More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_5387 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_5387  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 236 aa  489  1e-137  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3651  two component transcriptional regulator, winged helix family  67.93 
 
 		 228 aa  335  2.9999999999999997e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0435949 
 
 
-
 
NC_002950  PG1089  DNA-binding response regulator RprY  51.07 
 
 		 245 aa  245  4.9999999999999997e-64  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.414682 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0203  response regulator receiver  51.87 
 
 		 231 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.359659 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09498  two-component system, transcriptional regulatory protein  50 
 
 		 236 aa  240  1e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3460  two component transcriptional regulator  48.29 
 
 		 238 aa  227  1e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0108229  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0209  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.66 
 
 		 251 aa  225  6e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0693  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.96 
 
 		 229 aa  221  7e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1242  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.19 
 
 		 234 aa  219  3e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5352  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.15 
 
 		 224 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1246  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.01 
 
 		 233 aa  214  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.877806  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3566  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.69 
 
 		 228 aa  210  1e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.720677 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0856  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.83 
 
 		 233 aa  208  5e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 232 aa  204  8e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.31 
 
 		 230 aa  201  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519658 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4970  two component transcriptional regulator  42.49 
 
 		 228 aa  199  3.9999999999999996e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.375881  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2742  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.68 
 
 		 230 aa  198  5e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.142828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1649  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.02 
 
 		 236 aa  188  7e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7053  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.22 
 
 		 248 aa  181  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00262574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4521  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 230 aa  174  9e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03275  two-component system, transcriptional regulatory protein  35.44 
 
 		 234 aa  163  3e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3446  response regulator receiver  36.48 
 
 		 234 aa  158  8e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.664648  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1848  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.27 
 
 		 236 aa  155  3e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0065624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1151  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.91 
 
 		 225 aa  155  7e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  41.03 
 
 		 229 aa  153  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0346  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.93 
 
 		 234 aa  153  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2159  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.21 
 
 		 227 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00177162  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0673  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.75 
 
 		 235 aa  150  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.996485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1529  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.02 
 
 		 228 aa  150  2e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  35.74 
 
 		 239 aa  150  2e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  35.74 
 
 		 239 aa  150  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0528  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.7 
 
 		 230 aa  149  4e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.86 
 
 		 230 aa  149  5e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3617  two component transcriptional regulator  38.3 
 
 		 221 aa  149  5e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2729  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.87 
 
 		 228 aa  148  7e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.981161  normal  0.424997 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2168  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.48 
 
 		 247 aa  148  8e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.222815 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.74 
 
 		 224 aa  146  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1055  DNA-binding response regulator SrrA  36.71 
 
 		 241 aa  146  3e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3637  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.91 
 
 		 246 aa  146  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0997  two component transcriptional regulator  37.87 
 
 		 230 aa  145  5e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.679101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4937  two component transcriptional regulator  38.66 
 
 		 257 aa  145  5e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.565868 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3069  two component transcriptional regulator  33.47 
 
 		 230 aa  145  6e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000467461  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.44 
 
 		 236 aa  144  9e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000182155 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3615  two component transcriptional regulator  36.82 
 
 		 236 aa  144  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.688849  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4122  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.89 
 
 		 223 aa  143  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0978  two component transcriptional regulator  35.74 
 
 		 321 aa  143  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.323902  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0135  DNA-binding response regulator  36.75 
 
 		 230 aa  142  3e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0421  two component transcriptional regulator  36.05 
 
 		 245 aa  143  3e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0518956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1498  two component transcriptional regulator  37.82 
 
 		 247 aa  142  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.220919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0411  two component transcriptional regulator  35.17 
 
 		 230 aa  142  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0558  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.93 
 
 		 237 aa  142  3e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0064  DNA-binding response regulator  35.9 
 
 		 235 aa  142  4e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.611294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5345  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.6 
 
 		 230 aa  142  5e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.264155 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1487  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.29 
 
 		 232 aa  142  5e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.487145  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.25 
 
 		 256 aa  142  5e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3002  two component transcriptional regulator  38.98 
 
 		 230 aa  142  5e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.67465  normal  0.369251 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.44 
 
 		 232 aa  142  6e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1500  two component transcriptional regulator  36.02 
 
 		 248 aa  142  6e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26531  two-component response regulator  36.77 
 
 		 248 aa  142  6e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.87 
 
 		 236 aa  141  7e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4619  two component transcriptional regulator  35.62 
 
 		 245 aa  141  7e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0827  two component transcriptional regulator  36.91 
 
 		 256 aa  141  8e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00211389  normal  0.244563 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21640  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.6 
 
 		 226 aa  141  9e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000176926  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3742  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.72 
 
 		 263 aa  141  9e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02061  two-component response regulator  36.02 
 
 		 248 aa  141  9e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.540525 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  36.49 
 
 		 232 aa  141  9e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0015  two component transcriptional regulator  36.48 
 
 		 228 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1963  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.66 
 
 		 246 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.470012 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1936  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.66 
 
 		 246 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  37.34 
 
 		 227 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2629  two component signal transduction response regulator  33.19 
 
 		 238 aa  140  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4859  two component transcriptional regulator  35.04 
 
 		 221 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0170  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.48 
 
 		 232 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4920  DNA-binding response regulator  34.58 
 
 		 229 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0721  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.3 
 
 		 233 aa  140  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.811558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4803  DNA-binding response regulator  34.58 
 
 		 229 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1377  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.19 
 
 		 225 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000301655 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2511  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.58 
 
 		 244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4650  DNA-binding response regulator  34.18 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0308  two component transcriptional regulator  35.17 
 
 		 248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.030574  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3017  two component transcriptional regulator  35.78 
 
 		 225 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  37.34 
 
 		 227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  37.61 
 
 		 227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3818  two component transcriptional regulator  37.45 
 
 		 230 aa  139  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386967  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1792  DNA-binding response regulator  36.32 
 
 		 224 aa  139  3e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0238902  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4565  DNA-binding response regulator  34.17 
 
 		 233 aa  139  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0264  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 238 aa  139  3e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.392693  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1955  DNA-binding response regulator  34.89 
 
 		 228 aa  139  3e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.75 
 
 		 237 aa  139  3e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1073  putative response regulator  35.48 
 
 		 234 aa  139  3e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  32.05 
 
 		 228 aa  139  3e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4662  DNA-binding response regulator  34.04 
 
 		 230 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4388  DNA-binding response regulator  32.33 
 
 		 227 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1816  DNA-binding response regulator  34.89 
 
 		 254 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4400  DNA-binding response regulator  34.17 
 
 		 233 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4417  DNA-binding response regulator  34.17 
 
 		 233 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1212  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 232 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0899901  normal  0.616229 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03240  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  34.05 
 
 		 229 aa  139  3.9999999999999997e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.604152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4663  DNA-binding response regulator  34.04 
 
 		 230 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4900  DNA-binding response regulator  34.62 
 
 		 221 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>