More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_7053 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_7053  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 248 aa  507  1e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00262574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1242  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.48 
 
 		 234 aa  257  1e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1649  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.33 
 
 		 236 aa  224  9e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4970  two component transcriptional regulator  41.3 
 
 		 228 aa  208  5e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.375881  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4521  two component transcriptional regulator  39.65 
 
 		 230 aa  189  2.9999999999999997e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0693  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.74 
 
 		 229 aa  186  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3566  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 228 aa  185  6e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.720677 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0203  response regulator receiver  41.48 
 
 		 231 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.359659 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5387  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.22 
 
 		 236 aa  181  1e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09498  two-component system, transcriptional regulatory protein  39.75 
 
 		 236 aa  179  2.9999999999999997e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3651  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.21 
 
 		 228 aa  177  2e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0435949 
 
 
-
 
NC_002950  PG1089  DNA-binding response regulator RprY  38.79 
 
 		 245 aa  176  3e-43  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.414682 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03275  two-component system, transcriptional regulatory protein  38.26 
 
 		 234 aa  172  5e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2742  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.83 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.142828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.26 
 
 		 232 aa  169  5e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1246  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.15 
 
 		 233 aa  167  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.877806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3460  two component transcriptional regulator  38.03 
 
 		 238 aa  166  4e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0108229  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0856  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.33 
 
 		 233 aa  165  6.9999999999999995e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.21 
 
 		 230 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519658 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5352  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.32 
 
 		 224 aa  162  4.0000000000000004e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0346  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.78 
 
 		 234 aa  162  6e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3446  response regulator receiver  37.77 
 
 		 234 aa  159  4e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.664648  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0209  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.9 
 
 		 251 aa  158  8e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1342  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.96 
 
 		 234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0144629  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2942  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.53 
 
 		 234 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1402  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.53 
 
 		 241 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.154165 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1879  DNA-binding response regulator  37.28 
 
 		 238 aa  144  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000557668  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0507  two component transcriptional regulator  35.53 
 
 		 236 aa  143  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0673  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.72 
 
 		 235 aa  141  8e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.996485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1291  two component transcriptional regulator  35.96 
 
 		 240 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000572556  hitchhiker  0.0000375019 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3061  two component transcriptional regulator  36.79 
 
 		 229 aa  141  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.296421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1848  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.38 
 
 		 236 aa  140  9.999999999999999e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0065624  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.25 
 
 		 256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1334  two component transcriptional regulator  34.21 
 
 		 243 aa  137  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1110  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.46 
 
 		 234 aa  136  3.0000000000000003e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4054  two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 226 aa  136  3.0000000000000003e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.271916 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.88 
 
 		 230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.24 
 
 		 237 aa  135  5e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  36.56 
 
 		 222 aa  135  8e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0019  two component transcriptional regulator  35.35 
 
 		 235 aa  135  8e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  35.19 
 
 		 229 aa  135  8e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6588  two component transcriptional regulator  31.03 
 
 		 229 aa  134  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.13217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17451  two-component response regulator  36.82 
 
 		 269 aa  134  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18291  two-component response regulator  35.71 
 
 		 248 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.276613  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  32.63 
 
 		 234 aa  133  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  32.63 
 
 		 234 aa  133  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.12 
 
 		 224 aa  133  3e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18111  two-component response regulator  35.27 
 
 		 248 aa  133  3e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1712  two component transcriptional regulator  35.27 
 
 		 248 aa  132  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18081  two-component response regulator  35.27 
 
 		 248 aa  132  5e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1256  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  33.05 
 
 		 236 aa  132  6e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.577358  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4388  DNA-binding response regulator  33.48 
 
 		 227 aa  131  7.999999999999999e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3569  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.65 
 
 		 235 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1408  two component transcriptional regulator  34.51 
 
 		 232 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0940  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.89 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324642  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4159  two component transcriptional regulator  32.75 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.667277  normal  0.0359145 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1728  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.63 
 
 		 234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.541096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1878  two component transcriptional regulator  34.88 
 
 		 242 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.559477 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6397  response regulator receiver protein  35.1 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.680662  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0234  two component transcriptional regulator  30.26 
 
 		 242 aa  130  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.925989 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2749  transcription response regulator-like protein  36.06 
 
 		 221 aa  129  3e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00061025  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2353  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.81 
 
 		 243 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0794558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  33.64 
 
 		 240 aa  130  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2302  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.81 
 
 		 243 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1304  DNA-binding response regulator  33.19 
 
 		 235 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.18531  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0581  winged helix family two component transcriptional regulator  34.88 
 
 		 242 aa  129  4.0000000000000003e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.296955  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0130  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.39 
 
 		 224 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00147609  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2763  DNA-binding response regulator  33.19 
 
 		 235 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0137809  hitchhiker  0.000236663 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20711  two-component response regulator  36.07 
 
 		 246 aa  129  4.0000000000000003e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1196  two component transcriptional regulator  36.07 
 
 		 246 aa  129  5.0000000000000004e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1414  two component transcriptional regulator  32.75 
 
 		 235 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5055  two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 223 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4916  response regulator receiver protein  32.16 
 
 		 233 aa  129  6e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1756  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.33 
 
 		 230 aa  128  8.000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.769657  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3794  two component transcriptional regulator  33.04 
 
 		 223 aa  128  8.000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0280755  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1115  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.88 
 
 		 243 aa  128  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0950226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1773  DNA-binding response regulator  32 
 
 		 224 aa  128  9.000000000000001e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2563  transcriptional regulatory protein ResD  35.1 
 
 		 221 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803163 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0419  two component transcriptional regulator  35.24 
 
 		 229 aa  127  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  32.73 
 
 		 239 aa  127  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2990  two component transcriptional regulator  30.77 
 
 		 230 aa  127  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.140246 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3818  two component transcriptional regulator  32.31 
 
 		 230 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386967  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0834  two component transcriptional regulator  35.41 
 
 		 226 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.6033  unclonable  0.00000000040546 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3146  two component transcriptional regulator, winged helix family  36 
 
 		 218 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.149495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  34.56 
 
 		 239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1157  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.87 
 
 		 233 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4483  two component transcriptional regulator  35.89 
 
 		 226 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.759432  decreased coverage  0.000734691 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01831  two-component response regulator  34.7 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  32.23 
 
 		 233 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  34.56 
 
 		 239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3002  two component transcriptional regulator  33.91 
 
 		 230 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.67465  normal  0.369251 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4207  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.88 
 
 		 247 aa  126  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1789  alkaline phosphatase synthesis response regulator  34.76 
 
 		 229 aa  126  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.11323  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1618  two component transcriptional regulator  32.88 
 
 		 254 aa  126  3e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.218753 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0297  two component transcriptional regulator  32.05 
 
 		 240 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3155  two component transcriptional regulator  33.92 
 
 		 228 aa  126  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  31.6 
 
 		 227 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2424  two component transcriptional regulator  34.62 
 
 		 221 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0245011  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0590  DNA-binding response regulator  32.48 
 
 		 230 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  31.56 
 
 		 227 aa  126  4.0000000000000003e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>