More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0485 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0485  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  100 
 
 		 244 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.773776  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0289  two component transcriptional regulator  71.43 
 
 		 243 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.563834 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3419  two component transcriptional regulator  66.81 
 
 		 242 aa  318  5e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0669  two component transcriptional regulator  61.04 
 
 		 253 aa  317  7.999999999999999e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.193178 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3278  two component transcriptional regulator  61.04 
 
 		 253 aa  316  2e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0104368 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3703  two component transcriptional regulator  52.63 
 
 		 232 aa  236  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.230236  normal  0.0884672 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5358  two component transcriptional regulator  46.12 
 
 		 272 aa  216  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.296948 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0815  two component transcriptional regulator  46.32 
 
 		 248 aa  216  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.348891 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5550  two component transcriptional regulator  45.69 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4496  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.89 
 
 		 245 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1374  two component transcriptional regulator  45.18 
 
 		 238 aa  213  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5785  two component transcriptional regulator  45.26 
 
 		 239 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1508  two component transcriptional regulator  45.85 
 
 		 237 aa  212  3.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1561  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 239 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.932075  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6268  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 239 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.350192  normal  0.482642 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6757  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 239 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.250889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04992  positive response regulator for pho regulon  48.05 
 
 		 256 aa  211  7e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6809  two component transcriptional regulator  45.02 
 
 		 277 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.867301 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0218  two component transcriptional regulator  47.66 
 
 		 239 aa  209  3e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.54 
 
 		 242 aa  209  4e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5426  two component transcriptional regulator  45.61 
 
 		 251 aa  209  5e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001205  DNA-binding response regulator  46.75 
 
 		 243 aa  207  9e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1007  two component transcriptional regulator  45.65 
 
 		 233 aa  207  1e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0543  two component transcriptional regulator  44.3 
 
 		 241 aa  204  8e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1173  two component transcriptional regulator  43.83 
 
 		 266 aa  204  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.761417  normal  0.802826 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0470  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.72 
 
 		 239 aa  203  2e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0260801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0295  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.3 
 
 		 242 aa  202  4e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0307  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.3 
 
 		 242 aa  202  4e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0827  two component transcriptional regulator  43.83 
 
 		 256 aa  202  6e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00211389  normal  0.244563 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.54 
 
 		 233 aa  199  3e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3071  two component transcriptional regulator  44.98 
 
 		 238 aa  196  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000985444  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1924  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.8 
 
 		 225 aa  196  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  43.69 
 
 		 223 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  43.69 
 
 		 223 aa  195  7e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  43.69 
 
 		 223 aa  195  7e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  43.69 
 
 		 223 aa  194  9e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  43.69 
 
 		 223 aa  194  9e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  43.69 
 
 		 223 aa  194  9e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  43.24 
 
 		 223 aa  194  1e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1021  two component transcriptional regulator  43.89 
 
 		 223 aa  194  2e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1215  two component transcriptional regulator  43.69 
 
 		 223 aa  192  3e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  42.79 
 
 		 223 aa  192  6e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  42.79 
 
 		 223 aa  192  6e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0651  DNA-binding response regulator  44.96 
 
 		 260 aa  190  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.53482  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  43.91 
 
 		 229 aa  190  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.36 
 
 		 224 aa  189  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.64 
 
 		 237 aa  188  5.999999999999999e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 230 aa  187  9e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0940  two component transcriptional regulator, winged helix family  44 
 
 		 237 aa  187  2e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324642  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1441  two component transcriptional regulator  42.37 
 
 		 247 aa  186  2e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167327  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0615  two component transcriptional regulator  46.36 
 
 		 228 aa  185  5e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0841359  normal  0.719107 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.67 
 
 		 230 aa  185  7e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1728  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.25 
 
 		 233 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  45.13 
 
 		 230 aa  183  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0630  two component transcriptional regulator  40.97 
 
 		 232 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1954  two component transcriptional regulator  41.59 
 
 		 229 aa  182  6e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000155813  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4663  two component transcriptional regulator  41.3 
 
 		 232 aa  181  7e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3411  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.45 
 
 		 224 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.591115  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0389  winged helix family two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 224 aa  180  2e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.667669  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1220  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.05 
 
 		 233 aa  179  2.9999999999999997e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00991602 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  43.05 
 
 		 227 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4261  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.89 
 
 		 224 aa  178  7e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.906422  normal  0.0109867 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  43.23 
 
 		 231 aa  178  7e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  43.23 
 
 		 231 aa  178  8e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0416  two component transcriptional regulator  42.13 
 
 		 239 aa  177  1e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00027457  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4222  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.89 
 
 		 224 aa  177  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1256  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  41.81 
 
 		 236 aa  177  2e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.577358  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1445  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.18 
 
 		 225 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0264  two component transcriptional regulator  39.65 
 
 		 238 aa  176  2e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.392693  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2941  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  39.11 
 
 		 652 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  41.99 
 
 		 235 aa  176  2e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1416  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.18 
 
 		 225 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1200  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 238 aa  176  3e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5511  two component transcriptional regulator  40.43 
 
 		 236 aa  176  4e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.567595 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1549  two component transcriptional regulator  42.54 
 
 		 241 aa  176  4e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1580  response regulator receiver  42.54 
 
 		 241 aa  176  4e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4285  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.68 
 
 		 238 aa  175  5e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.83647  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  41.81 
 
 		 236 aa  175  7e-43  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2507  winged helix family two component transcriptional regulator  41.59 
 
 		 233 aa  175  7e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0316  DNA-binding response regulator  39.04 
 
 		 237 aa  175  7e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_11471  two-component response regulator, phosphate  38.79 
 
 		 245 aa  175  7e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0202491 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  43.05 
 
 		 227 aa  175  8e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4156  two component transcriptional regulator  41.23 
 
 		 232 aa  174  8e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000307056  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3085  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.41 
 
 		 232 aa  174  9e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000315463  hitchhiker  0.000599707 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1892  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.89 
 
 		 228 aa  174  9e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000392  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 235 aa  174  9e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1055  DNA-binding response regulator SrrA  42.36 
 
 		 241 aa  174  9.999999999999999e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  42.17 
 
 		 240 aa  174  9.999999999999999e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.85 
 
 		 236 aa  174  9.999999999999999e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 232 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  41.81 
 
 		 234 aa  173  1.9999999999999998e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.59 
 
 		 231 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0467  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.15 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  41.56 
 
 		 235 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0436  two component transcriptional regulator  38.36 
 
 		 245 aa  173  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.18923  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3814  DNA-binding response regulator ResD  42.17 
 
 		 238 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.95849e-16 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1399  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 		 238 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.129694  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1531  DNA-binding response regulator ResD  42.17 
 
 		 238 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  41.56 
 
 		 235 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  41.81 
 
 		 234 aa  173  1.9999999999999998e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>