More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0297 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0297  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0271  winged helix family two component transcriptional regulator  95.3 
 
 		 239 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00195642 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0287  two component transcriptional regulator  93.33 
 
 		 239 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2739  two component transcriptional regulator  51.71 
 
 		 241 aa  229  2e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.107521 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  49.14 
 
 		 243 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  51.09 
 
 		 243 aa  209  3e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7106  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 237 aa  209  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.323714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.78 
 
 		 259 aa  207  8e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  50.44 
 
 		 230 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.1 
 
 		 256 aa  204  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  47.62 
 
 		 239 aa  203  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  51.52 
 
 		 238 aa  203  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1299  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 		 242 aa  202  3e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0317425  normal  0.569469 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.08 
 
 		 275 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.49 
 
 		 236 aa  197  1.0000000000000001e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  49.59 
 
 		 246 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  49.59 
 
 		 246 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2155  two component transcriptional regulator  49.17 
 
 		 261 aa  194  7e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102637  normal  0.128892 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  47.48 
 
 		 246 aa  194  7e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  45.15 
 
 		 240 aa  194  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  48.75 
 
 		 246 aa  194  9e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  48.75 
 
 		 246 aa  194  9e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1587  two component transcriptional regulator  47.21 
 
 		 261 aa  194  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.367759  normal  0.752499 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  46.52 
 
 		 252 aa  192  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1148  two component transcriptional regulator  46.98 
 
 		 243 aa  192  3e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000285872  normal  0.61114 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.01 
 
 		 246 aa  192  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  45.85 
 
 		 261 aa  192  5e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 		 246 aa  192  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.26 
 
 		 240 aa  191  8e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  42.06 
 
 		 245 aa  191  9e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  48.73 
 
 		 247 aa  191  9e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.19 
 
 		 246 aa  191  9e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2286  response regulator GltR  41.41 
 
 		 241 aa  191  1e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.336147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  47.19 
 
 		 242 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  42.06 
 
 		 245 aa  191  1e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  47.01 
 
 		 245 aa  189  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1290  DNA-binding response regulator  44.9 
 
 		 245 aa  189  4e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.89 
 
 		 246 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  44.1 
 
 		 246 aa  187  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4347  two component transcriptional regulator  46.81 
 
 		 244 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.215798  normal  0.0155623 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  46.55 
 
 		 241 aa  187  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1511  two component transcriptional regulator  44.05 
 
 		 250 aa  187  2e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.030435  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1111  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.53 
 
 		 245 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.53214 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.32 
 
 		 247 aa  186  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.72 
 
 		 246 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  44.05 
 
 		 236 aa  186  4e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  46.98 
 
 		 245 aa  185  5e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4373  two component transcriptional regulator  45.96 
 
 		 243 aa  185  5e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2272  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.35 
 
 		 240 aa  185  6e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  47.01 
 
 		 246 aa  185  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4212  two component transcriptional regulator  46.22 
 
 		 241 aa  184  9e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  46.75 
 
 		 240 aa  184  9e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  46.75 
 
 		 246 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1190  two component transcriptional regulator  45.69 
 
 		 248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2345  two component transcriptional regulator  42.06 
 
 		 252 aa  184  1.0000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000474063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1011  two component transcriptional regulator  46.34 
 
 		 241 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.675078  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1012  winged helix family two component transcriptional regulator  46.64 
 
 		 241 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0418267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1050  two component transcriptional regulator  46.55 
 
 		 260 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.36572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  47.64 
 
 		 241 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  47.64 
 
 		 241 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  47.64 
 
 		 241 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  45.64 
 
 		 241 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  47.41 
 
 		 241 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.64 
 
 		 241 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  47.41 
 
 		 241 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22940  two-component response regulator GltR  45.26 
 
 		 242 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.281067 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1148  two component transcriptional regulator  45.83 
 
 		 247 aa  182  3e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  46.05 
 
 		 244 aa  183  3e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.05 
 
 		 251 aa  182  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 246 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  47.03 
 
 		 241 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  44.89 
 
 		 236 aa  182  5.0000000000000004e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1936  two-component response regulator GltR  45.26 
 
 		 242 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.985974  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  46.98 
 
 		 241 aa  181  6e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  47.21 
 
 		 240 aa  181  6e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 246 aa  181  7e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 246 aa  181  7e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.45 
 
 		 240 aa  181  7e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  43.86 
 
 		 242 aa  181  8.000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  46.06 
 
 		 239 aa  181  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  46.98 
 
 		 241 aa  181  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 236 aa  180  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04421  two-component system regulatory protein  46.46 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4363  osmolarity response regulator  45.23 
 
 		 243 aa  179  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.127883 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  46.58 
 
 		 246 aa  179  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4654  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 249 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.651298 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  46.58 
 
 		 239 aa  180  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2589  two component transcriptional regulator  42.54 
 
 		 237 aa  180  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.521157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 246 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  45.69 
 
 		 241 aa  180  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3326  two component transcriptional regulator  45.22 
 
 		 243 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236846  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.59 
 
 		 239 aa  179  4e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  46.05 
 
 		 240 aa  179  4e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0474  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  41.78 
 
 		 238 aa  178  4.999999999999999e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  44.59 
 
 		 243 aa  179  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  45.26 
 
 		 240 aa  178  5.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0126  osmolarity response regulator  44.49 
 
 		 254 aa  178  5.999999999999999e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0135  osmolarity response regulator  44.49 
 
 		 254 aa  178  5.999999999999999e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  45.45 
 
 		 241 aa  178  7e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  45.89 
 
 		 241 aa  178  7e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>