More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1394 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1394  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 236 aa  473  1e-132  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000024965  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2106  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.22 
 
 		 238 aa  318  5e-86  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1487  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.15 
 
 		 232 aa  254  7e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.487145  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1997  two component transcriptional regulator  59.03 
 
 		 234 aa  254  9e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000742772  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  50.42 
 
 		 239 aa  241  6e-63  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  52.54 
 
 		 231 aa  241  9e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  51.93 
 
 		 231 aa  240  1e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  52.56 
 
 		 239 aa  237  1e-61  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  52.56 
 
 		 239 aa  237  1e-61  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  50.88 
 
 		 231 aa  236  2e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 232 aa  235  4e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.66 
 
 		 236 aa  235  4e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000182155 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0875  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 242 aa  234  7e-61  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000486966  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0804  two component transcriptional regulator  48.07 
 
 		 236 aa  233  3e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.324741  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.26 
 
 		 230 aa  230  1e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  48.7 
 
 		 232 aa  230  2e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 		 239 aa  229  3e-59  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  47.79 
 
 		 229 aa  229  4e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1490  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 239 aa  228  5e-59  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3538  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.31 
 
 		 237 aa  228  5e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0019  two component transcriptional regulator  48.1 
 
 		 235 aa  228  5e-59  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0997  two component transcriptional regulator  46.72 
 
 		 230 aa  228  7e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.679101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3818  two component transcriptional regulator  46.29 
 
 		 230 aa  227  1e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386967  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.68 
 
 		 236 aa  227  2e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0984  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.72 
 
 		 246 aa  226  3e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0723779 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1600  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 		 224 aa  226  3e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000237714  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  45.54 
 
 		 226 aa  224  8e-58  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.41 
 
 		 235 aa  224  8e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  47.48 
 
 		 235 aa  224  1e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  49.35 
 
 		 234 aa  223  2e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  47.48 
 
 		 235 aa  223  2e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  49.35 
 
 		 234 aa  223  2e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4050  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.98 
 
 		 227 aa  223  2e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00552008  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  47.48 
 
 		 235 aa  223  3e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  47.48 
 
 		 235 aa  223  3e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  47.48 
 
 		 235 aa  223  3e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  47.48 
 
 		 235 aa  223  3e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  47.48 
 
 		 235 aa  223  3e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  47.48 
 
 		 235 aa  222  3e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  47.48 
 
 		 235 aa  223  3e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  47.48 
 
 		 235 aa  223  3e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0378  two component transcriptional regulator  44.78 
 
 		 234 aa  222  3e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  47.48 
 
 		 235 aa  222  3e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.09 
 
 		 226 aa  221  6e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2534  DNA-binding response regulator YycF  47.19 
 
 		 233 aa  221  8e-57  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0018  response regulator receiver  46.84 
 
 		 233 aa  221  8e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0018  two component transcriptional regulator  46.84 
 
 		 233 aa  221  8e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.70243  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0700  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.2 
 
 		 226 aa  220  9.999999999999999e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  43.86 
 
 		 229 aa  219  3e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0135  DNA-binding response regulator  45.49 
 
 		 230 aa  218  5e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.28 
 
 		 230 aa  218  5e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.21 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.37 
 
 		 231 aa  218  7.999999999999999e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  48.21 
 
 		 228 aa  216  2e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1256  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  49.15 
 
 		 236 aa  216  2.9999999999999998e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.577358  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.26 
 
 		 234 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21640  two component transcriptional regulator, winged helix family  48 
 
 		 226 aa  216  2.9999999999999998e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000176926  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6145  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 228 aa  214  7e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.788201 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.22 
 
 		 235 aa  214  8e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  46.86 
 
 		 239 aa  214  8e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4351  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 245 aa  213  1.9999999999999998e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2387  two component transcriptional regulator  47.83 
 
 		 229 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00115026  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_143  DNA-binding response regulator, two-component system, OmpR family  45.02 
 
 		 256 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0188  two component transcriptional regulator  44.35 
 
 		 245 aa  213  1.9999999999999998e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00347389  normal  0.0545477 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3274  two component transcriptional regulator  47.21 
 
 		 238 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.75 
 
 		 237 aa  212  3.9999999999999995e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  42.54 
 
 		 229 aa  211  7e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.64 
 
 		 233 aa  211  9e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  42.86 
 
 		 230 aa  211  1e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0064  DNA-binding response regulator  45.02 
 
 		 235 aa  211  1e-53  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.611294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0539  DNA-binding response regulator PhoP  45.61 
 
 		 239 aa  210  2e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000130788 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4322  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 231 aa  210  2e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2827  two component transcriptional regulator  44.1 
 
 		 230 aa  210  2e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09290  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  44.93 
 
 		 229 aa  210  2e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4699  DNA-binding response regulator PhoP  45.61 
 
 		 239 aa  210  2e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0235  two component transcriptional regulator  44.21 
 
 		 230 aa  209  2e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2922  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.88 
 
 		 230 aa  209  3e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.221617  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0724  two component transcriptional regulator  44.2 
 
 		 226 aa  209  3e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4720  DNA-binding response regulator PhoP  46.15 
 
 		 239 aa  208  5e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1950  DNA-binding response regulator  43.59 
 
 		 235 aa  208  6e-53  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.100456  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  45.65 
 
 		 227 aa  208  6e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1954  two component transcriptional regulator  45.49 
 
 		 229 aa  208  7e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000155813  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4484  DNA-binding response regulator PhoP  45.73 
 
 		 239 aa  207  8e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4319  alkaline phosphatase synthesis response regulator  45.73 
 
 		 239 aa  207  8e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4330  alkaline phosphatase synthesis response regulator  45.73 
 
 		 239 aa  207  8e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4833  DNA-binding response regulator PhoP  45.73 
 
 		 239 aa  207  8e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0982965  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4714  DNA-binding response regulator PhoP  45.73 
 
 		 239 aa  207  8e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4704  DNA-binding response regulator PhoP  45.73 
 
 		 239 aa  207  8e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000673192 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0444  DNA-binding response regulator  43.53 
 
 		 233 aa  207  9e-53  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0471  two component transcriptional regulator  43.3 
 
 		 226 aa  207  1e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.734397 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2782  two component transcriptional regulator  43.83 
 
 		 231 aa  207  1e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.92379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0850  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.75 
 
 		 226 aa  206  2e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0439  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 		 225 aa  206  2e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000223011  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0831  two component transcriptional regulator  41.15 
 
 		 228 aa  206  2e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.310785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1911  two component transcriptional regulator  44.83 
 
 		 229 aa  206  2e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.58 
 
 		 219 aa  206  3e-52  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000555295  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.21 
 
 		 236 aa  206  3e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0082  two component transcriptional regulator  41.15 
 
 		 228 aa  206  3e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1865  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.35 
 
 		 226 aa  205  5e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4046  response regulator receiver  41.96 
 
 		 225 aa  205  5e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>