More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4388 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4388  DNA-binding response regulator  100 
 
 		 227 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1304  DNA-binding response regulator  68.28 
 
 		 235 aa  323  1e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.18531  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2763  DNA-binding response regulator  68.28 
 
 		 235 aa  323  1e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0137809  hitchhiker  0.000236663 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1414  two component transcriptional regulator  67.84 
 
 		 235 aa  322  2e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2629  two component signal transduction response regulator  46.7 
 
 		 238 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.56 
 
 		 234 aa  191  6e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.07 
 
 		 236 aa  188  7e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000182155 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.29 
 
 		 235 aa  186  2e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  45.13 
 
 		 231 aa  187  2e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  45.13 
 
 		 231 aa  186  2e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0997  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 230 aa  184  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.679101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1116  DNA-binding response regulator  43.42 
 
 		 235 aa  184  1.0000000000000001e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.310768  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  40 
 
 		 239 aa  183  2.0000000000000003e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.04 
 
 		 223 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  42.11 
 
 		 232 aa  182  3e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.43 
 
 		 226 aa  182  5.0000000000000004e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4720  DNA-binding response regulator PhoP  41.99 
 
 		 239 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4484  DNA-binding response regulator PhoP  41.99 
 
 		 239 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4319  alkaline phosphatase synthesis response regulator  41.99 
 
 		 239 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4330  alkaline phosphatase synthesis response regulator  41.99 
 
 		 239 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4833  DNA-binding response regulator PhoP  41.99 
 
 		 239 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0982965  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4704  DNA-binding response regulator PhoP  41.99 
 
 		 239 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000673192 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4714  DNA-binding response regulator PhoP  41.99 
 
 		 239 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 235 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3818  two component transcriptional regulator  41.07 
 
 		 230 aa  181  6e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386967  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  41.96 
 
 		 235 aa  181  7e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  41.96 
 
 		 235 aa  181  1e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  41.96 
 
 		 235 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  41.96 
 
 		 235 aa  181  1e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  41.96 
 
 		 235 aa  181  1e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4699  DNA-binding response regulator PhoP  43.1 
 
 		 239 aa  180  1e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  41.96 
 
 		 235 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  43.53 
 
 		 239 aa  180  1e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0539  DNA-binding response regulator PhoP  43.1 
 
 		 239 aa  180  1e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000130788 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  41.96 
 
 		 235 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  41.96 
 
 		 235 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1487  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.29 
 
 		 232 aa  180  2e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.487145  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1997  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 234 aa  180  2e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000742772  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.56 
 
 		 233 aa  180  2e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  41.52 
 
 		 235 aa  180  2e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3274  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 		 238 aa  180  2e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  41.52 
 
 		 235 aa  178  4.999999999999999e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1618  two component transcriptional regulator  38.86 
 
 		 254 aa  178  4.999999999999999e-44  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.218753 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0804  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 236 aa  178  5.999999999999999e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.324741  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1394  two component transcriptional regulator  39.65 
 
 		 236 aa  178  5.999999999999999e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000024965  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1085  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.25 
 
 		 235 aa  178  7e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.224574  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0719  DNA-binding response regulator  42.36 
 
 		 236 aa  176  2e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0951718  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.67 
 
 		 233 aa  176  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3569  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.33 
 
 		 235 aa  176  2e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.44 
 
 		 237 aa  176  3e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.74 
 
 		 230 aa  175  5e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0444  DNA-binding response regulator  40.89 
 
 		 233 aa  175  5e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2922  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.44 
 
 		 230 aa  174  9.999999999999999e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.221617  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 229 aa  174  9.999999999999999e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  39.47 
 
 		 231 aa  174  9.999999999999999e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 234 aa  174  9.999999999999999e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  40.27 
 
 		 234 aa  174  9.999999999999999e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2083  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.74 
 
 		 237 aa  174  9.999999999999999e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.873655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  43.23 
 
 		 232 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1334  two component transcriptional regulator  37.95 
 
 		 243 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2286  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188753  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1916  two component transcriptional regulator  38.53 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.400732  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.04 
 
 		 232 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1256  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  40.17 
 
 		 236 aa  172  2.9999999999999996e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.577358  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4322  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.83 
 
 		 231 aa  172  2.9999999999999996e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1490  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 239 aa  172  2.9999999999999996e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1954  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 229 aa  172  2.9999999999999996e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000155813  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.33 
 
 		 236 aa  172  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0135  DNA-binding response regulator  37.89 
 
 		 230 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.67 
 
 		 234 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  38.26 
 
 		 229 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0019  two component transcriptional regulator  42.04 
 
 		 235 aa  171  6.999999999999999e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_143  DNA-binding response regulator, two-component system, OmpR family  38.86 
 
 		 256 aa  171  7.999999999999999e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.77 
 
 		 231 aa  171  9e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  39.39 
 
 		 239 aa  171  1e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.44 
 
 		 230 aa  170  1e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1402  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.16 
 
 		 241 aa  170  1e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.154165 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.21 
 
 		 237 aa  171  1e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09290  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  38.67 
 
 		 229 aa  170  1e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2159  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.18 
 
 		 227 aa  170  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00177162  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0200  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.22 
 
 		 242 aa  170  2e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0955644  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  36.52 
 
 		 226 aa  169  2e-41  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3538  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.15 
 
 		 237 aa  170  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0585  DNA-binding response regulator  39.73 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00125793  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0436  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 245 aa  169  3e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.18923  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1012  two component transcriptional regulator  35.74 
 
 		 257 aa  169  3e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.658807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0793  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.01 
 
 		 225 aa  169  3e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  35.56 
 
 		 226 aa  169  3e-41  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.132847 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0316  DNA-binding response regulator  41.23 
 
 		 237 aa  169  3e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_11471  two-component response regulator, phosphate  36.36 
 
 		 245 aa  169  3e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0202491 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0287  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.28 
 
 		 229 aa  169  4e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00220806  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4687  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.28 
 
 		 230 aa  169  4e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000280381  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  40.44 
 
 		 228 aa  169  4e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2903  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 234 aa  168  5e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4046  response regulator receiver  37.99 
 
 		 225 aa  168  5e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2351  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.17 
 
 		 231 aa  168  6e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.274912  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  36.96 
 
 		 230 aa  168  6e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4159  two component transcriptional regulator  38.6 
 
 		 230 aa  168  7e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.667277  normal  0.0359145 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>