More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1342 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1342  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 234 aa  473  1e-132  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0144629  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2942  two component transcriptional regulator, winged helix family  99.15 
 
 		 234 aa  470  1e-132  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1334  two component transcriptional regulator  81.03 
 
 		 243 aa  390  1e-107  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1879  DNA-binding response regulator  78.97 
 
 		 238 aa  383  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000557668  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1291  two component transcriptional regulator  78.97 
 
 		 240 aa  379  1e-104  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000572556  hitchhiker  0.0000375019 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3569  two component transcriptional regulator, winged helix family  74.25 
 
 		 235 aa  368  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0507  two component transcriptional regulator  73.91 
 
 		 236 aa  367  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0768  two component signal transduction response regulator  63.32 
 
 		 236 aa  295  3e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000566504  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1848  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.54 
 
 		 236 aa  227  1e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0065624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3446  response regulator receiver  48.03 
 
 		 234 aa  221  6e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.664648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0622  two component transcriptional regulator  45.3 
 
 		 240 aa  218  7e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0673  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.54 
 
 		 235 aa  203  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.996485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1402  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.59 
 
 		 241 aa  196  3e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.154165 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.22 
 
 		 256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.29 
 
 		 236 aa  179  4e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000182155 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1487  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.54 
 
 		 232 aa  177  9e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.487145  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_143  DNA-binding response regulator, two-component system, OmpR family  42.86 
 
 		 256 aa  177  1e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0804  two component transcriptional regulator  45.78 
 
 		 236 aa  177  2e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.324741  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0135  DNA-binding response regulator  44.93 
 
 		 230 aa  174  9.999999999999999e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  40.87 
 
 		 231 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0235  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3818  two component transcriptional regulator  44.84 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386967  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  40.43 
 
 		 231 aa  172  2.9999999999999996e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4168  two component transcriptional regulator  43.78 
 
 		 237 aa  172  3.9999999999999995e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.426048 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4159  two component transcriptional regulator  41.05 
 
 		 230 aa  172  5e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.667277  normal  0.0359145 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0997  two component transcriptional regulator  44.84 
 
 		 230 aa  171  6.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.679101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0834  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  42.54 
 
 		 265 aa  169  3e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0108417 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3061  two component transcriptional regulator  42.48 
 
 		 229 aa  169  3e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.296421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  43.81 
 
 		 229 aa  169  4e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.96 
 
 		 230 aa  169  4e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2193  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.26 
 
 		 237 aa  168  5e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0620475  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1491  two component transcriptional regulator  40.77 
 
 		 236 aa  168  5e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00391258 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4388  DNA-binding response regulator  35.56 
 
 		 227 aa  167  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.84 
 
 		 234 aa  167  1e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 239 aa  167  2e-40  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  39.32 
 
 		 239 aa  166  2e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  39.32 
 
 		 239 aa  166  2e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1256  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  40.34 
 
 		 236 aa  166  2.9999999999999998e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.577358  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0019  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 235 aa  166  2.9999999999999998e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0895  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.66 
 
 		 232 aa  165  5e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2629  two component signal transduction response regulator  37.83 
 
 		 238 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0984  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.75 
 
 		 246 aa  165  5.9999999999999996e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0723779 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0411  two component transcriptional regulator  38.86 
 
 		 230 aa  165  5.9999999999999996e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1414  two component transcriptional regulator  38.43 
 
 		 235 aa  165  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  40.77 
 
 		 234 aa  164  9e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  40.77 
 
 		 234 aa  164  9e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2903  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 234 aa  164  1.0000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2763  DNA-binding response regulator  37.99 
 
 		 235 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0137809  hitchhiker  0.000236663 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1304  DNA-binding response regulator  37.99 
 
 		 235 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.18531  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1997  two component transcriptional regulator  38.77 
 
 		 234 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000742772  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1954  two component transcriptional regulator  41.15 
 
 		 229 aa  163  2.0000000000000002e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000155813  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6002  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.93 
 
 		 243 aa  163  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.472724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  38.6 
 
 		 232 aa  163  2.0000000000000002e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  39.83 
 
 		 235 aa  163  3e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1394  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 236 aa  162  3e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000024965  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.27 
 
 		 226 aa  163  3e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.944339  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  39.83 
 
 		 239 aa  162  4.0000000000000004e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6685  two component transcriptional regulator  41.85 
 
 		 234 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  39.83 
 
 		 235 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18081  two-component response regulator  42.86 
 
 		 248 aa  162  5.0000000000000005e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  39.83 
 
 		 235 aa  162  6e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  39.83 
 
 		 235 aa  162  6e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1991  two component transcriptional regulator  42.74 
 
 		 235 aa  162  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  39.83 
 
 		 235 aa  161  7e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  39.83 
 
 		 235 aa  161  7e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  39.83 
 
 		 235 aa  161  7e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  39.83 
 
 		 235 aa  161  7e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  39.83 
 
 		 235 aa  161  7e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  39.83 
 
 		 235 aa  161  7e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1220  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.5 
 
 		 233 aa  161  7e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00991602 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  39.83 
 
 		 235 aa  161  7e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01831  two-component response regulator  43.28 
 
 		 290 aa  161  7e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.87 
 
 		 236 aa  160  1e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.94 
 
 		 235 aa  160  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0640  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 233 aa  160  1e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772339  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4351  two component transcriptional regulator  39.29 
 
 		 245 aa  160  1e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.66 
 
 		 234 aa  160  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4619  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 245 aa  161  1e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17451  two-component response regulator  42.5 
 
 		 269 aa  160  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1944  two component transcriptional regulator  39.67 
 
 		 238 aa  160  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3413  two component transcriptional regulator  40.97 
 
 		 252 aa  160  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.427436 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0109  two component transcriptional regulator  43.28 
 
 		 253 aa  160  2e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.427788  normal  0.468211 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3155  two component transcriptional regulator  40.77 
 
 		 228 aa  159  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7423  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  41.41 
 
 		 234 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2845  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.97 
 
 		 234 aa  159  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2210  DNA-binding response regulator  38.94 
 
 		 227 aa  159  3e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2946  DNA-binding heavy metal response regulator  40.99 
 
 		 223 aa  159  4e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0421  two component transcriptional regulator  38.67 
 
 		 245 aa  159  4e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0518956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2496  response regulator receiver  40 
 
 		 225 aa  159  4e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.491467  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2504  DNA-binding response regulator  38.94 
 
 		 227 aa  159  4e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0769  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.77 
 
 		 236 aa  159  5e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.99 
 
 		 233 aa  159  5e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5257  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.29 
 
 		 234 aa  159  5e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  42.13 
 
 		 233 aa  158  6e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  40.43 
 
 		 236 aa  158  6e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  38.05 
 
 		 231 aa  158  7e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0202  two component transcriptional regulator  42.54 
 
 		 233 aa  158  7e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.382528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1712  two component transcriptional regulator  42.02 
 
 		 248 aa  158  7e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0781  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 233 aa  158  7e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.174075 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  39.29 
 
 		 229 aa  158  7e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>