More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3278 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3278  two component transcriptional regulator  100 
 
 
253 aa  518  1e-146  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0104368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0669  two component transcriptional regulator  98.81 
 
 
253 aa  511  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.193178 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0485  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  61.04 
 
 
244 aa  316  2e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.773776  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0289  two component transcriptional regulator  64.19 
 
 
243 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.563834 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3419  two component transcriptional regulator  64.16 
 
 
242 aa  295  5e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3703  two component transcriptional regulator  50.66 
 
 
232 aa  218  1e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.230236  normal  0.0884672 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0218  two component transcriptional regulator  47.84 
 
 
239 aa  208  6e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0815  two component transcriptional regulator  46.25 
 
 
248 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.348891 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1508  two component transcriptional regulator  46.12 
 
 
237 aa  206  3e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4496  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.83 
 
 
245 aa  205  6e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5358  two component transcriptional regulator  43.82 
 
 
272 aa  203  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.296948 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04992  positive response regulator for pho regulon  48.68 
 
 
256 aa  203  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1374  two component transcriptional regulator  45.38 
 
 
238 aa  202  4e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1007  two component transcriptional regulator  48.9 
 
 
233 aa  201  7e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0543  two component transcriptional regulator  45.19 
 
 
241 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6809  two component transcriptional regulator  44.63 
 
 
277 aa  199  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.867301 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5785  two component transcriptional regulator  44.77 
 
 
239 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6757  two component transcriptional regulator  45.19 
 
 
239 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.250889  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1561  two component transcriptional regulator  45.19 
 
 
239 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.932075  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6268  two component transcriptional regulator  45.19 
 
 
239 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.350192  normal  0.482642 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5550  two component transcriptional regulator  44.73 
 
 
239 aa  198  6e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1173  two component transcriptional regulator  45.63 
 
 
266 aa  198  7e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.761417  normal  0.802826 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0307  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.21 
 
 
242 aa  198  9e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0295  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.21 
 
 
242 aa  198  9e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001205  DNA-binding response regulator  47.6 
 
 
243 aa  196  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.79 
 
 
233 aa  195  7e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0470  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.11 
 
 
239 aa  194  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0260801  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5426  two component transcriptional regulator  44.16 
 
 
251 aa  192  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.83 
 
 
242 aa  192  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  43.86 
 
 
229 aa  191  1e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3071  two component transcriptional regulator  44.4 
 
 
238 aa  187  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000985444  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0827  two component transcriptional regulator  46.05 
 
 
256 aa  186  2e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00211389  normal  0.244563 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.74 
 
 
236 aa  185  6e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1954  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 
229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000155813  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0940  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.02 
 
 
237 aa  182  3e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324642  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  48.68 
 
 
230 aa  183  3e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  43.23 
 
 
230 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  45.98 
 
 
231 aa  181  1e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  46.22 
 
 
227 aa  181  1e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.22 
 
 
237 aa  180  2e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1580  response regulator receiver  42.06 
 
 
241 aa  180  2e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1549  two component transcriptional regulator  42.06 
 
 
241 aa  180  2e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1220  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.04 
 
 
233 aa  179  4e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00991602 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.74 
 
 
236 aa  179  4.999999999999999e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1924  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.15 
 
 
225 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.61 
 
 
231 aa  178  5.999999999999999e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0264  two component transcriptional regulator  39.74 
 
 
238 aa  178  9e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.392693  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1441  two component transcriptional regulator  45.18 
 
 
247 aa  178  9e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167327  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1416  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.15 
 
 
225 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1445  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.15 
 
 
225 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  41.96 
 
 
223 aa  177  2e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  41.96 
 
 
223 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  41.48 
 
 
240 aa  176  3e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0651  DNA-binding response regulator  42.37 
 
 
260 aa  176  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.53482  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  41.52 
 
 
223 aa  176  3e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  41.96 
 
 
223 aa  176  3e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  41.3 
 
 
236 aa  176  3e-43  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.6 
 
 
230 aa  176  3e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1897  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.98 
 
 
229 aa  176  3e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  45.02 
 
 
232 aa  176  5e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  41.52 
 
 
223 aa  175  6e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  41.52 
 
 
223 aa  175  6e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20650  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  47.53 
 
 
231 aa  175  6e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0260682  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1215  two component transcriptional regulator  42.15 
 
 
223 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1055  DNA-binding response regulator SrrA  41.88 
 
 
241 aa  173  1.9999999999999998e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  41.07 
 
 
223 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1021  two component transcriptional regulator  41.52 
 
 
223 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  41.07 
 
 
223 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  41.52 
 
 
223 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0841  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.43 
 
 
223 aa  173  1.9999999999999998e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  41.23 
 
 
232 aa  173  1.9999999999999998e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1673  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.15 
 
 
233 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0707  two component transcriptional regulator  41.48 
 
 
227 aa  172  3.9999999999999995e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.598521  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0258  response regulator  39.3 
 
 
237 aa  172  5e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4663  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 
232 aa  172  5.999999999999999e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0615  two component transcriptional regulator  44.55 
 
 
228 aa  171  6.999999999999999e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0841359  normal  0.719107 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0867  transcriptional regulator PhoB  43.61 
 
 
229 aa  171  7.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.437737  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0435  transcriptional regulator PhoB  44.05 
 
 
229 aa  171  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.464381  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0454  transcriptional regulator PhoB  44.05 
 
 
229 aa  171  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0496  transcriptional regulator PhoB  44.05 
 
 
229 aa  171  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3473  DNA-binding response regulator  38.5 
 
 
232 aa  171  1e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000348992 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0441  transcriptional regulator PhoB  44.05 
 
 
229 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.244741  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0467  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.05 
 
 
230 aa  171  1e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0630  two component transcriptional regulator  39.04 
 
 
232 aa  171  1e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3411  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.29 
 
 
224 aa  170  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.591115  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2457  response regulator homolog PhoB (phosphate regulon transcriptional regulatory protein)  44.69 
 
 
230 aa  170  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0316  DNA-binding response regulator  37.99 
 
 
237 aa  170  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.62 
 
 
223 aa  170  2e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2083  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.2 
 
 
237 aa  170  2e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.873655  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1261  DNA-binding response regulator  44.21 
 
 
236 aa  170  2e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000139979  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0875  two component transcriptional regulator  40.85 
 
 
242 aa  170  2e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000486966  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.69 
 
 
224 aa  170  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2689  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  44.49 
 
 
229 aa  169  3e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000627834  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4156  two component transcriptional regulator  44.05 
 
 
232 aa  169  3e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000307056  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4043  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.75 
 
 
225 aa  169  3e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.728877  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0098  two component transcriptional regulator  45.81 
 
 
229 aa  169  3e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.761303  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  39.21 
 
 
240 aa  169  3e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1956  DNA-binding response regulator  37.61 
 
 
232 aa  169  4e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.387323  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 
227 aa  169  4e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  41.07 
 
 
227 aa  169  4e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0239565 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>