More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4089 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 230 aa  474  1e-133  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519658 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.3 
 
 		 232 aa  248  7e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0693  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 229 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5352  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.33 
 
 		 224 aa  215  5e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3651  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.41 
 
 		 228 aa  203  2e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0435949 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5387  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.31 
 
 		 236 aa  201  9.999999999999999e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1242  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.11 
 
 		 234 aa  198  7.999999999999999e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1089  DNA-binding response regulator RprY  40.35 
 
 		 245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.414682 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2742  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.41 
 
 		 230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.142828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4970  two component transcriptional regulator  41.23 
 
 		 228 aa  196  2.0000000000000003e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.375881  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3566  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.17 
 
 		 228 aa  192  4e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.720677 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0203  response regulator receiver  41.85 
 
 		 231 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.359659 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09498  two-component system, transcriptional regulatory protein  40.71 
 
 		 236 aa  185  4e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1649  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.55 
 
 		 236 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3460  two component transcriptional regulator  40.71 
 
 		 238 aa  182  3e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0108229  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0209  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.11 
 
 		 251 aa  181  1e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0856  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.57 
 
 		 233 aa  178  5.999999999999999e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4521  two component transcriptional regulator  37.56 
 
 		 230 aa  164  6.9999999999999995e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03275  two-component system, transcriptional regulatory protein  37.44 
 
 		 234 aa  165  6.9999999999999995e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7053  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.21 
 
 		 248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00262574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1246  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.47 
 
 		 233 aa  160  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.877806  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0346  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.12 
 
 		 234 aa  157  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4388  DNA-binding response regulator  37.17 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4173  two component transcriptional regulator  37.17 
 
 		 241 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.589597  normal  0.523463 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1402  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.03 
 
 		 241 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.154165 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1712  two component transcriptional regulator  34.6 
 
 		 248 aa  146  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18081  two-component response regulator  34.47 
 
 		 248 aa  145  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11051  two component system transcriptional regulator trcR  35.56 
 
 		 257 aa  145  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0528  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.16 
 
 		 230 aa  145  5e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3884  winged helix family two component transcriptional regulator  37.17 
 
 		 241 aa  145  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.365939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18291  two-component response regulator  34.18 
 
 		 248 aa  144  8.000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.276613  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3017  two component transcriptional regulator  32.44 
 
 		 225 aa  144  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18111  two-component response regulator  34.18 
 
 		 248 aa  144  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2632  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.42 
 
 		 229 aa  144  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1887  two component transcriptional regulator  32.3 
 
 		 231 aa  144  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.882564  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4852  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.17 
 
 		 240 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1930  two component transcriptional regulator  38.26 
 
 		 233 aa  143  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.465475  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  35.4 
 
 		 235 aa  142  5e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  35.4 
 
 		 235 aa  142  5e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  35.4 
 
 		 235 aa  142  5e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  35.4 
 
 		 235 aa  142  5e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  35.4 
 
 		 235 aa  142  5e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  35.4 
 
 		 235 aa  142  5e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1997  two component transcriptional regulator  38.33 
 
 		 234 aa  142  5e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000742772  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  35.4 
 
 		 235 aa  142  5e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  35.27 
 
 		 232 aa  142  6e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  35.4 
 
 		 235 aa  141  7e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  35.4 
 
 		 235 aa  141  7e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  35.4 
 
 		 235 aa  141  9e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1546  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.9 
 
 		 237 aa  141  9e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000115937  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  35.4 
 
 		 235 aa  141  9e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5345  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.19 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.264155 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 233 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4844  two component transcriptional regulator  32.3 
 
 		 231 aa  140  9.999999999999999e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312171 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  34.53 
 
 		 227 aa  140  9.999999999999999e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 		 226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.96 
 
 		 223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20650  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  32.44 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0260682  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2518  two-component transcriptional regulator  36.73 
 
 		 246 aa  139  3e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.18728 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0170  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.76 
 
 		 232 aa  139  3e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.82 
 
 		 230 aa  139  3e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0135  DNA-binding response regulator  34.35 
 
 		 230 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2177  response regulator receiver protein  33.63 
 
 		 223 aa  139  3.9999999999999997e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00323539  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3137  two component transcriptional regulator  35.84 
 
 		 242 aa  139  4.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4207  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.77 
 
 		 247 aa  139  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3286  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.19 
 
 		 228 aa  139  4.999999999999999e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.167791  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2763  DNA-binding response regulator  36.73 
 
 		 235 aa  138  6e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0137809  hitchhiker  0.000236663 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1631  two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 227 aa  138  6e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.0039171  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.84 
 
 		 232 aa  138  6e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2245  two component transcriptional regulator  35.56 
 
 		 233 aa  138  6e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.398974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1304  DNA-binding response regulator  36.73 
 
 		 235 aa  138  6e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.18531  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2142  two component transcriptional regulator  34.67 
 
 		 240 aa  138  7e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.46457  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3446  response regulator receiver  35.34 
 
 		 234 aa  138  7e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.664648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1414  two component transcriptional regulator  36.73 
 
 		 235 aa  138  7.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4301  two component transcriptional regulator  32.6 
 
 		 230 aa  138  7.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.681825  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4387  two component transcriptional regulator  32.6 
 
 		 230 aa  138  7.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0316317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4681  two component transcriptional regulator  32.6 
 
 		 230 aa  138  7.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.354926 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  35.37 
 
 		 243 aa  137  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2558  two component transcriptional regulator  36.73 
 
 		 239 aa  137  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.403313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0511  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  34.36 
 
 		 234 aa  137  1e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.473137 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1386  two component transcriptional regulator  35.4 
 
 		 241 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  0.474436 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  36.32 
 
 		 239 aa  137  1e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1620  two component transcriptional regulator  34.51 
 
 		 227 aa  137  1e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000174219  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20711  two-component response regulator  34.91 
 
 		 246 aa  137  1e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2106  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.76 
 
 		 238 aa  137  2e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3036  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.11 
 
 		 273 aa  137  2e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.106658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2496  response regulator receiver  33.48 
 
 		 225 aa  137  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.491467  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1138  two component transcriptional regulator  36.28 
 
 		 232 aa  136  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564511  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2193  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.21 
 
 		 237 aa  136  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0620475  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10999  two component response transcriptional regulatory protein MprA  31.72 
 
 		 230 aa  137  2e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000188235  normal  0.671639 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3569  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.9 
 
 		 235 aa  136  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0507  two component transcriptional regulator  33.76 
 
 		 236 aa  137  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  33.76 
 
 		 223 aa  137  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2296  two component transcriptional regulator  33.92 
 
 		 255 aa  137  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398969  normal  0.240289 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  34.93 
 
 		 243 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2799  two component transcriptional regulator  36.28 
 
 		 232 aa  136  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.25 
 
 		 256 aa  137  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1196  two component transcriptional regulator  34.48 
 
 		 246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1291  two component transcriptional regulator  31.49 
 
 		 240 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000572556  hitchhiker  0.0000375019 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2880  two component transcriptional regulator  36.77 
 
 		 220 aa  136  3.0000000000000003e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.344114  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>