More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1916 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1916  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 228 aa  460  1e-129  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.400732  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2625  two component transcriptional regulator, winged helix family  56 
 
 		 237 aa  270  1e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000254862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2210  DNA-binding response regulator  49.56 
 
 		 227 aa  243  9.999999999999999e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2504  DNA-binding response regulator  49.56 
 
 		 227 aa  243  1.9999999999999999e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2193  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.82 
 
 		 237 aa  239  2e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0620475  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0895  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.68 
 
 		 232 aa  239  2e-62  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2250  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 231 aa  233  2.0000000000000002e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1977  DNA-binding response regulator  47.79 
 
 		 229 aa  231  6e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.166768  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1789  alkaline phosphatase synthesis response regulator  47.32 
 
 		 229 aa  229  2e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.11323  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2641  two component transcriptional regulator  50.43 
 
 		 239 aa  229  3e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2010  DNA-binding response regulator  47.77 
 
 		 229 aa  228  5e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.93984e-43 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1832  DNA-binding response regulator  47.77 
 
 		 229 aa  228  5e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.372268  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1975  DNA-binding response regulator  47.77 
 
 		 229 aa  228  5e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0483655  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1806  alkaline phosphatase synthesis response regulator  47.32 
 
 		 229 aa  228  7e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000153503  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2059  DNA-binding response regulator  48.21 
 
 		 229 aa  226  2e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000985599  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5586  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 		 225 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  47.39 
 
 		 235 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1954  two component transcriptional regulator  47.16 
 
 		 229 aa  212  3.9999999999999995e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000155813  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  47.39 
 
 		 235 aa  211  5.999999999999999e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  47.39 
 
 		 235 aa  210  1e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  47.39 
 
 		 235 aa  210  1e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  47.39 
 
 		 235 aa  210  1e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  47.39 
 
 		 235 aa  210  1e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  47.39 
 
 		 235 aa  210  1e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  47.39 
 
 		 235 aa  210  1e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  47.39 
 
 		 235 aa  210  1e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  47.39 
 
 		 235 aa  210  1e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  48 
 
 		 236 aa  210  2e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000182155 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  47.39 
 
 		 235 aa  210  2e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3538  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.84 
 
 		 237 aa  209  4e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.33 
 
 		 234 aa  208  5e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  47.16 
 
 		 232 aa  207  8e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1997  two component transcriptional regulator  51.33 
 
 		 234 aa  206  2e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000742772  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  45.98 
 
 		 229 aa  206  2e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  47.62 
 
 		 232 aa  206  2e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.32 
 
 		 236 aa  206  3e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.02 
 
 		 235 aa  206  3e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.83 
 
 		 233 aa  204  9e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0088  two component transcriptional regulator  44.49 
 
 		 228 aa  204  9e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  45.09 
 
 		 226 aa  204  9e-52  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  44.49 
 
 		 229 aa  204  1e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0580  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.54 
 
 		 226 aa  203  2e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0439  two component transcriptional regulator  46.88 
 
 		 225 aa  202  3e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000223011  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0019  two component transcriptional regulator  45.73 
 
 		 235 aa  202  4e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 239 aa  200  9.999999999999999e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2534  DNA-binding response regulator YycF  44.02 
 
 		 233 aa  200  9.999999999999999e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 239 aa  200  9.999999999999999e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1897  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.58 
 
 		 229 aa  200  9.999999999999999e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.99 
 
 		 233 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0804  two component transcriptional regulator  45.33 
 
 		 236 aa  200  1.9999999999999998e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.324741  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1490  two component transcriptional regulator  45.18 
 
 		 239 aa  200  1.9999999999999998e-50  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0978  two component transcriptional regulator  44.74 
 
 		 321 aa  200  1.9999999999999998e-50  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.323902  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.4 
 
 		 223 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4046  response regulator receiver  43.95 
 
 		 225 aa  199  1.9999999999999998e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6749  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.29 
 
 		 226 aa  199  3e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290774  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.48 
 
 		 229 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4663  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 232 aa  199  3.9999999999999996e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0997  two component transcriptional regulator  44.2 
 
 		 230 aa  199  3.9999999999999996e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.679101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.52 
 
 		 230 aa  198  3.9999999999999996e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0018  two component transcriptional regulator  43.97 
 
 		 233 aa  198  5e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.70243  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0018  response regulator receiver  43.97 
 
 		 233 aa  198  5e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1665  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.78 
 
 		 232 aa  198  5e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  46.29 
 
 		 239 aa  198  6e-50  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4929  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.25 
 
 		 226 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1115  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.02 
 
 		 243 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0950226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4050  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.88 
 
 		 227 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00552008  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3818  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386967  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1256  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  43.23 
 
 		 236 aa  196  2.0000000000000003e-49  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.577358  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  44.39 
 
 		 229 aa  196  2.0000000000000003e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4565  DNA-binding response regulator  45.58 
 
 		 233 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4400  DNA-binding response regulator  45.58 
 
 		 233 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4417  DNA-binding response regulator  45.58 
 
 		 233 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4920  DNA-binding response regulator  45.58 
 
 		 229 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.02 
 
 		 232 aa  196  2.0000000000000003e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  42.98 
 
 		 241 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  42.98 
 
 		 241 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0444  DNA-binding response regulator  47.56 
 
 		 233 aa  197  2.0000000000000003e-49  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4803  DNA-binding response regulator  45.58 
 
 		 229 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  42.98 
 
 		 241 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  43.61 
 
 		 229 aa  196  2.0000000000000003e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1394  two component transcriptional regulator  45.37 
 
 		 236 aa  196  2.0000000000000003e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000024965  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  42.98 
 
 		 241 aa  196  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  44.64 
 
 		 230 aa  196  3e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0581  winged helix family two component transcriptional regulator  44.59 
 
 		 242 aa  196  3e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.296955  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.67 
 
 		 235 aa  196  3e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  44.87 
 
 		 239 aa  196  3e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  42.04 
 
 		 234 aa  195  4.0000000000000005e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  42.04 
 
 		 234 aa  195  4.0000000000000005e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 		 231 aa  195  4.0000000000000005e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1950  DNA-binding response regulator  41.45 
 
 		 235 aa  195  4.0000000000000005e-49  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.100456  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4720  DNA-binding response regulator PhoP  42.02 
 
 		 239 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4602  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.25 
 
 		 226 aa  195  5.000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_143  DNA-binding response regulator, two-component system, OmpR family  44.89 
 
 		 256 aa  195  5.000000000000001e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4484  DNA-binding response regulator PhoP  42.02 
 
 		 239 aa  195  6e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4319  alkaline phosphatase synthesis response regulator  42.02 
 
 		 239 aa  195  6e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4330  alkaline phosphatase synthesis response regulator  42.02 
 
 		 239 aa  195  6e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4833  DNA-binding response regulator PhoP  42.02 
 
 		 239 aa  195  6e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0982965  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  42.54 
 
 		 241 aa  195  6e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4714  DNA-binding response regulator PhoP  42.02 
 
 		 239 aa  195  6e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4704  DNA-binding response regulator PhoP  42.02 
 
 		 239 aa  195  6e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000673192 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>