More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1954 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1954  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 229 aa  467  1.0000000000000001e-131  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000155813  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0439  two component transcriptional regulator  52.65 
 
 		 225 aa  261  4.999999999999999e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000223011  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.39 
 
 		 230 aa  247  9e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  51.74 
 
 		 235 aa  241  7.999999999999999e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.52 
 
 		 236 aa  240  1e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  51.3 
 
 		 235 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  52.19 
 
 		 232 aa  239  2.9999999999999997e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  51.3 
 
 		 235 aa  239  4e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  51.3 
 
 		 235 aa  239  4e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  51.3 
 
 		 235 aa  239  4e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  51.3 
 
 		 235 aa  239  4e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  51.3 
 
 		 235 aa  239  4e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  51.3 
 
 		 235 aa  239  4e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  51.3 
 
 		 235 aa  239  4e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3538  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.72 
 
 		 237 aa  238  4e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  51.3 
 
 		 235 aa  239  4e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  51.3 
 
 		 235 aa  238  5e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0019  two component transcriptional regulator  51.95 
 
 		 235 aa  235  4e-61  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 		 230 aa  234  8e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  52.38 
 
 		 239 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0064  DNA-binding response regulator  51.52 
 
 		 235 aa  233  2.0000000000000002e-60  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.611294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  52.38 
 
 		 239 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2922  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.66 
 
 		 230 aa  231  5e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.221617  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0444  DNA-binding response regulator  49.78 
 
 		 233 aa  230  1e-59  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 229 aa  227  1e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0804  two component transcriptional regulator  47.56 
 
 		 236 aa  224  6e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.324741  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2534  DNA-binding response regulator YycF  47.62 
 
 		 233 aa  223  2e-57  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  50 
 
 		 239 aa  223  2e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0719  DNA-binding response regulator  49.58 
 
 		 236 aa  222  3e-57  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0951718  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0018  response regulator receiver  47.62 
 
 		 233 aa  222  4e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4565  DNA-binding response regulator  46.9 
 
 		 233 aa  222  4e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0018  two component transcriptional regulator  47.62 
 
 		 233 aa  222  4e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.70243  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.1 
 
 		 237 aa  222  4e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4400  DNA-binding response regulator  46.46 
 
 		 233 aa  221  4.9999999999999996e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4417  DNA-binding response regulator  46.46 
 
 		 233 aa  221  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4920  DNA-binding response regulator  46.9 
 
 		 229 aa  222  4.9999999999999996e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1728  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.23 
 
 		 233 aa  221  7e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4803  DNA-binding response regulator  46.46 
 
 		 229 aa  221  7e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  51.08 
 
 		 239 aa  220  9.999999999999999e-57  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4786  DNA-binding response regulator  46.46 
 
 		 229 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0458  DNA-binding response regulator  46.02 
 
 		 229 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396749 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1116  DNA-binding response regulator  49.79 
 
 		 235 aa  219  3e-56  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.310768  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2193  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.34 
 
 		 237 aa  218  5e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0620475  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0997  two component transcriptional regulator  46.43 
 
 		 230 aa  217  1e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.679101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4781  DNA-binding response regulator  46.02 
 
 		 229 aa  217  1e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  46.02 
 
 		 226 aa  217  1e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.88 
 
 		 236 aa  217  1e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000182155 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3703  two component transcriptional regulator  46.55 
 
 		 232 aa  216  2.9999999999999998e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.230236  normal  0.0884672 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2504  DNA-binding response regulator  48.23 
 
 		 227 aa  216  2.9999999999999998e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0132  response regulator receiver protein  45.18 
 
 		 231 aa  215  5e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  47.37 
 
 		 231 aa  215  5e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.84 
 
 		 230 aa  214  7e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  46.7 
 
 		 228 aa  214  7e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2210  DNA-binding response regulator  47.79 
 
 		 227 aa  214  7e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1950  DNA-binding response regulator  49.57 
 
 		 235 aa  214  7e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.100456  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0539  DNA-binding response regulator PhoP  47.83 
 
 		 239 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000130788 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4699  DNA-binding response regulator PhoP  47.83 
 
 		 239 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4720  DNA-binding response regulator PhoP  47.39 
 
 		 239 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4484  DNA-binding response regulator PhoP  47.39 
 
 		 239 aa  212  2.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4319  alkaline phosphatase synthesis response regulator  47.39 
 
 		 239 aa  212  2.9999999999999995e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4714  DNA-binding response regulator PhoP  47.39 
 
 		 239 aa  212  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4330  alkaline phosphatase synthesis response regulator  47.39 
 
 		 239 aa  212  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 234 aa  212  2.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04710  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.37 
 
 		 237 aa  213  2.9999999999999995e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4833  DNA-binding response regulator PhoP  47.39 
 
 		 239 aa  212  2.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0982965  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4704  DNA-binding response regulator PhoP  47.39 
 
 		 239 aa  212  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000673192 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.78 
 
 		 223 aa  213  2.9999999999999995e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3818  two component transcriptional regulator  45.54 
 
 		 230 aa  212  3.9999999999999995e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386967  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  47.83 
 
 		 239 aa  212  3.9999999999999995e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1916  two component transcriptional regulator  47.16 
 
 		 228 aa  212  3.9999999999999995e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.400732  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0093  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.32 
 
 		 232 aa  212  4.9999999999999996e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.19 
 
 		 233 aa  212  4.9999999999999996e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.35 
 
 		 235 aa  211  4.9999999999999996e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1549  two component transcriptional regulator  45.69 
 
 		 241 aa  211  7e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1580  response regulator receiver  45.69 
 
 		 241 aa  211  7e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  48.91 
 
 		 231 aa  211  9e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 229 aa  210  1e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1490  two component transcriptional regulator  47.86 
 
 		 239 aa  210  1e-53  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2286  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.19 
 
 		 231 aa  211  1e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188753  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0218  two component transcriptional regulator  45.06 
 
 		 239 aa  211  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0105  DNA-binding response regulator  49.78 
 
 		 237 aa  210  1e-53  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1256  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  47.83 
 
 		 236 aa  210  2e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.577358  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.9 
 
 		 232 aa  210  2e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2625  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.18 
 
 		 237 aa  210  2e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000254862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  45.98 
 
 		 227 aa  209  2e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  48.91 
 
 		 231 aa  209  2e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2106  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.58 
 
 		 238 aa  210  2e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.74 
 
 		 237 aa  209  3e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3872  two component transcriptional regulator  46.46 
 
 		 229 aa  208  5e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0547348  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0264  two component transcriptional regulator  47.35 
 
 		 238 aa  208  5e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.392693  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0258  response regulator  45.13 
 
 		 237 aa  208  5e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2250  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.29 
 
 		 231 aa  208  6e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2219  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.72 
 
 		 240 aa  208  6e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1394  two component transcriptional regulator  45.49 
 
 		 236 aa  208  6e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000024965  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  46.46 
 
 		 234 aa  208  7e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  46.46 
 
 		 234 aa  208  7e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1055  DNA-binding response regulator SrrA  45.49 
 
 		 241 aa  207  8e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.37 
 
 		 231 aa  207  8e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2324  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.93 
 
 		 223 aa  207  8e-53  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.237639  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4663  two component transcriptional regulator  45.05 
 
 		 232 aa  207  8e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>