More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5352 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5352  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 224 aa  453  1e-127  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0693  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.57 
 
 		 229 aa  286  1e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0203  response regulator receiver  46.96 
 
 		 231 aa  227  1e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.359659 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.89 
 
 		 232 aa  223  2e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5387  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.15 
 
 		 236 aa  216  2e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.33 
 
 		 230 aa  215  5e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519658 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2742  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.35 
 
 		 230 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.142828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3566  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.95 
 
 		 228 aa  207  1e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.720677 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3651  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.73 
 
 		 228 aa  203  2e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0435949 
 
 
-
 
NC_002950  PG1089  DNA-binding response regulator RprY  42.08 
 
 		 245 aa  195  4.0000000000000005e-49  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.414682 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4970  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 228 aa  191  8e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.375881  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1246  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 233 aa  189  4e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.877806  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09498  two-component system, transcriptional regulatory protein  39.11 
 
 		 236 aa  189  4e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0209  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.62 
 
 		 251 aa  187  8e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3460  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 238 aa  184  9e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0108229  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03275  two-component system, transcriptional regulatory protein  35.68 
 
 		 234 aa  184  1.0000000000000001e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1242  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.5 
 
 		 234 aa  182  5.0000000000000004e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0856  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.81 
 
 		 233 aa  181  1e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4521  two component transcriptional regulator  40.72 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1649  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.73 
 
 		 236 aa  162  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7053  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.32 
 
 		 248 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00262574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2159  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 227 aa  160  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00177162  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11051  two component system transcriptional regulator trcR  39.64 
 
 		 257 aa  157  1e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4665  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.19 
 
 		 235 aa  157  2e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.880727  normal  0.209776 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0346  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.73 
 
 		 234 aa  156  3e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0234  two component transcriptional regulator  38.01 
 
 		 242 aa  155  5.0000000000000005e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.925989 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2296  two component transcriptional regulator  36.94 
 
 		 255 aa  155  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398969  normal  0.240289 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0784  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 239 aa  154  1e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3695  response regulator receiver  37.27 
 
 		 236 aa  151  8.999999999999999e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.795948  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.5 
 
 		 236 aa  150  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000182155 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3620  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.61 
 
 		 239 aa  150  2e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0253056  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  35.71 
 
 		 229 aa  150  2e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3017  two component transcriptional regulator  37.27 
 
 		 225 aa  149  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2277  two component transcriptional regulator  39.01 
 
 		 248 aa  150  2e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.113906  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4508  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.56 
 
 		 231 aa  149  3e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4064  two component transcriptional regulator  37.1 
 
 		 233 aa  149  4e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.98903  normal  0.0666639 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2130  response regulator receiver  38.57 
 
 		 252 aa  148  6e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.539517  hitchhiker  0.00279069 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6588  two component transcriptional regulator  36.2 
 
 		 229 aa  148  7e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.13217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0997  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 230 aa  147  9e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.679101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0411  two component transcriptional regulator  36.44 
 
 		 230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0804  two component transcriptional regulator  37.33 
 
 		 236 aa  147  1.0000000000000001e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.324741  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3686  response regulator receiver  37.1 
 
 		 233 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5345  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.67 
 
 		 230 aa  146  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.264155 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0841  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 223 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0840  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.12 
 
 		 241 aa  146  2.0000000000000003e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.214337  normal  0.533835 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1924  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.27 
 
 		 225 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1116  DNA-binding response regulator  38.03 
 
 		 235 aa  146  2.0000000000000003e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.310768  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.73 
 
 		 242 aa  145  3e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000387016 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31480  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  35.53 
 
 		 239 aa  146  3e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.00376265  normal  0.556858 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3818  two component transcriptional regulator  37.95 
 
 		 230 aa  145  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386967  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18081  two-component response regulator  36.64 
 
 		 248 aa  145  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4619  two component transcriptional regulator  35.71 
 
 		 245 aa  145  5e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1449  two component transcriptional regulator  38.12 
 
 		 246 aa  145  6e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.566781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0673  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.21 
 
 		 235 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.996485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20711  two-component response regulator  36.91 
 
 		 246 aa  145  7.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3276  winged helix family two component transcriptional regulator  38.16 
 
 		 234 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.208422  normal  0.192837 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04130  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  37.78 
 
 		 236 aa  144  8.000000000000001e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.118973  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1196  two component transcriptional regulator  36.91 
 
 		 246 aa  144  9e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1712  two component transcriptional regulator  37.07 
 
 		 248 aa  144  9e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.38 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0956  DNA-binding response regulator  33.93 
 
 		 223 aa  144  1e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.504019  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18291  two-component response regulator  37.5 
 
 		 248 aa  144  1e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.276613  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0421  two component transcriptional regulator  35.71 
 
 		 245 aa  144  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0518956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0558  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.25 
 
 		 237 aa  144  1e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0051  two component transcriptional regulator  34.39 
 
 		 229 aa  143  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2216  two component transcriptional regulator  38.12 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18111  two-component response regulator  37.07 
 
 		 248 aa  143  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1176  two component transcriptional regulator  36.73 
 
 		 229 aa  142  3e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.149936 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2937  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 		 243 aa  142  4e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1780  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  37.56 
 
 		 228 aa  142  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.817023  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.12 
 
 		 224 aa  142  4e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2286  response regulator GltR  38.1 
 
 		 241 aa  142  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.336147  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4657  two component transcriptional regulator, winged helix family  37 
 
 		 240 aa  142  4e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1878  two component transcriptional regulator  36.89 
 
 		 242 aa  142  5e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.559477 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3482  two component transcriptional regulator  36.16 
 
 		 231 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4388  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 227 aa  141  6e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3036  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.49 
 
 		 273 aa  142  6e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.106658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4159  two component transcriptional regulator  35.11 
 
 		 230 aa  142  6e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.667277  normal  0.0359145 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4207  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.89 
 
 		 247 aa  141  6e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1595  two component transcriptional regulator  35.91 
 
 		 227 aa  142  6e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.526383  normal  0.570373 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0581  winged helix family two component transcriptional regulator  36.89 
 
 		 242 aa  141  7e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.296955  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0655  two component response regulator transcription regulator protein  38.46 
 
 		 228 aa  141  8e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.81937 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5144  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.65 
 
 		 236 aa  141  8e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.204078  normal  0.858106 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1115  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.33 
 
 		 243 aa  141  8e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0950226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2051  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  34.08 
 
 		 230 aa  141  8e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191031  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0899  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.56 
 
 		 236 aa  141  9e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.383063 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5311  two component transcriptional regulator  36.44 
 
 		 246 aa  140  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.554395  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3593  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.28 
 
 		 226 aa  140  9.999999999999999e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000142937  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0805  two component transcriptional regulator  36.73 
 
 		 229 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.12 
 
 		 230 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3288  two component transcriptional regulator  39.71 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0366247  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0329  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.56 
 
 		 231 aa  141  9.999999999999999e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1950  DNA-binding response regulator  35.93 
 
 		 235 aa  140  9.999999999999999e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.100456  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1959  two component transcriptional regulator  36 
 
 		 226 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.400986  normal  0.283843 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17451  two-component response regulator  36.75 
 
 		 269 aa  141  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1916  two component transcriptional regulator  33.94 
 
 		 228 aa  140  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.400732  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0257  response regulator receiver  35.87 
 
 		 241 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.926332  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6397  response regulator receiver protein  37 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.680662  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0578  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.96 
 
 		 244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8879  response regulator receiver protein  36.68 
 
 		 235 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103439  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>