 aa  199  3e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0258  response regulator  42.73 
 
 
237 aa  198  5e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1728  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.52 
 
 
233 aa  198  6e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  45.13 
 
 
229 aa  198  7.999999999999999e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0264  two component transcriptional regulator  43.17 
 
 
238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.392693  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0721  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.98 
 
 
233 aa  197  1.0000000000000001e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.811558  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.75 
 
 
233 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1197  response regulator receiver  46.75 
 
 
230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_143  DNA-binding response regulator, two-component system, OmpR family  45.37 
 
 
256 aa  196  2.0000000000000003e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0827  two component transcriptional regulator  50.44 
 
 
256 aa  197  2.0000000000000003e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00211389  normal  0.244563 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0255  DNA-binding response regulator  42.29 
 
 
237 aa  196  3e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1673  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.78 
 
 
233 aa  196  3e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20650  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  46.52 
 
 
231 aa  196  3e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0260682  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0317  DNA-binding response regulator  42.29 
 
 
237 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0273  DNA-binding response regulator  42.29 
 
 
237 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.484752  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.97 
 
 
223 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0287  DNA-binding response regulator  42.29 
 
 
237 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.42222  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1954  two component transcriptional regulator  41.15 
 
 
229 aa  195  6e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000155813  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  47.39 
 
 
230 aa  195  6e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_002936  DET0135  DNA-binding response regulator  46.02 
 
 
230 aa  194  7e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  47.81 
 
 
231 aa  195  7e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0669  two component transcriptional regulator  45.26 
 
 
253 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.193178 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6310  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.93 
 
 
261 aa  194  1e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.534044  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1256  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  41.13 
 
 
236 aa  193  2e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.577358  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.72 
 
 
229 aa  193  2e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0019  two component transcriptional regulator  44.78 
 
 
235 aa  193  2e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.11 
 
 
234 aa  193  2e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1394  two component transcriptional regulator  44.3 
 
 
236 aa  193  2e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000024965  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0303  DNA-binding response regulator  41.59 
 
 
233 aa  192  3e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0610099  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3069  two component transcriptional regulator  42.54 
 
 
230 aa  193  3e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000467461  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4283  response regulator  39.11 
 
 
230 aa  192  3e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0266  two component transcriptional regulator  42.29 
 
 
237 aa  192  3e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.262207  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2193  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.04 
 
 
237 aa  192  4e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0620475  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04710  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.32 
 
 
237 aa  192  4e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4285  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.18 
 
 
238 aa  192  4e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.83647  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3278  two component transcriptional regulator  44.83 
 
 
253 aa  192  4e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0104368 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0294  DNA-binding response regulator  40.71 
 
 
233 aa  192  5e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5021  DNA-binding response regulator  41.15 
 
 
233 aa  192  5e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0330449  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  44.69 
 
 
229 aa  192  5e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4043  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.61 
 
 
225 aa  192  6e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.728877  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0235  two component transcriptional regulator  44.69 
 
 
230 aa  191  7e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.98 
 
 
235 aa  191  7e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2918  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.48 
 
 
232 aa  191  8e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  43.86 
 
 
235 aa  191  8e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0322  DNA-binding response regulator  41.15 
 
 
233 aa  191  8e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000418869  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1892  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.13 
 
 
228 aa  191  9e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000392  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  43.86 
 
 
235 aa  191  9e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0256  DNA-binding response regulator  41.15 
 
 
233 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0132  response regulator receiver protein  46.35 
 
 
231 aa  191  1e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0242  response regulator  41.15 
 
 
233 aa  191  1e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0245  response regulator  41.15 
 
 
233 aa  191  1e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2496  response regulator receiver  46.22 
 
 
225 aa  191  1e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.491467  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0271  DNA-binding response regulator  41.15 
 
 
233 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.439326  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.98 
 
 
236 aa  191  1e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0296  DNA-binding response regulator  41.15 
 
 
233 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3233  two component transcriptional regulator  38.16 
 
 
230 aa  190  1e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0249  two component transcriptional regulator  41.59 
 
 
233 aa  191  1e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0382139  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0316  DNA-binding response regulator  40.09 
 
 
237 aa  191  1e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1441  two component transcriptional regulator  45.92 
 
 
247 aa  191  1e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167327  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>